7afv

Crystal structure of tetrameric beta-2-microglobulin deltaN6 S52C stabilized by a covalent ligand

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetramer(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–116 链 B; UniProt 27–116 未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 SJK 5-oxidanylidene-~{N}-(2-sulfanylethyl)-2,3-dihydro-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-6-carboxamide × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;Drop protein volume 0.2 uL Drop well volume 0.1 uL 0.04 M Porpheus Alcohol Mix (Complex ingredient) 0.1 M Morpheus Buffer System 3 pH 8.5 (Buffer) 31 %w/v Morpheus Precipitant Mix 4 (Precipitant) Stock Solutions: Porpheus Alcohol Mix 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol (for a final concentration of 6.7 mM of 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol) Morpheus Buffer System 3 pH 8.5 1M Tris and 1M BICINE (for a final concentration of 39.1 mM Bicine pH = 5.03 and 60.9 M Tris pH = 10.83) Morpheus Precipitant Mix 25% w/v PEG 3350, 25% w/v PEG 1000, 25% v/v MPD (for a final concentration of 7.75% w/v PEG 1000, 7.75% w/v PEG 3350 and 7.75% v/v MPD) 分辨率 2.40 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–91; UniProt 27–116 作者链 B; PDB构建体 2–91; UniProt 27–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7afv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7afv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7afv
沉积日期 deposition_date2020-09-20
结构标题 titleCrystal structure of tetrameric beta-2-microglobulin deltaN6 S52C stabilized by a covalent ligand
关键词 keywordsbeta-2-microglobulin, tetramer, covalent inhibitor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.93
零角强度 I(0) i08848720.00
分子量 molecular_weight21698.0 kDa
排除体积 excluded_volume26979 ų
包络体积 envelope_volume34083 ų
水化壳体积 shell_volume16164 ų
包络直径 envelope_diameter60.2
壳层 Rg shell_rg23.55
包络 Rg envelope_rg18.09
形状 Rg shape_rg17.94
总 Rg total_rg18.84
总原子数 total_atoms1528
残基数 n_residues178
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.6
Rg (实空间) rg_real18.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real8.8490e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8849000.0000
解质量估计 total_estimate0.9016
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.0
偏度 Skewness skewness0.173
峰度 Kurtosis kurtosis-0.545
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2518000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.961

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd7afva_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd7afvb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)