7aoa

Structure of the extended MTA1/HDAC1/MBD2/RBBP4 NURD deacetylase complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-CpG-binding domain protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Metastasis-associated protein MTA1 × 2 （Q13330） Histone deacetylase 1 × 2 （Q13547） Histone-binding protein RBBP4 × 2 （Q09028） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZINC ION × 2 POTASSIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MBD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–411； UniProt 1–411

Metastasis-associated protein MTA1

Homo sapiens

UniProt Q13330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Methyl-CpG-binding domain protein 2 × 1 （Q9UBB5） Histone deacetylase 1 × 2 （Q13547） Histone-binding protein RBBP4 × 2 （Q09028） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZINC ION × 2 POTASSIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–715； UniProt 1–715 作者链 D； PDB构建体 1–715； UniProt 1–715

Histone deacetylase 1

Homo sapiens

UniProt Q13547

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Methyl-CpG-binding domain protein 2 × 1 （Q9UBB5） Metastasis-associated protein MTA1 × 2 （Q13330） Histone-binding protein RBBP4 × 2 （Q09028） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZINC ION × 2 POTASSIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDAC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 E； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482

Histone-binding protein RBBP4

Homo sapiens

UniProt Q09028

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Methyl-CpG-binding domain protein 2 × 1 （Q9UBB5） Metastasis-associated protein MTA1 × 2 （Q13330） Histone deacetylase 1 × 2 （Q13547） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZINC ION × 2 POTASSIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBBP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425 作者链 G； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7aoa
沉积日期 deposition_date	2020-10-14
结构标题 title	Structure of the extended MTA1/HDAC1/MBD2/RBBP4 NURD deacetylase complex
关键词 keywords	Deacetylase, Complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7aoa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7aoa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7aoa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	79.25 Å
Rg（电子密度）	81.09 Å
总 Rg	80.53 Å
原子数	18153
残基数	2258
排除体积	320530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7aoa__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methyl-CpG-binding domain protein 2
分子量 formula_weight	43323.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	18153

MRAHPGGGRCCPEQEEGESAAGGSGAGGDSAIEQGGQGSALAPSPVSGVRREGARGGGRGRGRWKQAGRGGGVCGRGRGRGRGRGRGRGRGRGRGRPPSGGSGLGGDGGGCGGGGSGGGGAPRREPVPFPSGSAGPGPRGPRATESGKRMDCPALPPGWKKEEVIRKSGLSAGKSDVYYFSPSGKKFRSKPQLARYLGNTVDLSSFDFRTGKMMPSKLQKNKQRLRNDPLNQNKGKPDLNTTLPIRQTASIFKQPVTKVTNHPSNKVKSDPQRMNEQPRQLFWEKRLQGLSASDVTEQIIKTMELPKGLQGVGPGSNDETLLSAVASALHTSSAPITGQVSAAVEKNPAVWLNTSQPLCKAFIVTDEDIRKQEERVQQVRKKLEEALMADILSRAADTEEMDIEMDSGDEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Metastasis-associated protein MTA1
分子量 formula_weight	80904.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A

MAANMYRVGDYVYFENSSSNPYLIRRIEELNKTANGNVEAKVVCFYRRRDISSTLIALADKHATLSVCYKAGPGADNGEEGEIEEEMENPEMVDLPEKLKHQLRHRELFLSRQLESLPATHIRGKCSVTLLNETESLKSYLEREDFFFYSLVYDPQQKTLLADKGEIRVGNRYQADITDLLKEGEEDGRDQSRLETQVWEAHNPLTDKQIDQFLVVARSVGTFARALDCSSSVRQPSLHMSAAAASRDITLFHAMDTLHKNIYDISKAISALVPQGGPVLCRDEMEEWSASEANLFEEALEKYGKDFTDIQQDFLPWKSLTSIIEYYYMWKTTDRYVQQKRLKAAEAESKLKQVYIPNYNKPNPNQISVNNVKAGVVNGTGAPGQSPGAGRACESCYTTQSYQWYSWGPPNMQCRLCASCWTYWKKYGGLKMPTRLDGERPGPNRSNMSPHGLPARSSGSPKFAMKTRQAFYLHTTKLTRIARRLCREILRPWHAARHPYLPINSAAIKAECTARLPEASQSPLVLKQAVRKPLEAVLRYLETHPRPPKPDPVKSVSSVLSSLTPAKVAPVINNGSPTILGKRSYEQHNGVDGNMKKRLLMPSRGLANHGQARHMGPSRNLLLNGKSYPTKVRLIRGGSLPPVKRRRMNWIDAPDDVFYMATEETRKIRKLLSSSETKRAARRPYKPIALRQSQALPPRPPPPAPVNDEPIVIED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone deacetylase 1
分子量 formula_weight	55178.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B

MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKANAEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVASAVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAIFKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEEFSDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKEEKPEAKGVKEEVKLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone-binding protein RBBP4
分子量 formula_weight	47709.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MADKEAAFDDAVEERVINEEYKIWKKNTPFLYDLVMTHALEWPSLTAQWLPDVTRPEGKDFSIHRLVLGTHTSDEQNHLVIASVQLPNDDAQFDASHYDSEKGEFGGFGSVSGKIEIEIKINHEGEVNRARYMPQNPCIIATKTPSSDVLVFDYTKHPSKPDPSGECNPDLRLRGHQKEGYGLSWNPNLSGHLLSASDDHTICLWDISAVPKEGKVVDAKTIFTGHTAVVEDVSWHLLHESLFGSVADDQKLMIWDTRSNNTSKPSHSVDAHTAEVNCLSFNPYSEFILATGSADKTVALWDLRNLKLKLHSFESHKDEIFQVQWSPHNETILASSGTDRRLNVWDLSKIGEEQSPEDAEDGPPELLFIHGGHTAKISDFSWNPNEPWVICSVSEDNIMQVWQMAENIYNDEDPEGSVDPEGQGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	19.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	10066

Structure of the extended MTA1/HDAC1/MBD2/RBBP4 NURD deacetylase complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-CpG-binding domain protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Metastasis-associated protein MTA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone deacetylase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone-binding protein RBBP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7aoa__assembly_1__model_1

7aoa__assembly_1__model_1 | I(q)

7aoa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of the extended MTA1/HDAC1/MBD2/RBBP4 NURD deacetylase complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-CpG-binding domain protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Metastasis-associated protein MTA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone deacetylase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone-binding protein RBBP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7aoa__assembly_1__model_1

7aoa__assembly_1__model_1 | I(q)

7aoa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)