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7aqo

yeast THO-Sub2 complex dimer

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 225.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THO complex subunit 2

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt A0A6A5Q535

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1597 链 G； UniProt 1–1597 未记录 THO complex subunit HPR1 × 2 （P17629） TEX1 isoform 1 × 2 （A0A6A5Q4V2） EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5Q316） BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5PZX4） THO complex subunit MFT1 × 2 （P33441） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q535_YEASX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–1601； UniProt 1–1597 作者链 G； PDB构建体 5–1601； UniProt 1–1597

THO complex subunit HPR1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P17629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–720 链 H； UniProt 1–720 未记录 THO complex subunit 2 × 2 （A0A6A5Q535） TEX1 isoform 1 × 2 （A0A6A5Q4V2） EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5Q316） BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5PZX4） THO complex subunit MFT1 × 2 （P33441） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7AQO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7APX yeast THO-Sub2 complex 提交 2020-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–720（720 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7LUV Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex 提交 2021-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–603（603 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7V2W protomer structure from the dimer of yeast THO complex 提交 2021-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7V2Y cryo-EM structure of yeast THO complex with Sub2 提交 2021-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HPR1_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–720； UniProt 1–720 作者链 H； PDB构建体 1–720； UniProt 1–720

TEX1 isoform 1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt A0A6A5Q4V2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–380 链 K； UniProt 1–380 未记录 THO complex subunit 2 × 2 （A0A6A5Q535） THO complex subunit HPR1 × 2 （P17629） EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5Q316） BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5PZX4） THO complex subunit MFT1 × 2 （P33441） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q4V2_YEASX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380 作者链 K； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt A0A6A5Q316

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 51–446 链 L； UniProt 51–446 未记录 THO complex subunit 2 × 2 （A0A6A5Q535） THO complex subunit HPR1 × 2 （P17629） TEX1 isoform 1 × 2 （A0A6A5Q4V2） BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5PZX4） THO complex subunit MFT1 × 2 （P33441） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q316_YEASX
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 5–400； UniProt 51–446 作者链 L； PDB构建体 5–400； UniProt 51–446

BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt A0A6A5PZX4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–261 链 J； UniProt 1–261 未记录 THO complex subunit 2 × 2 （A0A6A5Q535） THO complex subunit HPR1 × 2 （P17629） TEX1 isoform 1 × 2 （A0A6A5Q4V2） EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5Q316） THO complex subunit MFT1 × 2 （P33441） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PZX4_YEASX
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261 作者链 J； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261

THO complex subunit MFT1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P33441

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–392 链 I； UniProt 1–392 未记录 THO complex subunit 2 × 2 （A0A6A5Q535） THO complex subunit HPR1 × 2 （P17629） TEX1 isoform 1 × 2 （A0A6A5Q4V2） EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5Q316） BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1 × 2 （A0A6A5PZX4） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7AQO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7APX yeast THO-Sub2 complex 提交 2020-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
7LUV Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex 提交 2021-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7V2W protomer structure from the dimer of yeast THO complex 提交 2021-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 I 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7V2Y cryo-EM structure of yeast THO complex with Sub2 提交 2021-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MFT1_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392 作者链 I； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7aqo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7aqo
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7aqo
沉积日期 deposition_date2020-10-22
结构标题 titleyeast THO-Sub2 complex dimer
关键词 keywordsyeast THO complex S. cerevisiae THO-Sub2 the transcription-export (TREX) complex, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier79.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron79.94 Å
零角强度 I(0) i04294630000.00
分子量 molecular_weight568170.0 kDa
排除体积 excluded_volume714600 ų
包络体积 envelope_volume1283200 ų
水化壳体积 shell_volume141610 ų
包络直径 envelope_diameter306.0 Å
壳层 Rg shell_rg74.09 Å
包络 Rg envelope_rg77.22 Å
形状 Rg shape_rg80.01 Å
总 Rg total_rg79.61 Å
总原子数 total_atoms40251
残基数 n_residues5611
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax225.1 Å
Rg (实空间) rg_real77.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal78.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4279000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6481
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary101.3 Å
偏度 Skewness skewness0.242
峰度 Kurtosis kurtosis-0.605
角度范围 angular_range— – 0.1000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.0080
最高正则化参数 α highest_alpha215800000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 1.000; Stabil: 0.980; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.003
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)