7au3

Cytochrome c oxidase structure in F-state

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1-beta

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome c oxidase subunit 2 × 1 （P08306） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 1 （P06030） Cytochrome c oxidase subunit 4 × 1 （P77921） MANGANESE (II) ION × 1 HEME-A × 2 COPPER (II) ION × 1 CALCIUM ION × 1 OXYGEN ATOM × 1 SUPEROXO ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX1B_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–558； UniProt 1–558

Cytochrome c oxidase subunit 2

物种未注明

UniProt P08306

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome c oxidase subunit 1-beta × 1 （P98002） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 1 （P06030） Cytochrome c oxidase subunit 4 × 1 （P77921） MANGANESE (II) ION × 1 HEME-A × 2 COPPER (II) ION × 1 CALCIUM ION × 1 OXYGEN ATOM × 1 SUPEROXO ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	COX2_PARDE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298

Cytochrome c oxidase subunit 3

物种未注明

UniProt P06030

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome c oxidase subunit 1-beta × 1 （P98002） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 1 （P08306） Cytochrome c oxidase subunit 4 × 1 （P77921） MANGANESE (II) ION × 1 HEME-A × 2 COPPER (II) ION × 1 CALCIUM ION × 1 OXYGEN ATOM × 1 SUPEROXO ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	COX3_PARDE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274

Cytochrome c oxidase subunit 4

物种未注明

UniProt P77921

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome c oxidase subunit 1-beta × 1 （P98002） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 1 （P08306） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 1 （P06030） MANGANESE (II) ION × 1 HEME-A × 2 COPPER (II) ION × 1 CALCIUM ION × 1 OXYGEN ATOM × 1 SUPEROXO ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX4_PARDE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7au3
沉积日期 deposition_date	2020-11-02
结构标题 title	Cytochrome c oxidase structure in F-state
关键词 keywords	Terminal oxidase Cytochrome c oxidase aa3 oxidase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7au3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7au3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7au3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.33 Å
Rg（电子密度）	30.19 Å
总 Rg	30.89 Å
原子数	8850
残基数	1096
排除体积	161090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7au3__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1-beta
分子量 formula_weight	62486.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9012

MADAAVHGHGDHHDTRGFFTRWFMSTNHKDIGILYLFTAGIVGLISVCFTVYMRMELQHPGVQYMCLEGARLIADASAECTPNGHLWNVMITYHGVLMMFFVVIPALFGGFGNYFMPLHIGAPDMAFPRLNNLSYWMYVCGVALGVASLLAPGGNDQMGSGVGWVLYPPLSTTEAGYSMDLAIFAVHVSGASSILGAINIITTFLNMRAPGMTLFKVPLFAWSVFITAWLILLSLPVLAGAITMLLMDRNFGTQFFDPAGGGDPVLYQHILWFFGHPEVYIIILPGFGIISHVISTFAKKPIFGYLPMVLAMAAIGILGFVVWAHHMYTAGMSLTQQAYFMLATMTIAVPTGIKVFSWIATMWGGSIEFKTPMLWAFGFLFLFTVGGVTGVVLSQAPLDRVYHDTYYVVAHFHYVMSLGAVFGIFAGVYYWIGKMSGRQYPEWAGQLHFWMMFIGSNLIFFPQHFLGRQGMPRRYIDYPVEFAYWNNISSIGAYISFASFLFFIGIVFYTLFAGKRVNVPNYWNEHADTLEWTLPSPPPEHTFETLPKREDWDRAHAH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	32563.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MMAIATKRRGVAAVMSLGVATMTAVPALAQDVLGDLPVIGKPVNGGMNFQPASSPLAHDQQWLDHFVLYIITAVTIFVCLLLLICIVRFNRRANPVPARFTHNTPIEVIWTLVPVLILVAIGAFSLPILFRSQEMPNDPDLVIKAIGHQWYWSYEYPNDGVAFDALMLEKEALADAGYSEDEYLLATDNPVVVPVGKKVLVQVTATDVIHAWTIPAFAVKQDAVPGRIAQLWFSVDQEGVYFGQCSELCGINHAYMPIVVKAVSQEKYEAWLAGAKEEFAADASDYLPASPVKLASAE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	30808.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAHVKNHDYQILPPSIWPFFGAIGAFVMLTGAVAWMKGITFFGLPVEGPWMFLIGLVGVLYVMFGWWADVVNEGETGEHTPVVRIGLQYGFILFIMSEVMFFVAWFWAFIKNALYPMGPDSPIKDGVWPPEGIVTFDPWHLPLINTLILLLSGVAVTWAHHAFVLEGDRKTTINGLIVAVILGVCFTGLQAYEYSHAAFGLADTVYAGAFYMATGFHGAHVIIGTIFLFVCLIRLLKGQMTQKQHVGFEAAAWYWHFVDVVWLFLFVVIYIWGR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 4
分子量 formula_weight	5509.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASHHEITDHKHGEMDIRHQQATFAGFIKGATWVSILSIAVLVFLALANS

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	SUPEROXO ION
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	162

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7au3A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.56 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	373069

Cytochrome c oxidase structure in F-state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7au3__assembly_1__model_1

7au3__assembly_1__model_1 | I(q)

7au3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)