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7b36

MST4 in complex with compound G-5555

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase 26

Homo sapiens

UniProt Q9P289

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–300 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 59T 8-[(trans-5-amino-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloro-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；solution: protein 12 mg/ml in buffer 25mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.5mM TCEP, 5% glycerol reservoir: 28% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.5 分辨率 2.11 Å R-free 0.244
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–300 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 59T 8-[(trans-5-amino-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloro-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；solution: protein 12 mg/ml in buffer 25mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.5mM TCEP, 5% glycerol reservoir: 28% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.5 分辨率 2.11 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7B36 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–300（300 aa） 片段：protein kinase
未记录 CD CADMIUM ION × 4 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–300（300 aa） 片段：protein kinase
未记录 CD CADMIUM ION × 3 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–300（300 aa） 片段：protein kinase
链 B 1–300（300 aa） 片段：protein kinase
未记录 CD CADMIUM ION × 7 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3W8I Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of MST4 提交 2013-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 346–416（71 aa） 片段：UNP RESIDUES 346-416
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, 0.3M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
4FZA Crystal structure of MST4-MO25 complex 提交 2012-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 18–297（280 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 18-297
突变：D162A GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 20% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
4FZD Crystal structure of MST4-MO25 complex with WSF motif 提交 2012-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 18–297（280 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 18-297
链 C 323–327（5 aa） 片段：WSF motif, UNP residues 323-327
突变：D162A GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 18% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.25 Å R-free 0.260
4FZF Crystal structure of MST4-MO25 complex with DKI 提交 2012-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 18–297（280 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 18-297
突变：D162A DKI 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 20% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.64 Å R-free 0.309
4GEH Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 提交 2012-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 325–413（89 aa） 片段：Dimerization domain, UNP residues 325-413
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.95 Å R-free 0.253
4GEH Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 提交 2012-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 325–413（89 aa） 片段：Dimerization domain, UNP residues 325-413
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.95 Å R-free 0.253
5XY9 Structure of the MST4 and 14-3-3 complex 提交 2017-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 314–325（12 aa） 片段：UNP residues 314-325
链 D 314–325（12 aa） 片段：UNP residues 314-325
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.245
5YF4 A kinase complex MST4-MOB4 提交 2017-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 320–335（16 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG 1000
分辨率 1.90 Å R-free 0.198

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STK26_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–301； UniProt 1–300 作者链 C； PDB构建体 2–301； UniProt 1–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7b36

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7b36
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7b36
沉积日期 deposition_date2020-11-28
结构标题 titleMST4 in complex with compound G-5555
关键词 keywords;kinase inhibitors, Structure-based drug design, SIK2 inhibitor, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.62 Å
零角强度 I(0) i054253000.00
分子量 molecular_weight60090.0 kDa
排除体积 excluded_volume76110 ų
包络体积 envelope_volume95133 ų
水化壳体积 shell_volume28014 ų
包络直径 envelope_diameter100.1 Å
壳层 Rg shell_rg34.94 Å
包络 Rg envelope_rg29.71 Å
形状 Rg shape_rg29.64 Å
总 Rg total_rg30.11 Å
总原子数 total_atoms4240
残基数 n_residues535
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.1 Å
Rg (实空间) rg_real30.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real5.4250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal54250000.0000
解质量估计 total_estimate0.8585
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.9 Å
偏度 Skewness skewness0.474
峰度 Kurtosis kurtosis-0.395
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9714000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.887
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd7b36a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7b36c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)