7b80

DeAMPylation complex of monomeric FICD and AMPylated BiP (state 2)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum chaperone BiP

Cricetulus griseus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein adenylyltransferase FICD × 1 （Q9BVA6） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 POTASSIUM ION × 3 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BIP_CRIGR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–523； UniProt 28–549

Protein adenylyltransferase FICD

Homo sapiens

UniProt Q9BVA6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Endoplasmic reticulum chaperone BiP × 1 （G3I8R9） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 POTASSIUM ION × 3 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FICD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–343； UniProt 104–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7b80
沉积日期 deposition_date	2020-12-12
结构标题 title	DeAMPylation complex of monomeric FICD and AMPylated BiP (state 2)
关键词 keywords	;FICD, Fic, HYPE, BiP, Grp78, AMPylation, deAMPylation, deAMPylase, ER stress, Complex, adenylation, adenylylation, Hsp70, chaperone, transferase, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7b80__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7b80__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7b80__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.19 Å
Rg（电子密度）	33.78 Å
总 Rg	34.21 Å
原子数	6850
残基数	863
排除体积	122350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7b80__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmic reticulum chaperone BiP
分子量 formula_weight	57543.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.10
突变 mutation	T229A, V461F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	7575

SGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFFEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSTASDNQPTFTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFA

来源 Source

来源生物 organism	Cricetulus griseus
通用名 common_name	Chinese hamster
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10029
宿主生物 host_organism	Escherichia coli M15

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein adenylyltransferase FICD
分子量 formula_weight	39384.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-,3.1.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SLEARAALNQALEMKRQGKREKAQKLFMHALKMDPDFVDALTEFGIFSEEDKDIIQADYLYTRALTISPYHEKALVNRDRTLPLVEEIDQRYFSIIDSKVKKVMSIPKGNSALRRVMEETYYHHIYHTVAIEGNTLTLSEIRHILETRYAVPGKSDEEQNEVIGMHAAMKYINTTLVSRIGSVTISDVLEIHRRVLGYVDPVEAGRFRTTQVLVGHHIPPHPQDVEKQMQEFVQWLNSEEAMNLHPVEFAALAHYKLVYIAPFIDGNGRTSRLLMNLILMQAGYPPITIRKEQRSDYYHVLEAANEGDVRPFIRFIAKCTETTLDTLLFATTEYSVALPEAQP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	590

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7b80A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	7b80A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3290 — Fic-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fido-like domain

结构域编号 domain_id	7b80B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	7b80B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

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晶胞边长 a length_a	95.000 Å
晶胞边长 b length_b	103.890 Å
晶胞边长 c length_c	104.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	52.400 Å
R 因子 r_factor	0.2021
R_work r_work	0.2008
R_free r_free	0.2278

DeAMPylation complex of monomeric FICD and AMPylated BiP (state 2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum chaperone BiP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein adenylyltransferase FICD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7b80__assembly_1__model_1

7b80__assembly_1__model_1 | I(q)

7b80__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

DeAMPylation complex of monomeric FICD and AMPylated BiP (state 2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum chaperone BiP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein adenylyltransferase FICD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7b80__assembly_1__model_1

7b80__assembly_1__model_1 | I(q)

7b80__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)