SAXSdb — 7bbt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c iso-1

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	HEME C × 4 ;4-[[49,50,51,52,53,54,55,56-octahydroxy-11,17,23,29,35,41,47-heptakis[(4-sulfonatophenyl)methyl]-5-nonacyclo[43.3.1.13,7.19,13.115,19.121,25.127,31.133,37.139,43]hexapentaconta-1(49),3,5,7(56),9,11,13(55),15,17,19(54),21,23,25(53),27,29,31(52),33,35,37(51),39,41,43(50),45,47-tetracosaenyl]methyl]benzenesulfonate ; × 3 POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–108； UniProt 3–109 作者链 B； PDB构建体 2–108； UniProt 3–109 作者链 C； PDB构建体 2–108； UniProt 3–109 作者链 D； PDB构建体 2–108； UniProt 3–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bbt
沉积日期 deposition_date	2020-12-18
结构标题 title	Structure of cytochrome c in complex with a p-benzyl-sulfonato-calix[8]arene-PEG pseudorotaxane
关键词 keywords	extended-arm, molecular recognition, biohybrid, alpha-helix, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bbt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bbt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bbt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.58 Å
Rg（电子密度）	25.67 Å
总 Rg	26.64 Å
原子数	4079
残基数	428
排除体积	73195 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bbt__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c iso-1
分子量 formula_weight	12041.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4134

AEFKAGSAKKGATLFKTRCLQCHTVEKGGPHKVGPNLHGIFGRHSGQAEGYSYTDANIKKNVLWDENNMSEYLTNPKKYIPGTKMAFGGLKKEKDRNDLITYLKKATE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;4-[[49,50,51,52,53,54,55,56-octahydroxy-11,17,23,29,35,41,47-heptakis[(4-sulfonatophenyl)methyl]-5-nonacyclo[43.3.1.13,7.19,13.115,19.121,25.127,31.133,37.139,43]hexapentaconta-1(49),3,5,7(56),9,11,13(55),15,17,19(54),21,23,25(53),27,29,31(52),33,35,37(51),39,41,43(50),45,47-tetracosaenyl]methyl]benzenesulfonate ;
分子量 formula_weight	2202.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	POLYETHYLENE GLYCOL (N=34)
分子量 formula_weight	1529.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7bbtA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	7bbtB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	7bbtC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	7bbtD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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晶胞边长 a length_a	120.851 Å
晶胞边长 b length_b	70.215 Å
晶胞边长 c length_c	70.175 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.023 Å
最低分辨率 resolution_low	50.570 Å
R 因子 r_factor	0.2346
R_work r_work	0.2334
R_free r_free	0.2606

Structure of cytochrome c in complex with a p-benzyl-sulfonato-calix[8]arene-PEG pseudorotaxane

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c iso-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bbt__assembly_1__model_1

7bbt__assembly_1__model_1 | I(q)

7bbt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of cytochrome c in complex with a p-benzyl-sulfonato-calix[8]arene-PEG pseudorotaxane

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c iso-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bbt__assembly_1__model_1

7bbt__assembly_1__model_1 | I(q)

7bbt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)