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Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 5-fluoropyridine-2,4-dicarboxylic acid, and factor X substrate peptide fragment (39mer-4Ser)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase

Homo sapiens

UniProt Q12797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 330–758 未记录 Coagulation factor X × 1 （P00742） MN MANGANESE (II) ION × 1 U4Q 5-fluoranylpyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium nitrate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 18 mg/ml protein 分辨率 1.75 Å R-free 0.251
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 330–758 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 U4Q 5-fluoranylpyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium nitrate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 18 mg/ml protein 分辨率 1.75 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7BMJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5APA Crystal structure of human aspartate beta-hydroxylase isoform a 提交 2015-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 562–758（197 aa） 片段：UNP RESIDUES 562-758
未记录 NI NICKEL (II) ION × 1 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 50MM SODIUM MALATE, 20% PEG3350, 3% DEXTRAN SULFATE, 20MM NISO4
分辨率 2.05 Å R-free 0.185
5JQY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2016-05-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa） 片段：UNP residues 330-758
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；100mM SPG buffer, 25% PEG 1500, 2mM NOG, 1mM MnCl2, 18mg/ml protein
分辨率 1.99 Å R-free 0.205
5JTC Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 2,4-pyridine dicarboxylate and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2016-05-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa） 片段：UNP Residues 330-758
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 PD2 PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID × 1 BR BROMIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG3350, 200mM NaBr, 100mM BisTris Propane, 1mM MnCl2, 2mM 2,4-PDCA, 330uM ASPH, 726uM Factor X
分辨率 2.24 Å R-free 0.208
5JZ6 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese and L-malate 提交 2016-05-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；1mM MMT buffer (DL-Malic acid, MES, Tris base), 25% PEG1500, 1 mM MnCl2, 2 mM N-oxalylglycine, 18 mg/ml protein
分辨率 2.35 Å R-free 0.220
5JZ8 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine, and factor X substrate peptide fragment (39mer) 提交 2016-05-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis-tris propane, 200mM sodium acetate, 20% PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalylglycine, 726 uM FX peptide, 18 mg/ml protein
分辨率 2.10 Å R-free 0.216
5JZA Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese and N-oxalylglycine 提交 2016-05-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；100 mM bicine, 100 mM sodium chloride, 27% PEG 550 MME, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalylglycine, 18 mg/ml protein
分辨率 2.14 Å R-free 0.198
5JZU Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and factor X substrate peptide fragment (26mer) 提交 2016-05-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis-tris propane, 20 mM sodium/potassium phosphate, 20% PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalylglycine, 1.65 mM factor X peptide, 18 mg/ml asph protein
分辨率 2.50 Å R-free 0.229
6Q9F Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H679A in complex with Mn, NOG and Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2018-12-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
突变：H679A MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M sodium chloride 0.1 M Tris-HCl 8.0 20 % w/v PEG 6000
分辨率 1.63 Å R-free 0.200
6Q9I Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H679A in complex with Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2018-12-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
突变：H679A FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium formate, 20 % w/v PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.223
6QA5 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H679A in the apo form 提交 2018-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 301–729（429 aa）
突变：H679A ACT ACETATE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1 M PCTP (Propionic acid, Cacodylate, Bis-tris propane) buffer pH 9.0 25 % w/v PEG 1500
分辨率 2.65 Å R-free 0.224
6RK9 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and cyclic peptide substrate mimic of factor X 提交 2019-04-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis-tris propane, 200 mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, 2 mM N-oxalylglycine, 1 mM manganese chloride, 3.3 mM cyclic peptide, 18 mg/ml asph protein
分辨率 2.29 Å R-free 0.235
6RK9 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and cyclic peptide substrate mimic of factor X 提交 2019-04-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis-tris propane, 200 mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, 2 mM N-oxalylglycine, 1 mM manganese chloride, 3.3 mM cyclic peptide, 18 mg/ml asph protein
分辨率 2.29 Å R-free 0.235
6YYU Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese and 2-oxoglutarate 提交 2020-05-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM HEPES sodium, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v PEG 4000, 1 mM manganese chloride, 2 mM 2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 2.11 Å R-free 0.231
6YYV Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese and 3-methyl-2-oxoglutarate 提交 2020-05-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 Q1Z (3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；200 mM magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 3-methyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 1.77 Å R-free 0.208
6YYW Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM Bis Tris Propane, 200 mM sodium acetate trihydrate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 2.27 Å R-free 0.224
6YYX Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-methyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 Q1Z (3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；200 mM Bis Tris Propane, 200 mM sodium/potassium phosphate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 3-methyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 1.53 Å R-free 0.192
6YYY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 4,4-dimethyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 Q1W 2,2-dimethyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium bromide, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 4,4-dimethyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 2.29 Å R-free 0.244
6Z6Q Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-ethyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 QA8 (3~{R})-3-ethyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES sodium, 200 mM ammonium chloride, 20% w/v PEG 6000, 1 mM manganese chloride, 2 mM 3-ethyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 1.81 Å R-free 0.232
6Z6R Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalyl-alpha-methylalanine, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 BR BROMIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 UQK N-oxalyl-alpha-methylalanine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis Tris propane, 200 mM sodium bromide, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalyl-alpha-methylalanine, 18 mg/ml protein
分辨率 2.13 Å R-free 0.242
7BMI Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-fluoropyridine-2,4-dicarboxylic acid, and factor X substrate peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2021-01-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 U4B 3-fluoranylpyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES sodium, 200 mM ammonium chloride, 20% w/v PEG 4000, 1 mM manganese chloride, 2 mM 2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 1.66 Å R-free 0.220
7E6J Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H725A in complex with Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2021-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
突变：H725A GOL GLYCEROL × 3 PPI PROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100mM PCTP, 25% w/v PEG 1500
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
7YB8 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with D-2-hydroxyglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 2HG (2R)-2-hydroxypentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M lithium chloride, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 0.1 M Tris-HCl
分辨率 1.98 Å R-free 0.248
7YB9 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with L-2-hydroxyglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 329–758（430 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 S2G (2S)-2-HYDROXYPENTANEDIOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M lithium chloride, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 0.1 M Bis-Tris propane
分辨率 1.54 Å R-free 0.215
7YBA Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with D-4-hydroxy-2-oxoglutarate 提交 2022-06-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 IO9 (2~{R})-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；277 K；0.2 M Ammonium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.86 Å R-free 0.202
7YBB Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with D-4-hydroxy-2-oxoglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 IO9 (2~{R})-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Bis-Tris propane
分辨率 1.68 Å R-free 0.219
7YBC Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with (S)-4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IOW (2~{S})-2-methyl-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Bis Tris propane
分辨率 1.84 Å R-free 0.199
8RE5 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735Q variant in complex with Mn, 2-oxosuberate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 315–758（444 aa）
突变：R735Q YQX 2-oxidanylideneoctanedioic acid × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
8RE6 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735Q variant in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 315–758（444 aa）
突变：R735Q MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 1.92 Å R-free 0.216
8RE7 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735W variant in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 315–758（444 aa）
突变：R735W AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.242
8RE8 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R688Q variant in complex with Mn, (3R)-methyl-2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 315–758（444 aa）
突变：R688Q Q1Z (3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.208
8RE9 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 315–758（444 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5 20 % v/v PEG Smear High (BCS screen)
分辨率 1.84 Å R-free 0.196
9FVU Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, thiocyanate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–758（758 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaSCN, 20% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.187
9FVV Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Mn, 2OG, thiocyanate and Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2024-06-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaSCN, 20% PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
9FVW Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2OG, SIN and hydroxylated product of Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2024-06-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 SIN SUCCINIC ACID × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.224
9FVX Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 331–758（428 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 CL CHLORIDE ION × 2 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.212
9FVY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, succinate and the hudroxylated product of Factor X derived peptide fragment after O2 exposure 提交 2024-06-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 FE FE (III) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.199
9FVZ Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 331–758（428 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 GOL GLYCEROL × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.213
9FW0 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 331–758（428 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 1.95 Å R-free 0.207
9HNZ Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and hydroxylated Factor X derived peptide fragment, 2 h O2 exposure 提交 2024-12-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG3350, 0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
9HO0 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, succinate and the hydroxylated product of Factor X derived peptide fragment, 12 h O2 exposure 提交 2024-12-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 2.14 Å R-free 0.232
9HO1 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, and hydroxylated Factor X derived peptide fragment, 1.5 s O2 exposure 提交 2024-12-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG3350, 0.1M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 1.85 Å R-free 0.221
9HO2 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment, excess Fe removed 提交 2024-12-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 331–758（428 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 1.83 Å R-free 0.219
9HO3 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2OG, nitric oxide, and Factor X peptide fragment 提交 2024-12-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–758（429 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NO NITRIC OXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 16% PEG3350, 0.1 M KSCN
分辨率 2.39 Å R-free 0.242

共 42 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ASPH_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–429； UniProt 330–758 作者链 C； PDB构建体 1–429； UniProt 330–758

Coagulation factor X

物种未注明

UniProt P00742

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 86–124 未记录 Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase × 1 （Q12797） MN MANGANESE (II) ION × 1 U4Q 5-fluoranylpyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium nitrate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 18 mg/ml protein 分辨率 1.75 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7BMJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C5M STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 235–488（254 aa） 片段：HEAVY CHAIN
链 F 84–179（96 aa） 片段：LIGHT CHAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；crystallization conditions : Crystals of truncated human factor Xa were grown in hanging drops from equal volumes of protein solution (5.0 mg/ml in 20 mM Hepes, 50 mM ammonimum sulfate, pH 8.0) and well solution (25 % PEG 5K, 0.10 M Hepes, 0.2 M ammonium sulfate, pH 7.5)., VAPOR DIFFUSION
分辨率 1.95 Å R-free 0.307
1EZQ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR128515 提交 2000-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED FACTOR XA, HEAVY CHAIN
链 B 46–179（134 aa） 片段：FACTOR X LIGHT CHAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 RPR 3-[(3'-AMINOMETHYL-BIPHENYL-4-CARBONYL)-AMINO]-2-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-BUTYRIC ACID METHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50mM Mes-NaOH, 1mM RPR128515, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.20 Å R-free 0.267
1F0R CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR208815 提交 2000-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED FACTOR XA, HEAVY CHAIN
链 B 46–179（134 aa） 片段：FACTOR X LIGHT CHAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 815 THIENO[3,2-B]PYRIDINE-2-SULFONIC ACID [1-(1-AMINO-ISOQUINOLIN-7-YLMETHYL)-2-OXO-PYRROLDIN-3-YL]-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-22%PEG 600, 50mM Mes-NaOH, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.10 Å R-free 0.263
1F0S Crystal Structure of Human Coagulation Factor XA Complexed with RPR208707 提交 2000-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED FACTOR XA, HEAVY CHAIN
链 B 46–179（134 aa） 片段：FACTOR X LIGHT CHAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 PR2 THIENO[3,2-B]PYRIDINE-2-SULFONIC ACID [2-OXO-1-(1H-PYRROLO[2,3-C]PYRIDIN-2-YLMETHYL)-PYRROLIDIN-3-YL]-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-22%PEG 600, 50mM Mes-NaOH, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.10 Å R-free 0.263
1FAX COAGULATION FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 1996-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–481（247 aa）
链 L 84–179（96 aa）
突变：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN, RESIDUES 1 - 44 OF THE LIGHT CHAIN, ARE REMOVED 突变：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN, RESIDUES 1 - 44 OF THE LIGHT CHAIN, ARE REMOVED CA CALCIUM ION × 1 DX9 (2S)-3-(7-carbamimidoylnaphthalen-2-yl)-2-[4-({(3R)-1-[(1Z)-ethanimidoyl]pyrrolidin-3-yl}oxy)phenyl]propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.261
1FJS CRYSTAL STRUCTURE OF THE INHIBITOR ZK-807834 (CI-1031) COMPLEXED WITH FACTOR XA 提交 2000-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：HEAVY CHAIN, CATALYTIC DOMAIN
链 L 127–178（52 aa） 片段：LIGHT CHAIN, EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 Z34 N-[2-[5-[AMINO(IMINO)METHYL]-2-HYDROXYPHENOXY]-3,5-DIFLUORO-6-[3-(4,5-DIHYDRO-1-METHYL-1H-IMIDAZOL-2-YL)PHENOXY]PYRIDIN-4-YL]-N-METHYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；295 K；Drop; 2 microliter, 12 mg/ml Factor Xa, 50 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl + 2 microlter reservoir: Reservoir; 15-21% PEG-1500 and 10mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 1.92 Å R-free 0.256
1G2L FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2000-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B 86–179（94 aa） 片段：DES-GLA FRAGMENT
未记录 CA CALCIUM ION × 1 T87 [(1-{2[(4-CARBAMIMIDOYL-PHENYLAMINO)-METHYL]-1-METHYL-1H-BENZOIMIDAZOL-5-YL}-CYCLOPROPYL)-PYRIDIN-2-YL-METHYLENEAMINOOXY]-ACETIC ACID ETHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.272
1G2M FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2000-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B 86–179（94 aa） 片段：DES-GLA FRAGMENT
未记录 CA CALCIUM ION × 1 R11 4-{[1-METHYL-5-(2-METHYL-BENZOIMIDAZOL-1-YLMETHYL)-1H-BENZOIMIDAZOL-2-YLMETHYL]-AMINO}-BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.02 Å R-free 0.278
1HCG STRUCTURE OF HUMAN DES(1-45) FACTOR XA AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa）
链 B 129–179（51 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1IOE Human coagulation factor Xa in complex with M55532 提交 2001-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：HEAVY CHAIN, CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：LIGHT CHAIN, EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN (RESIDUES 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMA (-)-7-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]TETRAHYDRO-8A-(METHOXYMETHYL)-1'-(4-PYRIDINYL)-SPIRO[5H-OXAZOLO[3,2-A]PYRAZINE-2(3H),4'-PIPERIDIN]-5-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, CALCIUM CHLORIDE, M55532,TRIS-HCL, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.90 Å R-free 0.295
1IQE Human coagulation factor Xa in complex with M55590 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMB 4-[(2R)-3-[[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]AMINO]-1-OXO-2-[[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]AMINO]PROPYL]-THIOMORPHOLINE-1,1-DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55590, tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.297
1IQF Human coagulation factor Xa in complex with M55165 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMD (2R)-4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-6-OXO-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]-2-PIPERAZINECARBOXYLIC ACID ETHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55165, tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.277
1IQG Human coagulation factor Xa in complex with M55159 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XME 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[4-HYDROXYIMINOMETHYL-1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55159, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1IQH Human coagulation factor Xa in complex with M55143 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMF 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[4-HYDROXYMETHYL-1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55143, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
1IQI Human coagulation factor Xa in complex with M55125 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMG 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL] METHYL]-2-PIPERAZINECARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55125, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.290
1IQJ Human coagulation factor Xa in complex with M55124 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMH 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]-2-PIPERAZINECARBOXYLIC ACID ETHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55124, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.293
1IQK Human coagulation factor Xa in complex with M55113 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMI 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55113, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.280
1IQL Human coagulation factor Xa in complex with M54476 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMJ 4-[[(1E)-2-(4-CHLOROPHENYL)ETHENYL]SULFONYL]-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M54476, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.304
1IQM Human coagulation factor Xa in complex with M54471 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMK 1-[[(1E)-2-(4-CHLOROPHENYL)ETHENYL]SULFONYL]-4-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M54471, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.284
1IQN Human coagulation factor Xa in complex with M55192 提交 2001-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–469（235 aa） 片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L 84–179（96 aa） 片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XMC 4-[[4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-6-OXO-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]-2-PIPERAZINYL]CARBONYL]MORPHOLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55192, tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.254
1KSN Crystal Structure of Human Coagulation Factor XA Complexed with FXV673 提交 2002-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED FACTOR XA, HEAVY CHAIN
链 B 46–179（134 aa） 片段：FACTOR X LIGHT CHAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 FXV METHYL-3-(4'-N-OXOPYRIDYLPHENOYL)-3-METHYL-2-(M-AMIDINOBENZYL)-PROPIONATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH, 1MM RPR128515, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.10 Å
1LPG CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 79. 提交 2002-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–179（134 aa） 片段：light chain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.288
1LPG CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 79. 提交 2002-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–488（254 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 IMA [4-({[5-BENZYLOXY-1-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-1H-INDOLE-2-CARBONYL]-AMINO}-METHYL)-PHENYL]-TRIMETHYL-AMMONIUM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.288
1LPK CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 125. 提交 2002-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–179（134 aa） 片段：light chain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.280
1LPK CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 125. 提交 2002-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–488（254 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CBB 1-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID 3-CARBAMIMIDOYL-BENZYLESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.280
1LPZ CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 41. 提交 2002-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–179（134 aa） 片段：light chain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.279
1LPZ CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 41. 提交 2002-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–488（254 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CMB 1-(3-carbamimidoylbenzyl)-N-(3,5-dichlorobenzyl)-4-methyl-1H-indole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.279
1LQD CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 45. 提交 2002-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–179（134 aa） 片段：light chain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
1LQD CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 45. 提交 2002-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–488（254 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CMI 1-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-4-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID 3,5-DIMETHYL-BENZYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
1MQ5 Crystal Structure of 3-chloro-N-[4-chloro-2-[[(4-chlorophenyl)amino]carbonyl]phenyl]-4-[(4-methyl-1-piperazinyl)methyl]-2-thiophenecarboxamide Complexed with Human Factor Xa 提交 2002-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
链 L 127–177（51 aa） 片段：EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN 2
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XLC 3-CHLORO-N-[4-CHLORO-2-[[(4-CHLOROPHENYL)AMINO]CARBONYL]PHENYL]-4-[(4-METHYL-1-PIPERAZINYL)METHYL]-2-THIOPHENECARBOXAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；A THREE-FOLD EXCESS OF A PROPRIETARY FACTOR XA INHIBITOR WITH PICOMOLAR AFFINITY WAS ADDED TO THE DES-GLA-FACTOR XA. THIS INHIBITOR IS BASED ON THE SAME TEMPLATE AS XLC IN 1MQ5. THE PROTEIN WAS THEN CONCENTRATED TO 12-17 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN USING 2 UL OF COMPLEX WITH 2 UL OF RESERVOIR CONTAINING 15-21% PEG1500 AND 10 MM CACL2. 30-40 UL SITTING DROPS CONTAINING SATURATED INHIBITOR (5 MM) IN 21% PEG1500, 5 MM CACL2, 50 MM NACL, 50 MM TRIS PH 7.5 (CRYSTAL SOAKING SOLUTION) WERE EQUILIBRATED OVER A 1 ML RESERVOIR CONTAINING THE CRYSTAL SOAKING SOLUTION FOR 1 TO 2 DAYS. A SINGLE FACTOR XA CRYSTAL WAS TRANSFERRED USING A MOUNTED CRYOLOOP INTO ONE OF THESE SITTING DROPS AND ALLOWED TO SOAK FOR THREE OR MORE Days. AFTER THE INITIAL SOAK, EACH CRYSTAL WAS THEN TRANSFERRED TO AN UNUSED DROP AND ALLOWED TO SOAK FOR SECOND PERIOD OF THREE OR MORE DAYS. pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.264
1MQ6 Crystal Structure of 3-chloro-N-[4-chloro-2-[[(5-chloro-2-pyridinyl)amino]carbonyl]-6-methoxyphenyl]-4-[[(4,5-dihydro-2-oxazolyl)methylamino]methyl]-2-thiophenecarboxamide Complexed with Human Factor Xa 提交 2002-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
链 L 127–177（51 aa） 片段：EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN 2
未记录 CA CALCIUM ION × 1 XLD 3-CHLORO-N-[4-CHLORO-2-[[(5-CHLORO-2-PYRIDINYL)AMINO]CARBONYL]-6-METHOXYPHENYL]-4-[[(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)METHYLAMINO]METHYL]-2-THIOPHENECARBOXAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；A THREE-FOLD EXCESS OF A PROPRIETARY FACTOR XA INHIBITOR WITH PICOMOLAR AFFINITY WAS ADDED TO THE DES-GLA-FACTOR XA. THIS INHIBITOR IS BASED ON THE SAME TEMPLATE AS XLD IN 1MQ6. THE PROTEIN WAS THEN CONCENTRATED TO 12-17 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN USING 2 UL OF COMPLEX WITH 2 UL OF RESERVOIR CONTAINING 15-21% PEG1500 AND 10 MM CACL2. 30-40 UL SITTING DROPS CONTAINING SATURATED INHIBITOR (5 MM) IN 21% PEG1500, 5 MM CACL2, 20 MM NACL, 25 MM TRIS PH 7.5 (CRYSTAL SOAKING SOLUTION) WERE EQUILIBRATED OVER A 1 ML RESERVOIR CONTAINING THE CRYSTAL SOAKING SOLUTION FOR 1 TO 2 DAYS. A SINGLE FACTOR XA CRYSTAL WAS TRANSFERRED USING A MOUNTED CRYOLOOP INTO ONE OF THESE SITTING DROPS AND ALLOWED TO SOAK FOR THREE OR MORE DAYS. AFTER THE INITIAL SOAK, EACH CRYSTAL WAS THEN TRANSFERRED TO AN UNUSED DROP AND ALLOWED TO SOAK FOR SECOND PERIOD OF THREE OR MORE DAYS. pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.268
1NFU CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR132747 提交 2002-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–240（195 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 RRP 3-({4-[(6-CHLORO-1-BENZOTHIEN-2-YL)SULFONYL]-2-OXOPIPERAZIN-1-YL}METHYL)BENZENECARBOXIMIDAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH,1MM RPR132747, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.05 Å
1NFW CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR209685 提交 2002-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 RRR 4-{[(E)-2-(5-CHLOROTHIEN-2-YL)VINYL]SULFONYL}-1-(1H-PYRROLO[3,2-C]PYRIDIN-2-YLMETHYL)PIPERAZIN-2-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH,1MM RPR209685, pH 5.70 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292 K
分辨率 2.10 Å
1NFX CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR208944 提交 2002-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 RDR 4-[(6-CHLORO-1-BENZOTHIEN-2-YL)SULFONYL]-1-{[1-(2-HYDROXYETHYL)-1H-PYRROLO[3,2-C]PYRIDIN-2-YL]METHYL}PIPERAZIN-2-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH,1MM RPR208944, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.15 Å
1NFY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR200095 提交 2002-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 RTR 4-({4-[(6-CHLORO-1-BENZOTHIEN-2-YL)SULFONYL]-2-OXOPIPERAZIN-1-YL}METHYL)BENZENECARBOXIMIDAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH,1MM RPR200095, pH 5.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.10 Å
1P0S Crystal Structure of Blood Coagulation Factor Xa in Complex with Ecotin M84R 提交 2003-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 235–488（254 aa） 片段：Factor Xa Heavy Chain
链 L 41–178（138 aa） 片段：Factor Xa Light Chain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；298 K；PEG 3350, sodium potassium tartrate, sodium chloride, magnesium chloride, glycerol, MPD , pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.234
1V3X Factor Xa in complex with the inhibitor 1-[6-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo(5,4-c)pyridin-2-yl] carbonyl-2-carbamoyl-4-(6-chloronaphth-2-ylsulphonyl)piperazine 提交 2003-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：Residues 16-243
链 B 127–178（52 aa） 片段：Residues 87-138
未记录 CA CALCIUM ION × 2 D76 (2R)-4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHYL)SULFONYL]-1-[(5-METHYL-4,5,6,7-TETRAHYDRO[1,3]THIAZOLO[5,4-C]PYRIDIN-2-YL)CARBONYL]PIPERAZ INE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, macro-seeding, Soaking；pH 5；293 K；PEG6000, sodium acetate, Malate imidazole, Calcium chloride, pH 5.00, vapor diffusion, macro-seeding, Soaking, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
1WU1 Factor Xa in complex with the inhibitor 4-[(5-chloroindol-2-yl)sulfonyl]-2-(2-methylpropyl)-1-[[5-(pyridin-4-yl) pyrimidin-2-yl]carbonyl]piperazine 提交 2004-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：RESIDUES 16-243
链 B 85–179（95 aa） 片段：RESIDUES 85-138
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 D91 5-CHLORO-2-({3-ISOBUTYL-4-[(5-PYRIDIN-4-YLPYRIMIDIN-2-YL)CARBONYL]PIPERAZIN-1-YL}SULFONYL)-1H-INDOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG6000, NaAcetate, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
1XKA FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 235–469（235 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 L 85–179（95 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.287
1XKB FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 85–179（95 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 C 235–469（235 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.294
1XKB FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 85–179（95 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 D 235–469（235 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.294
1XKB FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 85–179（95 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 B 85–179（95 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 C 235–469（235 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 D 235–469（235 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 3 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.294
1XKB FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 85–179（95 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 B 85–179（95 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 C 235–469（235 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 D 235–469（235 aa） 片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 3 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.294
1Z6E Factor XA in complex with the inhibitor 1-(3'-amino-1,2-benzisoxazol-5'-yl)-n-(4-(2'-((dimethylamino)methyl)-1h-imidazol-1-yl)-2-fluorophenyl)-3-(trifluoromethyl)-1h-pyrazole-5-carboxamide (razaxaban; DPC906; BMS-561389) 提交 2005-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：UNP residues 235-468
链 L 127–178（52 aa） 片段：UNP residues 127-178
未记录 IK8 1-(3-AMINO-1,2-BENZISOXAZOL-5-YL)-N-(4-{2-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-1H-IMIDAZOL-1-YL}-2-FLUOROPHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL) -1H-PYRAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.260
2BMG Crystal structure of factor Xa in complex with 50 提交 2005-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–178（53 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-178
链 B 235–468（234 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-468
未记录 CA CALCIUM ION × 1 I1H 3-[2-(2,4-DICHLOROPHENYL)ETHOXY]-4-METHOXY-N-[(1-PYRIDIN-4-YLPIPERIDIN-4-YL)METHYL]BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K
分辨率 2.70 Å R-free 0.277
2BOH Crystal structure of factor Xa in complex with compound "1" 提交 2005-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–234（109 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-234
链 B 235–488（254 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 235-488
未记录 CA CALCIUM ION × 1 IIA 1-{[5-(5-CHLORO-2-THIENYL)ISOXAZOL-3-YL]METHYL}-N-(1-ISOPROPYLPIPERIDIN-4-YL)-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0 K
分辨率 2.20 Å R-free 0.253
2BOK Factor Xa - cation 提交 2005-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 234-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 126-180
突变：YES 784 [AMINO (4-{(3AS,4R,8AS,8BR)-1,3-DIOXO-2- [3-(TRIMETHYLAMMONIO) PROPYL]DECAHYDROPYRROLO[3,4-A] PYRROLIZIN-4-YL}PHENYL) METHYLENE]AMMONIUM × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50
分辨率 1.64 Å R-free 0.237
2BQ6 Crystal structure of factor Xa in complex with 21 提交 2005-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–177（52 aa） 片段：DES-GLA LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-177
链 B 220–368（149 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B 369–441（73 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B 442–468（27 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
未记录 CA CALCIUM ION × 1 IIB 1-{[5-(5-CHLORO-2-THIENYL)ISOXAZOL-3-YL]METHYL}-3-CYANO-N-(1-ISOPROPYLPIPERIDIN-4-YL)-7-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.298
2BQ7 Crystal structure of factor Xa in complex with 43 提交 2005-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–177（52 aa） 片段：DES-GLA LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-177
链 B 220–368（149 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B 369–441（73 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B 342–468（127 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
未记录 IID N-(1-ISOPROPYLPIPERIDIN-4-YL)-1-(3-METHOXYBENZYL)-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0 K
分辨率 2.20 Å R-free 0.272
2BQW CRYSTAL STRUCTURE OF FACTOR XA IN COMPLEX WITH COMPOUND 45 提交 2005-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–177（52 aa） 片段：DES-GLA LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-177
链 B 220–368（149 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B 369–441（73 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B 442–468（27 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
未记录 CA CALCIUM ION × 1 IIE 1-{2-[(4-CHLOROPHENYL)AMINO]-2-OXOETHYL}-N-(1-ISOPROPYLPIPERIDIN-4-YL)-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0 K
分辨率 2.95 Å R-free 0.261
2CJI Crystal structure of a Human Factor Xa inhibitor complex 提交 2006-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–368（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 369–441（73 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 442–488（47 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 GSK 6-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-(4-MORPHOLINYL)-2-OXO ETHYL]-2-OXO-3-PYRROLIDINYL}-2-NAPHTHALENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.75；18% PEG 6K, 100MM MES PH5.75, 10MM CACL2
分辨率 2.10 Å R-free 0.242
2D1J Factor Xa in complex with the inhibitor 2-[[4-[(5-chloroindol-2-yl)sulfonyl]piperazin-1-yl] carbonyl]thieno[3,2-b]pyridine n-oxide 提交 2005-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：RESIDUES 16-243
链 B 125–178（54 aa） 片段：RESIDUES 85-138
未记录 CA CALCIUM ION × 2 D01 2-({4-[(5-CHLORO-1H-INDOL-2-YL)SULFONYL]PIPERAZIN-1-YL}CARBONYL)THIENO[3,2-B]PYRIDINE 4-OXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SEEDING；pH 5；293 K；pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, SEEDING, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.232
2EI6 FACTOR XA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR (-)-cis-N1-[(5-Chloroindol-2-yl)carbonyl]-N2-[(5-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl)carbonyl]-1,2-cyclohexanediamine 提交 2007-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：RESIDUES 16-243
链 B 125–178（54 aa） 片段：RESIDUES 85-138
未记录 CA CALCIUM ION × 2 D92 N-((1R,2S)-2-(5-CHLORO-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDO)CYCLOHEXYL)-5-METHYL-4,5,6,7-TETRAHYDROTHIAZOLO[5,4-C]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, hanging drop, seeding；pH 5；293 K；pH 5.00, vapor diffusion, hanging drop, seeding, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
2EI7 FACTOR XA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR trans-N1-[(5-Chloroindol-2-yl)carbonyl]-N2-[(5-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl)carbonyl]-1,2-cyclohexanediamine 提交 2007-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：RESIDUES 16-243
链 B 125–178（54 aa） 片段：RESIDUES 85-138
未记录 CA CALCIUM ION × 2 D93 N-((1R,2R)-2-(5-CHLORO-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDO)CYCLOHEXYL)-5-METHYL-4,5,6,7-TETRAHYDROTHIAZOLO[5,4-C]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, hanging drop, seeding；pH 5；293 K；compound introduced with soaking method at pH 7, pH 5.00, vapor diffusion, hanging drop, seeding, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.273
2EI8 FACTOR XA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR (1S,2R,4S)-N1-[(5-chloroindol-2-yl)carbonyl]-4-(N,N-dimethylcarbamoyl)-N2-[(5-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl)carbonyl]-1,2-cyclohexanediamine 提交 2007-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：RESIDUES 16-243
链 B 125–178（54 aa） 片段：RESIDUES 85-138
未记录 CA CALCIUM ION × 2 DT8 N-((1R,2S,5S)-2-(5-CHLORO-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDO)-5-(DIMETHYLCARBAMOYL)CYCLOHEXYL)-5-METHYL-4,5,6,7-TETRAHYDROTHIAZOLO[5,4-C]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, hanging drop, seeding；pH 5；293 K；soaking method at pH 7, pH 5.00, vapor diffusion, hanging drop, seeding, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2FZZ Factor Xa in complex with the inhibitor 1-(3-amino-1,2-benzisoxazol-5-yl)-6-(2'-(((3r)-3-hydroxy-1-pyrrolidinyl)methyl)-4-biphenylyl)-3-(trifluoromethyl)-1,4,5,6-tetrahydro-7h-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7-one 提交 2006-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Coagulation Factor X, Heavy Chain
链 L 127–178（52 aa） 片段：Coagulation Factor X, Light Chain
未记录 5QC 1-(3-AMINO-1,2-BENZISOXAZOL-5-YL)-6-(2'-{[(3R)-3-HYDROXYPYRROLIDIN-1-YL]METHYL}BIPHENYL-4-YL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1,4,5,6-TETRAHYDRO-7H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-7-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.294
2G00 Factor Xa in complex with the inhibitor 3-(6-(2'-((dimethylamino)methyl)-4-biphenylyl)-7-oxo-3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-1-yl)benzamide 提交 2006-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Coagulation Factor X, Heavy Chain
链 L 127–178（52 aa） 片段：Coagulation Factor X, Light Chain
未记录 4QC 3-[6-{2'-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]BIPHENYL-4-YL}-7-OXO-3-(TRIFLUOROMETHYL)-4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-1-YL]BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.284
2GD4 Crystal Structure of the Antithrombin-S195A Factor Xa-Pentasaccharide Complex 提交 2006-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 235–475（241 aa） 片段：Residues 235-475
链 L 126–182（57 aa） 片段：Residues 126-182
突变：S195A CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；20% PEG 3350, 200mM Calcium Acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.30 Å R-free 0.298
2GD4 Crystal Structure of the Antithrombin-S195A Factor Xa-Pentasaccharide Complex 提交 2006-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 126–182（57 aa） 片段：Residues 126-182
链 B 235–475（241 aa） 片段：Residues 235-475
突变：S195A CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；20% PEG 3350, 200mM Calcium Acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.30 Å R-free 0.298
2H9E Crystal Structure of FXa/selectide/NAPC2 ternary complex 提交 2006-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 235–467（233 aa） 片段：catalytic domain
链 L 86–234（149 aa） 片段：EGF-like 1 domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；peg 8000, potassium dihydrogen phosphate, acetate ion, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.268
2J2U CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 GSQ 5-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-5-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-SULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.85；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
分辨率 1.90 Å R-free 0.236
2J34 CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–368（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 369–441（73 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 442–488（47 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 GS6 6-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}-1-BENZOTHIOPHENE-2-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.85；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
分辨率 2.01 Å R-free 0.220
2J38 CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–368（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 369–441（73 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 442–488（47 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 GS5 5-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}-1-BENZOTHIOPHENE-2-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.85；16% PEG6K, 50MM MES PH5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
分辨率 2.10 Å R-free 0.302
2J4I CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 GSJ 1-PYRROLIDINEACETAMIDE, 3-[[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]AMINO]-ALPHA-METHYL-N-(1-METHYLETHYL)-N-[2-[(METHYLSULFONYL)AMINO]ETHYL]-2-OXO-, (ALPHAS,3S)- × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.85；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
2J94 CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–368（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 369–441（73 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 442–488（47 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 G15 5-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}-1H-1,2,4-TRIAZOLE-3-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.75；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
2J95 CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–368（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 369–441（73 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A 442–488（47 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 GSX 5'-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}-2,2'-BITHIOPHENE-5-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.85；18% PEG 6K, 100MM MES PH5.75, 10MM CACL2, pH 5.85
分辨率 2.01 Å R-free 0.242
2JKH Factor Xa - cation inhibitor complex 提交 2008-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES BI7 3-[(3~{a}~{S},4~{R},8~{a}~{S},8~{b}~{R})-4-[5-(5-chloranylthiophen-2-yl)-1,2-oxazol-3-yl]-1,3-bis(oxidanylidene)-4,6,7,8,8~{a},8~{b}-hexahydro-3~{a}~{H}-pyrrolo[3,4-a]pyrrolizin-2-yl]propyl-trimethyl-azanium × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.25 Å R-free 0.221
2JKH Factor Xa - cation inhibitor complex 提交 2008-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
突变：YES BI7 3-[(3~{a}~{S},4~{R},8~{a}~{S},8~{b}~{R})-4-[5-(5-chloranylthiophen-2-yl)-1,2-oxazol-3-yl]-1,3-bis(oxidanylidene)-4,6,7,8,8~{a},8~{b}-hexahydro-3~{a}~{H}-pyrrolo[3,4-a]pyrrolizin-2-yl]propyl-trimethyl-azanium × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.25 Å R-free 0.221
2JKH Factor Xa - cation inhibitor complex 提交 2008-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.25 Å R-free 0.221
2P16 Factor Xa in Complex with the Inhibitor APIXABAN (BMS-562247) AKA 1-(4-METHOXYPHENYL)-7-OXO-6-(4-(2-OXO-1-PIPERIDINYL)PHENYL)-4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-PYRAZOLO[3, 4-C]PYRIDINE-3-CARBOXAMIDE 提交 2007-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Coagulation Factor X, Heavy Chain
链 L 127–178（52 aa） 片段：Coagulation Factor X, Light Chain
未记录 CA CALCIUM ION × 1 GG2 1-(4-METHOXYPHENYL)-7-OXO-6-[4-(2-OXOPIPERIDIN-1-YL)PHENYL]-4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDINE-3-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, pH 5.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.277
2P3F Crystal structure of the factor Xa/NAP5 complex 提交 2007-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 235–469（235 aa） 片段：Activated factor Xa heavy chain domain
链 L 125–178（54 aa） 片段：EGF-like 2 domain
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；Peg400, sodium citrate, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.280
2P3T Crystal structure of human factor XA complexed with 3-Chloro-4-(2-methylamino-imidazol-1-ylmethyl)-thiophene-2-carboxylic acid [4-chloro-2-(5-chloro-pyridin-2-ylcarbamoyl)-6-methoxy-phenyl]-amide 提交 2007-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 127–178（52 aa） 片段：EGF-like 2 domain
链 B 235–467（233 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 993 3-CHLORO-4-(2-METHYLAMINO-IMIDAZOL-1-YLMETHYL)-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID [4-CHLORO-2-(5-CHLORO-PYRIDIN-2-YLCARBAMOYL)-6-METHOXY-PHENYL]-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；A three-fold excess of the inhibitor was added to the DES-GLA-FACTOR XA. the protein was then concentrated to 12-17 MG/ML. Crystals were grown using 2 UL of complex with 2 UL of reservoir containing 15-21% PEG1500 and 10 MM CACL2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.92 Å R-free 0.219
2P3U Crystal structure of human factor XA complexed with 3-chloro-N-(4-chloro-2-{[(5-chloropyridin-2-yl)amino]carbonyl}-6-methoxyphenyl)-4-[(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)methyl]thiophene-2-carboxamide {Pfizer 320663} 提交 2007-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 127–178（52 aa） 片段：EGF-like 2 domain
链 B 235–467（233 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 2 663 3-CHLORO-N-(4-CHLORO-2-{[(5-CHLOROPYRIDIN-2-YL)AMINO]CARBONYL}-6-METHOXYPHENYL)-4-[(1-METHYL-1H-IMIDAZOL-2-YL)METHYL]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；295 K；A THREE-FOLD EXCESS OF 3-Chloro-4-(2-methylamino-imidazol-1-ylmethyl)-thiophene-2-carboxylic acid [4-chloro-2-(5-chloro-pyridin-2-ylcarbamoyl)-6-methoxy-phenyl]-amide WAS ADDED TO THE DES-GLA-FACTOR XA. THE PROTEIN WAS THEN CONCENTRATED TO 12-17 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN USING 2 UL OF COMPLEX WITH 2 UL OF RESERVOIR CONTAINING 15-21% PEG1500 AND 10 MM CACL2. 30-40 UL SITTING DROPS CONTAINING SATURATED INHIBITOR (5 MM) IN 21% PEG1500, 5 MM CACL2, 20 MM NACL, 25 MM TRIS PH 7.5 (CRYSTAL SOAKING SOLUTION) WERE EQUILIBRATED OVER A 1 ML RESERVOIR CONTAINING THE CRYSTAL SOAKING SOLUTION FOR 1 TO 2 DAYS. A SINGLE FACTOR XA CRYSTAL WAS TRANSFERRED USING A MOUNTED CRYOLOOP INTO ONE OF THESE SITTING DROPS AND ALLOWED TO SOAK FOR THREE OR MORE DAYS, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 1.62 Å R-free 0.210
2P93 Factor xa in complex with the inhibitor 5-chloro-N-(2-(4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)benzamido)ethyl)thiophene-2-carboxamide 提交 2007-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Residues 16-243
链 L 127–178（52 aa） 片段：Residues 87-138
未记录 ME1 5-CHLORO-N-(2-(4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)BENZAMIDO)ETHYL)THIOPHENE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.307
2P94 Factor xa in complex with the inhibitor 3-chloro-N-((1R,2S)-2-(4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)benzamido)cyclohexyl)-1H-indole-6-carboxamide 提交 2007-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Residues 16-244
链 L 127–178（52 aa） 片段：Residues 87-138
未记录 ME4 3-CHLORO-N-((1R,2S) -2-(4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)BENZAMIDO)CYCLOHEXYL)-1H-INDOLE-6-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.330
2P95 Factor xa in complex with the inhibitor 5-chloro-N-((1R,2S)-2-(4-(2-oxopyridin-1(2H)-YL)benzamido) cyclopentyl)thiophene-2-carboxamide 提交 2007-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Residues 16-244
链 L 127–178（52 aa） 片段：Residues 87-138
未记录 ME5 5-CHLORO-N-((1R,2S)-2-(4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)BENZAMIDO) CYCLOPENTYL)THIOPHENE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
2PHB An Orally Efficacious Factor Xa Inhibitor 提交 2007-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：heavy chain
链 B 128–178（51 aa） 片段：light chain
未记录 CA CALCIUM ION × 1 230 (2R,4R)-N~1~-(4-CHLOROPHENYL)-N~2~-[2-FLUORO-4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)PHENYL]-4-METHOXYPYRROLIDINE-1,2-DICARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.296
2PR3 Factor XA inhibitor 提交 2007-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：HEAVY CHAIN
链 B 128–178（51 aa） 片段：LIGHT CHAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 2 237 (2R,4R)-N~1~-(4-CHLOROPHENYL)-N~2~-[3-FLUORO-2'-(METHYLSULFONYL)BIPHENYL-4-YL]-4-METHOXYPYRROLIDINE-1,2-DICARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.50 Å R-free 0.267
2Q1J The discovery of glycine and related amino acid-based factor xa inhibitors 提交 2007-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa）
链 B 128–178（51 aa） 片段：Residues 128-178
未记录 CA CALCIUM ION × 1 FXI 1-(butyl{[(4-chlorophenyl)amino]carbonyl}amino)-N-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]cyclopropanecarboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.9；25% PEG 600, 0.3 M NACL, 0.1 M MES, PH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K, pH 5.90
分辨率 1.90 Å R-free 0.272
2RA0 X-ray Structure of FXa in complex with 7-fluoroindazole 提交 2007-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：heavy chain, UNP residues 235-468
链 L 128–178（51 aa） 片段：light chain, UNP residues 128-178
突变：L88V JNJ 1-(3-amino-1,2-benzisoxazol-5-yl)-6-(4-{2-[(dimethylamino)methyl]-1H-imidazol-1-yl}-2-fluorophenyl)-7-fluoro-1H-indazole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；20%Peg 3350, 10mM CaCl2, 0.1M Tris-maleate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.30 Å R-free 0.314
2UWL Selective and Dual Action Orally Active Inhibitors of Thrombin and Factor Xa 提交 2007-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 895 2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}ETHENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.75；18% PEG6K, 50MM HEPES PH5.75, 10MM CACL2, 150MM NACL
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
2UWO Selective and Dual Action Orally Active Inhibitors of Thrombin and Factor Xa 提交 2007-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 701 (2R)-2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}PROPENE-1-SULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.75；18% PEG6K, 50MM MES PH5.75, 10MM CACL2, 150MM NACL
分辨率 1.75 Å R-free 0.254
2UWP Factor Xa inhibitor complex 提交 2007-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 894 2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}ETHANESULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.75；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.75, 10MM CACL2, 150MM NACL
分辨率 1.75 Å R-free 0.212
2VH0 Structure and property based design of factor Xa inhibitors:biaryl pyrrolidin-2-ones incorporating basic heterocyclic motifs 提交 2007-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSI 2-(5-chlorothiophen-2-yl)-N-[(3S)-1-(4-{2-[(dimethylamino)methyl]-1H-imidazol-1-yl}-2-fluorophenyl)-2-oxopyrrolidin-3-yl]ethanesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.85；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50MM MES-NAOH (PH5.7-6.0), 5MM CACL2 AND 50MM NACL., pH 5.85
分辨率 1.70 Å R-free 0.216
2VH6 Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with biaryl P4 motifs 提交 2007-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 GSV 2-(5-chlorothiophen-2-yl)-N-{(3S)-1-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}ethanesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.85；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50MM MES-NAOH (PH5.7-6.0), 5MM CACL2 AND 50MM NACL, pH 5.85
分辨率 1.95 Å R-free 0.242
2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES LZF 5-chloro-N-[(3S,4S)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-4-methoxypyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.275
2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 K 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES LZF 5-chloro-N-[(3S,4S)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-4-methoxypyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.275
2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
突变：YES LZF 5-chloro-N-[(3S,4S)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-4-methoxypyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.275
2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.275
2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
突变：YES LZF 5-chloro-N-[(3S,4S)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-4-methoxypyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.275
2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 K 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.275
2VVU Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES H22 5-chloro-N-[(3R)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)pyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.309
2VVU Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
突变：YES H22 5-chloro-N-[(3R)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)pyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.309
2VVU Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.309
2VVV Aminopyrrolidine-related triazole Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES H21 5-chloro-N-[1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-1H-1,2,4-triazol-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.73 Å R-free 0.251
2VVV Aminopyrrolidine-related triazole Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
突变：YES H21 5-chloro-N-[1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-1H-1,2,4-triazol-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.73 Å R-free 0.251
2VVV Aminopyrrolidine-related triazole Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.73 Å R-free 0.251
2VWL Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES LZH 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID ((3R,5S)-1-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-PYRIDIN-1-YL)-PHENYLCARBAMOYL]-METHYL}-5-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDIN-3-YL)-AMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å R-free 0.250
2VWL Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1, RESIDUES 235-475
突变：YES LZH 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID ((3R,5S)-1-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-PYRIDIN-1-YL)-PHENYLCARBAMOYL]-METHYL}-5-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDIN-3-YL)-AMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å R-free 0.250
2VWL Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å R-free 0.250
2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES LZI (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.96 Å R-free 0.273
2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 K 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES LZI (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.96 Å R-free 0.273
2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
突变：YES LZI (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.96 Å R-free 0.273
2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.96 Å R-free 0.273
2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
突变：YES LZI (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.96 Å R-free 0.273
2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 K 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.96 Å R-free 0.273
2VWN Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES H25 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid ((3S,4S)-1-{[2-fluoro-4-(2-oxo-2H-pyridin-1-yl)-phenylcarbamoyl]-methyl}-4-hydroxy-pyrrolidin-3-yl)-amide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.61 Å R-free 0.228
2VWN Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
突变：YES H25 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid ((3S,4S)-1-{[2-fluoro-4-(2-oxo-2H-pyridin-1-yl)-phenylcarbamoyl]-methyl}-4-hydroxy-pyrrolidin-3-yl)-amide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.61 Å R-free 0.228
2VWN Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.61 Å R-free 0.228
2VWO Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
突变：YES LZG 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID ((3S,4S)-4-FLUORO- 1-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYLCARBAMOYL]-METHYL}-PYRROLIDIN-3-YL)-AMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å R-free 0.228
2VWO Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
突变：YES LZG 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID ((3S,4S)-4-FLUORO- 1-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYLCARBAMOYL]-METHYL}-PYRROLIDIN-3-YL)-AMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å R-free 0.228
2VWO Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 126–180（55 aa） 片段：EGF2, RESIDUES 126-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å R-free 0.228
2W26 Factor Xa in complex with BAY59-7939 提交 2008-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：RESIDUES 235-468
链 B 129–177（49 aa） 片段：RESIDUES 129-177
未记录 RIV 5-chloro-N-({(5S)-2-oxo-3-[4-(3-oxomorpholin-4-yl)phenyl]-1,3-oxazolidin-5-yl}methyl)thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.08 Å R-free 0.259
2W3I Crystal Structure of FXa in complex with 4,4-disubstituted pyrrolidine-1,2-dicarboxamide inhibitor 2 提交 2008-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-468
链 B 128–178（51 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 128-178
未记录 CA CALCIUM ION × 1 L1C (2R,4S)-N^1^-(4-chlorophenyl)-4-(2,4-difluorophenyl)-4-hydroxy-N^2^-(2-oxo-2H-1,3'-bipyridin-6'-yl)pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.261
2W3K Crystal Structure of FXa in complex with 4,4-disubstituted pyrrolidine-1,2-dicarboxamide inhibitor 1 提交 2008-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-468
链 B 128–178（51 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 128-178
未记录 L1D (2R,4S)-N^1^-(4-chlorophenyl)-N^2^-[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]-4-hydroxy-4-phenylpyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.05 Å R-free 0.255
2WYG Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with monoaryl P4 motifs 提交 2009-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 461 (E)-2-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-N-[(3S)-1-{4-[(1R)-1-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]-2-FLUOROPHENYL}-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]ETHENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG6K, 50MM MES-NAOH (PH5.5-6), 5MM CACL2 AND 50MM NACL., pH 5.75
分辨率 1.88 Å R-free 0.234
2WYJ Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with monoaryl P4 motifs 提交 2009-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 898 (E)-2-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-N-[(3S)-1-{4-[(1S)-1-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]-2-FLUOROPHENYL}-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]ETHENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING HANG DROP VAPOUR DIFFUSION METHODS IN 2UL DROPS CONTAINING 1:1 RATIO PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG6K, 50MM MES-NAOH (PH5.5-6), 5MM CACL2 AND 50MM NACL, pH 5.75
分辨率 2.38 Å R-free 0.255
2XBV Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：LIGHTCHAIN, RESIDUES 126-180
突变：YES XBV (3R,4R)-1-(2,2-DIFLUORO-ETHYL)-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(5-CHLORO-PYRIDIN-2-YL)-AMIDE]-4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 1.66 Å R-free 0.224
2XBW Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-180
未记录 455 (3R,4R)-1-SULFAMOYL-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(4-CHLORO-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 1.72 Å R-free 0.218
2XBX Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：LIGHTCHAIN, RESIDUES 126-180
未记录 RR8 (3R,4R)-1-METHANESULFONYL-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(4-CHLORO-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.235
2XBY Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-180
未记录 63C (3R,4R)-1-METHYLCARBAMOYLMETHYL-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(4-CHLORO-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 2.02 Å R-free 0.246
2XC0 Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：LIGHTCHAIN, RESIDUES 126-180
未记录 8NC (3R,4R)-1-METHANESULFONYL-PYRROLIDINE-3,4--DICARBOXYLIC ACID 3-[(3-FLUORO-4-METHOXY-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 2.05 Å R-free 0.240
2XC4 Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-180
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 IVK (3R,4R)-N-(4-CHLOROPHENYL)-N'-[2-FLUORO-4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)PHENYL]-1-(2,2,2-TRIFLUOROETHYL)PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 1.67 Å R-free 0.244
2XC5 Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L 126–180（55 aa） 片段：LIGHTCHAIN, RESIDUES 126-180
未记录 OYJ (3R,4R)-1-METHANESULFONYL-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(4-CHLORO-3-FLUORO-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.232
2Y5F FACTOR XA - CATION INHIBITOR COMPLEX 提交 2011-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：RESIDUES 235-468
链 L 127–180（54 aa） 片段：RESIDUES 127-180
突变：YES XWG (3AS,4R,5S,8AS,8BR)-4-[5-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-1,2-OXAZOL-3-YL]-2-[3-[1-(2-HYDROXYETHYL)PYRROLIDIN-1-IUM-1-YL]PROPYL]-4,6,7,8,8A,8B-HEXAHYDRO-3AH-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZINE-1,3-DIONE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.29 Å R-free 0.175
2Y5G FACTOR XA - CATION INHIBITOR COMPLEX 提交 2011-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：RESIDUES 235-468
链 L 127–180（54 aa） 片段：RESIDUES 127-180
突变：YES FJD 3-[(3AS,4R,5S,8AS,8BR)-4-[5-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-1,3-OXAZOL-2-YL]-1,3-DIOXO-4,6,7,8,8A,8B-HEXAHYDRO-3AH-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-2-YL]PROPYL-TRIMETHYL-AZANIUM × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.29 Å R-free 0.186
2Y5H FACTOR XA - CATION INHIBITOR COMPLEX 提交 2011-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：RESIDUES 235-468
链 L 127–180（54 aa） 片段：RESIDUES 127-180
突变：YES Y5H 3-[(3AS,4R,5S,8AS,8BR)-4-[2-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-1,3-OXAZOL-4-YL]-1,3-DIOXO-4,6,7,8,8A,8B-HEXAHYDRO-3AH-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-2-YL]PROPYL-TRIMETHYL-AZANIUM × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.33 Å R-free 0.190
2Y7X The discovery of potent and long-acting oral factor Xa inhibitors with tetrahydroisoquinoline and benzazepine P4 motifs 提交 2011-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 MZA 6-CHLORO-N-[(3S)-1-(5-FLUORO-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-6-YL)-2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL]NAPHTHALENE-2-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.75；16-20% PEG 6K, 50 MM MES PH 5.5-6, 5 MM CACL2, 50 MM NACL WITH SEEDING.
分辨率 1.90 Å R-free 0.230
2Y7Z Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with aminoindane and phenylpyrrolidine P4 motifs 提交 2011-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 C0Z 6-CHLORO-N-[(3S)-1-[(1S)-1-DIMETHYLAMINO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-5-YL]-2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL]NAPHTHALENE-2-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG6K, 50MM MES-NAOH (PH 5.5-6), 5MM CACL2 AND 50MM NACL.
分辨率 1.84 Å R-free 0.246
2Y80 Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with aminoindane and phenylpyrrolidine P4 motifs 提交 2011-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 439 6-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-(DIMETHYLAMINO)-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-5-YL]-2-OXO-3-PYRROLIDINYL}-2-NAPHTHALENESULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50 MM MES-NAOH (PH 5.5-6), 5 MM CACL2 AND 50 MM NACL.
分辨率 1.90 Å R-free 0.241
2Y81 Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with aminoindane and phenylpyrrolidine P4 motifs 提交 2011-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 931 6-CHLORO-N-((3S)-2-OXO-1-{4-[(2R)-2--PYRROLIDINYL] PHENYL}-3-PYRROLIDINYL)-2-NAPHTHALENESULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50 MM MES-NAOH (PH 5.5-6), 5 MM CACL2 AND 50 MM NACL.
分辨率 1.70 Å R-free 0.225
2Y82 Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with aminoindane and phenylpyrrolidine P4 motifs 提交 2011-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
未记录 930 6-CHLORO-N-((3S)-2-OXO-1-{4-[(2S)-2-PYRROLIDINYL]PHENYL}-3-PYRROLIDINYL)-2-NAPHTHALENESULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50 MM MES-NAOH (PH 5.5-6), 5 MM CACL2 AND 50 MM NACL.
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
3CEN Factor XA in complex with the inhibitor N-(2-(((5-chloro-2-pyridinyl) amino)sulfonyl)phenyl)-4-(2-oxo-1(2H)-pyridinyl)benzamide 提交 2008-02-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Activated factor Xa heavy chain, UNP residues 235-468
链 L 127–178（52 aa） 片段：UNP residues 127-178
未记录 FXA N-(2-(((5-CHLORO-2-PYRIDINYL)AMINO)SULFONYL)PHENYL)-4-(2-OXO-1(2H)-PYRIDINYL)BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.294
3CS7 FACTOR XA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR 1-(4-methoxyphenyl)-6-(4-(1-(pyrrolidin-1-ylmethyl)cyclopropyl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro-1H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4H)-one 提交 2008-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Coagulation Factor X, Heavy Chain
链 L 127–178（52 aa） 片段：Coagulation Factor X, Light Chain
未记录 CA CALCIUM ION × 1 LG0 1-(4-methoxyphenyl)-6-(4-(1-(pyrrolidin-1-ylmethyl)cyclopropyl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro-1H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, pH 5.50
分辨率 2.20 Å R-free 0.274
3ENS Crystal structure of human FXA in complex with methyl (2Z)-3-[(3-chloro-1H-indol-7-yl)amino]-2-cyano-3-{[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]amino}acrylate 提交 2008-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 85–178（94 aa） 片段：sequence database residues 93-178
链 B 235–472（238 aa） 片段：sequence database residues 235-472
未记录 GOL GLYCEROL × 4 ENS methyl (2Z)-3-[(3-chloro-1H-indol-7-yl)amino]-2-cyano-3-{[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]amino}acrylate × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；15-22% W/V PEG MME 5000, 0.01 M CALCIUM ACETATE, 0.35 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, pH 6.500000, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.30 Å R-free 0.286
3ENS Crystal structure of human FXA in complex with methyl (2Z)-3-[(3-chloro-1H-indol-7-yl)amino]-2-cyano-3-{[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]amino}acrylate 提交 2008-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 85–178（94 aa） 片段：sequence database residues 93-178
链 D 235–472（238 aa） 片段：sequence database residues 235-472
未记录 GOL GLYCEROL × 3 ENS methyl (2Z)-3-[(3-chloro-1H-indol-7-yl)amino]-2-cyano-3-{[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]amino}acrylate × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；15-22% W/V PEG MME 5000, 0.01 M CALCIUM ACETATE, 0.35 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, pH 6.500000, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.30 Å R-free 0.286
3FFG Factor XA in complex with the inhibitor (R)-6-(2'-((3- HYDROXYPYRROLIDIN-1-YL)METHYL)BIPHENYL-4-YL)-1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-5,6-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN- 7(4H)-ONE 提交 2008-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：sequence database residues 235-468
链 L 127–178（52 aa） 片段：sequence database residues 127-178
未记录 FFG (R)-6-(2'-((3-hydroxypyrrolidin-1-yl)methyl)biphenyl-4-yl)-1-(3-(5-oxo-4,5-dihydro-1h-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro-1h-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4h)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.54 Å R-free 0.240
3HPT Crystal structure of human FxA in complex with (S)-2-cyano-1-(2-methylbenzofuran-5-yl)-3-(2-oxo-1-(2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl)azepan-3-yl)guanidine 提交 2009-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 85–178（94 aa） 片段：Factor X light chain: UNP residues 85-178
链 B 235–472（238 aa） 片段：Activated factor Xa heavy chain: UNP residues 235-472
未记录 GOL GLYCEROL × 3 YET 1-cyano-2-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-3-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]guanidine × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% w/v PEG MME 5000, 0.01 M Calcium acetate, 0.35 M Sodium acetate, 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.19 Å R-free 0.239
3HPT Crystal structure of human FxA in complex with (S)-2-cyano-1-(2-methylbenzofuran-5-yl)-3-(2-oxo-1-(2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl)azepan-3-yl)guanidine 提交 2009-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 85–178（94 aa） 片段：Factor X light chain: UNP residues 85-178
链 D 235–472（238 aa） 片段：Activated factor Xa heavy chain: UNP residues 235-472
未记录 GOL GLYCEROL × 2 YET 1-cyano-2-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-3-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]guanidine × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% w/v PEG MME 5000, 0.01 M Calcium acetate, 0.35 M Sodium acetate, 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.19 Å R-free 0.239
3IIT Factor XA in complex with a cis-1,2-diaminocyclohexane derivative 提交 2009-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa）
链 B 125–178（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 125-178
未记录 CA CALCIUM ION × 2 D14 7-chloro-N-[(1S,2R,4S)-4-(dimethylcarbamoyl)-2-{[(5-methyl-5,6-dihydro-4H-pyrrolo[3,4-d][1,3]thiazol-2-yl)carbonyl]amino}cyclohexyl]isoquinoline-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；293 K；pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.233
3K9X X-ray crystal structure of human fxa in complex with (S)-N-((2-METHYLBENZOFURAN-5-YLAMINO)(2-OXO-1-(2-OXO-2- (PYRROLIDIN-1-YL)ETHYL)AZEPAN-3- YLAMINO)METHYLENE)NICOTINAMIDE 提交 2009-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 85–178（94 aa） 片段：EGF-LIKE DOMAINS (UNP residues 85 to 178)
链 B 235–472（238 aa） 片段：CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 235 to 472)
未记录 GOL GLYCEROL × 5 MBM N-{N'-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-N-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]carbamimidoyl}pyridine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% W/V PEG MME 5000, 0.01 M CALCIUM ACETATE, 0.35 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.240
3K9X X-ray crystal structure of human fxa in complex with (S)-N-((2-METHYLBENZOFURAN-5-YLAMINO)(2-OXO-1-(2-OXO-2- (PYRROLIDIN-1-YL)ETHYL)AZEPAN-3- YLAMINO)METHYLENE)NICOTINAMIDE 提交 2009-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 85–178（94 aa） 片段：EGF-LIKE DOMAINS (UNP residues 85 to 178)
链 D 235–472（238 aa） 片段：CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 235 to 472)
未记录 GOL GLYCEROL × 1 MBM N-{N'-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-N-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]carbamimidoyl}pyridine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% W/V PEG MME 5000, 0.01 M CALCIUM ACETATE, 0.35 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.240
3KL6 Discovery of Tetrahydropyrimidin-2(1H)-one derivative TAK-442: A potent, selective and orally active factor Xa inhibitor 提交 2009-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–475（241 aa） 片段：Factor X heavy chain residues 235-475
链 B 126–179（54 aa） 片段：Factor X light chain residues 126-179
未记录 443 1-(1-{(2S)-3-[(6-chloronaphthalen-2-yl)sulfonyl]-2-hydroxypropanoyl}piperidin-4-yl)tetrahydropyrimidin-2(1H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；25.% .PEG 3350, 0.1M .tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.45 Å R-free 0.212
3KQB Factor xa in complex with the inhibitor n-(3-fluoro-2'- (methylsulfonyl)biphenyl-4-yl)-1-(3-(5-oxo-4,5-dihydro-1h- 1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-1h- pyrazole-5-carboxamide 提交 2009-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：residues 235-468 of factor X uncleaved sequence
链 L 127–178（52 aa） 片段：residues 127-178 of factor X uncleaved sequence
未记录 LGJ N-(3-FLUORO-2'-(METHYLSULFONYL)BIPHENYL-4-YL)-1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-PYRAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaOAc (pH 5.5), 18% PEG 6000, pH 5.500000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.25 Å R-free 0.221
3KQC Factor xa in complex with the inhibitor 6-(2'- (methylsulfonyl)biphenyl-4-yl)-1-(3-(5-oxo-4,5-dihydro-1h- 1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-5,6- dihydro-1h-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4h)-one 提交 2009-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：residues 235-468 of factor X uncleaved sequence
链 L 127–178（52 aa） 片段：residues 127-178 of factor X uncleaved sequence
未记录 LGK 6-(2'-(METHYLSULFONYL)BIPHENYL-4-YL)-1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-5,6-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-7(4H)-ONE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaOAc (pH 5.5), 18% PEG 6000, pH 5.500000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.224
3KQD Factor xa in complex with the inhibitor 1-(3-(5-oxo-4,5- dihydro-1h-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-6-(2'-(pyrrolidin-1- ylmethyl)biphenyl-4-yl)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro- 1h-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4h)-one 提交 2009-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：residues 235-468 of factor X uncleaved sequence
链 L 127–178（52 aa） 片段：residues 127-178 of factor X uncleaved sequence
未记录 LGL 1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-6-(2'-(PYRROLIDIN-1-YLMETHYL)BIPHENYL-4-YL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-5,6-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-7(4H)-ONE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaOAc (pH 5.5), 18% PEG 6000, pH 5.500000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.75 Å R-free 0.254
3KQE Factor xa in complex with the inhibitor 3-methyl-1-(3-(5- oxo-4,5-dihydro-1h-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-6-(2'- (pyrrolidin-1-ylmethyl)biphenyl-4-yl)-5,6-dihydro-1h- pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4h)-one 提交 2009-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：residues 235-468 of factor X uncleaved sequence
链 L 127–178（52 aa） 片段：residues 127-178 of factor X uncleaved sequence
未记录 LGM 3-METHYL-1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-6-(2'-(PYRROLIDIN-1-YLMETHYL)BIPHENYL-4-YL)-5,6-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-7(4H)-ONE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaOAc (pH 5.5), 18% PEG 6000, pH 5.500000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.35 Å R-free 0.230
3LIW Factor XA in complex with (R)-2-(1-ADAMANTYLCARBAMOYLAMINO)-3-(3-CARBAMIDOYL-PHENYL)-N-PHENETHYL-PROPIONIC ACID AMIDE 提交 2010-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：UNP RESIDUES 235-468
链 B 128–178（51 aa） 片段：UNP RESIDUES 128-178
未记录 CA CALCIUM ION × 2 RUP (R)-2-(3-ADAMANTAN-1-YL-UREIDO)-3-(3-CARBAMIMIDOYL-PHENYL)-N-PHENETHYL-PROPIONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；CACL2, PEG 6000, MES, PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K
分辨率 2.22 Å R-free 0.266
3M36 Factor XA in complex with the inhibitor 1-[3-(aminomethyl)phenyl]-N-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide (DPC423) 提交 2010-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Peptidase S1
链 L 127–178（52 aa） 片段：UNP residues 127-178
未记录 M35 1-[3-(aminomethyl)phenyl]-N-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.15 Å R-free 0.264
3M37 Factor XA in complex with the inhibitor 1-[2-(aminomethyl)phenyl]-N-(3-fluoro-2'-sulfamoylbiphenyl-4-yl)-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide (DPC602) 提交 2010-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa） 片段：Peptidase S1
链 L 127–178（52 aa） 片段：UNP residues 127-178
未记录 M37 1-[2-(aminomethyl)phenyl]-N-(3-fluoro-2'-sulfamoylbiphenyl-4-yl)-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.262
3Q3K Factor Xa in complex with a phenylenediamine derivative 提交 2010-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：UNP RESIDUES 235-467
链 B 125–178（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 125-178
未记录 CA CALCIUM ION × 2 D90 N-(2-{[(5-chloro-1H-indol-2-yl)carbonyl]amino}phenyl)-5-methyl-4,5,6,7-tetrahydro[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；macro-seeding, soak at pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
3SW2 X-ray crystal structure of human FXA in complex with 6-chloro-N-((3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-((5S)-8-oxo-5,6-dihydro-1H-1,5-methanopyrido[1,2-a][1,5]diazocin-3(2H,4H,8H)-yl)ethyl)piperidin-3-yl)naphthalene-2-sulfonamide 提交 2011-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 85–178（94 aa） 片段：Factor X light chain (UNP residues 85-178)
链 B 235–472（238 aa） 片段：Activated factor Xa heavy chain (UNP residues 235-472)
未记录 FI1 6-chloro-N-((3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-((5S)-8-oxo-5,6-dihydro-1H-1,5-methanopyrido[1,2-a][1,5]diazocin-3(2H,4H,8H)-yl)ethyl)piperidin-3-yl)naphthalene-2-sulfonamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% w/v PEG5000 MME, 0.01 M calcium acetate, 0.35 M sodium acetate, 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.42 Å R-free 0.262
3TK5 Factor Xa in complex with D102-4380 提交 2011-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：UNP RESIDUES 235-467
链 B 125–178（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 125-178
未记录 CA CALCIUM ION × 2 D1Q 4-{3-[(4-chlorophenyl)amino]-3-oxopropyl}-3-({[5-(propan-2-yl)-4,5,6,7-tetrahydro[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl]carbonyl}amino)benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.253
3TK6 factor Xa in complex with D46-5241 提交 2011-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–467（233 aa） 片段：UNP RESIDUES 235-467
链 B 125–178（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 125-178
未记录 CA CALCIUM ION × 2 D46 N-[2-({[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}methyl)phenyl]-5-methyl-4,5,6,7-tetrahydro[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.241
4A7I Factor Xa in complex with a potent 2-amino-ethane sulfonamide inhibitor 提交 2011-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 84–179（96 aa） 片段：DES-GLA FACTOR X LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 B 235–488（254 aa） 片段：ACTIVATED FACTOR X HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
未记录 CA CALCIUM ION × 1 A7I 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID [2-(1--ISOPROPYL-PIPERIDIN-4-YLSULFAMOYL)-ETHYL]-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML PROTEIN, 5 MM MES (PH 5.7), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR: 18-20% PEG-600, 50 MM MES (PH 5.7). SOAKING: ADD 10 MM INHIBITOR.
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
4BTI factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 58. 提交 2013-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 84–179（96 aa）
链 F 235–488（254 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
分辨率 2.30 Å R-free 0.224
4BTI factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 58. 提交 2013-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 84–179（96 aa）
链 B 235–488（254 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
分辨率 2.30 Å R-free 0.224
4BTT factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 31. 提交 2013-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 84–179（96 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 F 235–488（254 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
未记录 CA CALCIUM ION × 1 VYR N-[(S)-1-[5-(5-Chloro-thiophen-2-yl)-isoxazol-3-ylmethyl]-2-(4-methoxy-piperidin-1-yl)-2-oxo-ethyl]-2-ethyl-3-(3-oxo-morpholin-4-yl)-benzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
分辨率 2.59 Å R-free 0.236
4BTT factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 31. 提交 2013-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 84–179（96 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 B 235–488（254 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
未记录 CA CALCIUM ION × 1 VYR N-[(S)-1-[5-(5-Chloro-thiophen-2-yl)-isoxazol-3-ylmethyl]-2-(4-methoxy-piperidin-1-yl)-2-oxo-ethyl]-2-ethyl-3-(3-oxo-morpholin-4-yl)-benzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
分辨率 2.59 Å R-free 0.236
4BTU Factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 57. 提交 2013-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 84–179（96 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 B 235–488（254 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
未记录 CA CALCIUM ION × 1 6XS 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-chloro-5-fluoro-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-(4-methyl-piperazin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML REMARK 280 DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM REMARK 280 BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES REMARK 280 (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
分辨率 2.37 Å R-free 0.248
4BTU Factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 57. 提交 2013-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 84–179（96 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 F 235–488（254 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
未记录 CA CALCIUM ION × 1 6XS 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-chloro-5-fluoro-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-(4-methyl-piperazin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML REMARK 280 DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM REMARK 280 BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES REMARK 280 (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
分辨率 2.37 Å R-free 0.248
4Y6D Factor Xa complex with GTC000101 提交 2015-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：FACTOR X LIGHT CHAIN, UNP residues 46-179
未记录 48U 4-[(3S)-3-({[(E)-2-(5-chlorothiophen-2-yl)ethenyl]sulfonyl}amino)-2-oxopyrrolidin-1-yl]-3-fluoro-N,N-dimethylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16-20% PEG 6K, 50mM Mes-NaOH pH 5.7-6.0, 5 mM CaCl2, and 50 mM NaCl
分辨率 1.55 Å R-free 0.233
4Y71 Factor Xa complex with GTC000398 提交 2015-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：UNP residues 46-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 48W 6-chloro-N-{(3S)-1-[(2S)-1-(4-methyl-5-oxo-1,4-diazepan-1-yl)-1-oxopropan-2-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}naphthalene-2-sulf onamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16 - 20 % PEG 6000, 50 mM MES-NaOH (pH 5.7-6.0), 5 mM calcium chloride, 50 mM sodium chloride
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
4Y76 Factor Xa complex with GTC000401 提交 2015-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：UNP residues 46-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 4O1 N~2~-[(6-chloronaphthalen-2-yl)sulfonyl]-N~2~-{(3S)-1-[(2S)-1-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-1-oxopropan-2-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}glycinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；18% PEG 6000, 100 mm MES PH 5.75, 10 mm calcium chloride
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
4Y79 Factor Xa complex with GTC000406 提交 2015-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：UNP residues 46-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 4O6 (E)-2-(4-chlorophenyl)-N-{(3S)-1-[(2S)-1-(morpholin-4-yl)-1-oxopropan-2-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}ethenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；18% PEG 6000, 100 mM MES PH5.75, 10 mM calcium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.216
4Y7A Factor Xa complex with GTC000422 提交 2015-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：UNP residues 46-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 987 N-[(3S)-1-{(2S)-1-[(3S)-3-aminopiperidin-1-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-oxopyrrolidin-3-yl]-6-chloronaphthalene-2-sulfonamid e × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG 6000, 100 mM MES PH 5.75, 10 mM calcium chloride
分辨率 1.99 Å R-free 0.236
4Y7B Factor Xa complex with GTC000441 提交 2015-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa）
链 B 46–179（134 aa） 片段：UNP residues 46-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 44I 6-chloro-N-{(3S)-1-[(2S)-1-{(1R,5S)-7-[2-(methylamino)ethyl]-3,7-diazabicyclo[3.3.1]non-3-yl}-1-oxopropan-2-yl]-2-oxopy rrolidin-3-yl}naphthalene-2-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；18% PEG 6000, 100 mM MES PH 5.75, 10 mM calcium chloride
分辨率 1.79 Å R-free 0.212
4ZH8 Factor Xa complex with GTC000006 提交 2015-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：residues 235 - 488
链 B 46–179（134 aa） 片段：residues 43-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 4O4 6-chloro-N-{(3S)-1-[(2S)-1-(morpholin-4-yl)-1-oxopropan-2-yl]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-3-yl}-N-(2-oxobutyl)naphthalene-2-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16-20% PEG 6K, 50 mM Mes=NaOH pH 5.7-6.0, 5 mM CaCl2 and 50 mM NaCl
分辨率 1.80 Å R-free 0.255
4ZHA Factor Xa complex with GTC000102 提交 2015-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–488（254 aa） 片段：residues 235-488
链 B 46–179（134 aa） 片段：residues 46-179
未记录 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 4O5 4-[(3S)-3-({[(E)-2-(5-chlorothiophen-2-yl)ethenyl]sulfonyl}amino)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-3-fluoro-N-methylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16-20% PEG 6K, 50 mM Mes-NaOH (pH 5.7-6.0), 5 mM CaCl2, and 50 mM NaCl
分辨率 1.86 Å R-free 0.238
5JQY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2016-05-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa） 片段：UNP residues 86-124
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；100mM SPG buffer, 25% PEG 1500, 2mM NOG, 1mM MnCl2, 18mg/ml protein
分辨率 1.99 Å R-free 0.205
5JTC Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 2,4-pyridine dicarboxylate and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2016-05-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa） 片段：UNP Residues 86-124
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 PD2 PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID × 1 BR BROMIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG3350, 200mM NaBr, 100mM BisTris Propane, 1mM MnCl2, 2mM 2,4-PDCA, 330uM ASPH, 726uM Factor X
分辨率 2.24 Å R-free 0.208
5JZ8 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine, and factor X substrate peptide fragment (39mer) 提交 2016-05-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis-tris propane, 200mM sodium acetate, 20% PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalylglycine, 726 uM FX peptide, 18 mg/ml protein
分辨率 2.10 Å R-free 0.216
5JZU Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and factor X substrate peptide fragment (26mer) 提交 2016-05-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–111（26 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis-tris propane, 20 mM sodium/potassium phosphate, 20% PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalylglycine, 1.65 mM factor X peptide, 18 mg/ml asph protein
分辨率 2.50 Å R-free 0.229
5K0H Human factor Xa in complex with synthetic inhibitor benzylsulfonyl-dSer(Benzyl)-Gly-4-amidinobenzylamide 提交 2016-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa）
链 B 128–178（51 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 6PK O-benzyl-N-(benzylsulfonyl)-D-seryl-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]glycinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, 12-18 % PEG6000, 5 mM CaCl2
分辨率 2.20 Å R-free 0.261
5VOE DesGla-XaS195A Bound to Aptamer 11F7t 提交 2017-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 235–467（233 aa） 片段：residues 235-467
链 L 128–178（51 aa） 片段：residues 128-178
突变：S419A NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Bicine, 0.1 M Tris base, 0.1 M Carboxylic Acids, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 monomethyl ester
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
5VOF DesGla-XaS195A Bound to Aptamer 11F7t and Rivaroxaban 提交 2017-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 235–467（233 aa） 片段：residue 235-467
链 L 128–178（51 aa） 片段：residues 128-178
突变：S419A RIV 5-chloro-N-({(5S)-2-oxo-3-[4-(3-oxomorpholin-4-yl)phenyl]-1,3-oxazolidin-5-yl}methyl)thiophene-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Bicine, 0.1 M Tris base, 0.1 M Carboxylic acids, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.25 Å R-free 0.253
6Q9F Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H679A in complex with Mn, NOG and Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2018-12-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M sodium chloride 0.1 M Tris-HCl 8.0 20 % w/v PEG 6000
分辨率 1.63 Å R-free 0.200
6Q9I Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H679A in complex with Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2018-12-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium formate, 20 % w/v PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.223
6YYW Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM Bis Tris Propane, 200 mM sodium acetate trihydrate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 2.27 Å R-free 0.224
6YYX Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-methyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 Q1Z (3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；200 mM Bis Tris Propane, 200 mM sodium/potassium phosphate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 3-methyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 1.53 Å R-free 0.192
6YYY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 4,4-dimethyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 Q1W 2,2-dimethyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium bromide, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 4,4-dimethyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 2.29 Å R-free 0.244
6Z6Q Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-ethyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 QA8 (3~{R})-3-ethyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES sodium, 200 mM ammonium chloride, 20% w/v PEG 6000, 1 mM manganese chloride, 2 mM 3-ethyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 1.81 Å R-free 0.232
6Z6R Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalyl-alpha-methylalanine, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 BR BROMIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 UQK N-oxalyl-alpha-methylalanine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis Tris propane, 200 mM sodium bromide, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalyl-alpha-methylalanine, 18 mg/ml protein
分辨率 2.13 Å R-free 0.242
7AHU Anti-FX Fab of mim8 in complex with human FXa 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 235–475（241 aa）
链 D 126–182（57 aa）
未记录 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18 % (w/v) PEG 8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
7AHU Anti-FX Fab of mim8 in complex with human FXa 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 235–475（241 aa）
链 F 126–182（57 aa）
未记录 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18 % (w/v) PEG 8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
7BMI Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-fluoropyridine-2,4-dicarboxylic acid, and factor X substrate peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2021-01-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 U4B 3-fluoranylpyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES sodium, 200 mM ammonium chloride, 20% w/v PEG 4000, 1 mM manganese chloride, 2 mM 2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
分辨率 1.66 Å R-free 0.220
7E6J Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H725A in complex with Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2021-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S,C95S,C112S,C121S GOL GLYCEROL × 3 PPI PROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100mM PCTP, 25% w/v PEG 1500
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
7TPP Cryo-em structure of human prothrombin:prothrombinase at 4.1 Angstrom resolution 提交 2022-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 41–179（139 aa） 片段：UNP residues 41-179
链 B 235–488（254 aa） 片段：UNP residues 235-488
突变：S379A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20mM Hepes, 150mM NaCl, 5mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7YB9 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with L-2-hydroxyglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S MN MANGANESE (II) ION × 1 S2G (2S)-2-HYDROXYPENTANEDIOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M lithium chloride, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 0.1 M Bis-Tris propane
分辨率 1.54 Å R-free 0.215
7YBB Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with D-4-hydroxy-2-oxoglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 IO9 (2~{R})-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Bis-Tris propane
分辨率 1.68 Å R-free 0.219
7YBC Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with (S)-4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IOW (2~{S})-2-methyl-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Bis Tris propane
分辨率 1.84 Å R-free 0.199
8EOK Structure of the C3bB proconvertase in complex with lufaxin and factor Xa 提交 2022-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 235–488（254 aa）
链 L 46–179（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
8RE5 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735Q variant in complex with Mn, 2-oxosuberate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S YQX 2-oxidanylideneoctanedioic acid × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
8RE6 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735Q variant in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 1.92 Å R-free 0.216
8RE7 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735W variant in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.242
8RE8 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R688Q variant in complex with Mn, (3R)-methyl-2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S Q1Z (3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.208
8RE9 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5 20 % v/v PEG Smear High (BCS screen)
分辨率 1.84 Å R-free 0.196
9BVL Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with factor X propeptide and glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone 提交 2024-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 22–85（64 aa） 片段：residues 22-85
未记录 A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9CLI Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus (Ad5)-hexon-FX complex at 3.6A resolution 提交 2024-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 Z 1–488（488 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9CM2 Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus 6-hexon-FX complex at 4.3A resolution 提交 2024-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 Z 1–488（488 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.01 Å
9CTH Preliminary map of the Prothrombin-prothrombinase complex on nano discs 提交 2024-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 41–182（142 aa）
链 C 235–469（235 aa）
突变：S195A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.47 Å
9FVU Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, thiocyanate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaSCN, 20% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.187
9FVV Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Mn, 2OG, thiocyanate and Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2024-06-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaSCN, 20% PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
9FVW Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2OG, SIN and hydroxylated product of Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2024-06-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SIN SUCCINIC ACID × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.224
9FVX Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 CL CHLORIDE ION × 2 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.212
9FVY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, succinate and the hudroxylated product of Factor X derived peptide fragment after O2 exposure 提交 2024-06-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 FE FE (III) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.199
9FVZ Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 GOL GLYCEROL × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.213
9FW0 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 1.95 Å R-free 0.207
9HNZ Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and hydroxylated Factor X derived peptide fragment, 2 h O2 exposure 提交 2024-12-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG3350, 0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
9HO0 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, succinate and the hydroxylated product of Factor X derived peptide fragment, 12 h O2 exposure 提交 2024-12-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 2.14 Å R-free 0.232
9HO1 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, and hydroxylated Factor X derived peptide fragment, 1.5 s O2 exposure 提交 2024-12-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG3350, 0.1M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 1.85 Å R-free 0.221
9HO2 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment, excess Fe removed 提交 2024-12-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
分辨率 1.83 Å R-free 0.219
9HO3 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2OG, nitric oxide, and Factor X peptide fragment 提交 2024-12-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 86–124（39 aa）
突变：C90S, C95S, C112S, C121S NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NO NITRIC OXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 16% PEG3350, 0.1 M KSCN
分辨率 2.39 Å R-free 0.242
9I24 Coagulation factor Xa complex with a2-loop peptide 提交 2025-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 235–486（252 aa）
链 L 126–179（54 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；imidazole, MPD
分辨率 1.20 Å R-free 0.172
9I2H A 3.3 angstrom cryo-EM structure of an engineered high-affinity human prothrombinase complex 提交 2025-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 H 235–488（254 aa）
链 L 41–179（139 aa）
突变：E129N, S130E, T132K, K134D, N166H, K169M, S173D, I175R, A233R, D239K 突变：S90R, L91A, D92F, H101K, E102R, E103V, N105S CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES, 150mM NaCl and 5mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9L6S double-mutant (K217A & K218A) Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with coagulation factors X and vitamin K 提交 2024-12-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1EMC 2-methyl-3-[(2~{E},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]naphthalene-1,4-diol × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
9P0X Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab (nanodisc-subtracted) 提交 2025-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 X 41–171（131 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9R8R Factor Xa bound to BAY 3389934 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 235–468（234 aa）
链 B 128–177（50 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 A1JDJ 2-(1-methylimidazol-2-yl)ethyl (2~{S})-3-[(5-chloranylthiophen-2-yl)carbonylamino]-2-[[2-ethyl-3-[(3~{S})-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-pyrrolidin-1-yl]phenyl]sulfonylamino]propanoate × 1 GOL GLYCEROL × 2 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.1M MES pH5.8, 3.5% PEG1000, 25% PEG600, 11% Glycerol
分辨率 2.04 Å R-free 0.266
9WF9 Cryo-EM structure of GGCX-FX complex 提交 2025-08-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–50（28 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 MX7 (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl (9Z,9'Z)bis-octadec-9-enoate × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 A1AT1 (1aR,7aS)-1a-methyl-7a-[(2E,6E,10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraen-1-yl]-1a,7a-dihydronaphtho[2,3-b]oxirene-2,7-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9YQ8 Cryo-EM complex of meizothrombinDESF1, factor Xa, and factor Va 提交 2025-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 124–467（344 aa）
突变：S379A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å

共 183 个其他 PDB 条目、220 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA10_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–39； UniProt 86–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7bmj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7bmj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7bmj
沉积日期 deposition_date2021-01-20
结构标题 titleAspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 5-fluoropyridine-2,4-dicarboxylic acid, and factor X substrate peptide fragment (39mer-4Ser)
关键词 keywordsAspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase, Dioxygenase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.80 Å
零角强度 I(0) i0154240000.00
分子量 molecular_weight99459.0 kDa
排除体积 excluded_volume124410 ų
包络体积 envelope_volume166130 ų
水化壳体积 shell_volume40217 ų
包络直径 envelope_diameter121.7 Å
壳层 Rg shell_rg40.60 Å
包络 Rg envelope_rg34.52 Å
形状 Rg shape_rg35.81 Å
总 Rg total_rg36.15 Å
总原子数 total_atoms13858
残基数 n_residues875
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.3 Å
Rg (实空间) rg_real35.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal154200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8890
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.3 Å
偏度 Skewness skewness0.315
峰度 Kurtosis kurtosis-0.591
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha9292000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.914
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7bmjA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id7bmjA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain
结构域编号 domain_id7bmjC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id7bmjC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)