SAXSdb — 2h9e

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2h9e
沉积日期 deposition_date	2006-06-09
结构标题 title	Crystal Structure of FXa/selectide/NAPC2 ternary complex
关键词 keywords	factor Xa, NAPc2, selectide, hydrolase-hydrolase inhibitor complex, blood clotting; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.29 Å
零角强度 I(0) i0	29270800.00
分子量 molecular_weight	38503.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46846 Å³
包络体积 envelope_volume	55454 Å³
水化壳体积 shell_volume	22721 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.20 Å
包络 Rg envelope_rg	20.82 Å
形状 Rg shape_rg	20.24 Å
总 Rg total_rg	21.27 Å
总原子数 total_atoms	2680
残基数 n_residues	330
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8791
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.275
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.230
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7794000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Coagulation factor X heavy chain
分子量 formula_weight	26346.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	2944

IVGGQECKDGECPWQALLINEENEGFCGGTILSEFYILTAAHCLYQAKRFKVRVGDRNTEQEEGGEAVHEVEVVIKHNRFTKETYDFDIAVLRLKTPITFRMNVAPACLPERDWAESTLMTQKTGIVSGFGRTHEKGRQSTRLKMLEVPYVDRNSCKLSSSFIITQNMFCAGYDTKQEDACQGDSGGPHVTRFKDTYFVTGIVSWGEGCARKGKYGIYTKVTAFLKWIDRSMK

Entity 2 polymer

描述 description	Coagulation factor X light chain
分子量 formula_weight	16366.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DGDQCETSPCQNQGKCKDGLGEYTCTCLEGFEGKNCELFTRKLCSLDNGDCDQFCHEEQNSVVCSCARGYTLADNGKACIPTGPYPCGKQTLERRKRSVAQATSSSGEAPDSITWKPYDAADLDPTENPFDLLDFNQTQPERGDNNLTR

Entity 3 polymer

描述 description	Anti-coagulant protein C2
分子量 formula_weight	9660.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KATMQCGENEKYDSCGSKECDKKCKYDGVEEEDDEEPNVPCLVRVCHQDCVCEEGFYRNKDDKCVSAEDCELDNMDFIYPGTRN

来源 Source

来源生物 organism	Ancylostoma caninum
通用名 common_name	dog hookworm
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29170
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	selectide inhibitor DTY-ILE-ARG-LEU-LPD peptide
分子量 formula_weight	660.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

YIRLP

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	258

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2h9ec_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.22 — Serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	g.22.1 — Serine protease inhibitors
家族 Family family	g.22.1.1 — ATI-like

结构域编号 domain_id	d2h9eh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2h9el1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2h9eC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	2h9eH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2h9eH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2h9eL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.945 Å
晶胞边长 b length_b	86.410 Å
晶胞边长 c length_c	145.892 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	74.330 Å
R 因子 r_factor	0.2221
R_work r_work	0.2196
R_free r_free	0.2683

fit	/app/data/saxs_computation/h9/2h9e/2h9e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/2h9e/2h9e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/2h9e/2h9e.dat

Crystal Structure of FXa/selectide/NAPC2 ternary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)