7buc

Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 13

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 913–1193 链 B； UniProt 913–1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 F80 N2-[4-methoxy-3-(2,3,4,7-tetrahydro-1H-azepin-5-yl)phenyl]-N4,6-dimethyl-pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium acetate, 20% polyethyleneglycol 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7BUC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 179–190（12 aa）片段：UNP residues 179-190	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 179–190（12 aa）片段：UNP residues 179-190	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 179–190（12 aa）片段：UNP residues 179-190	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 179–190（12 aa）片段：UNP residues 179-190	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 179–190（12 aa）片段：UNP residues 179-190 链 D 179–190（12 aa）片段：UNP residues 179-190 链 F 179–190（12 aa）片段：UNP residues 179-190 链 H 179–190（12 aa）片段：UNP residues 179-190	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：UNP residues 913-1193, SET domain	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 913–1193（281 aa）片段：UNP residues 913-1193, SET domain	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：UNP residues 913-1193, SET domain 链 B 913–1193（281 aa）片段：UNP residues 913-1193, SET domain	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 2 CL CHLORIDE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3RJW Crystal structure of histone lysine methyltransferase g9a with an inhibitor 提交 2011-04-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：Sequence database residues 913-1193 链 B 913–1193（281 aa）片段：Sequence database residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 CIQ 2-cyclohexyl-6-methoxy-N-[1-(1-methylethyl)piperidin-4-yl]-7-(3-pyrrolidin-1-ylpropoxy)quinazolin-4-amine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 29	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.2M SODIUM FORMATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 25% PEG-3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 2.56 Å R-free 0.245
4NVQ Human G9a in Complex with Inhibitor A-366 提交 2013-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	2OD 5'-methoxy-6'-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]spiro[cyclobutane-1,3'-indol]-2'-amine × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；277 K；0.1 M BIS-TRIS, 17.0% PEG3350, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.03 Å R-free 0.239
5JHN Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9Ala mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155 链 B 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.67 Å R-free 0.237
5JIN Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9M mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155 链 B 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.240
5JIY Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9norLeucine mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155 链 B 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.48 Å R-free 0.233
5JJ0 Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9M peptide and excess SAH 提交 2016-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 882–1155（274 aa）片段：SET domain of Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 G9a, UNP residues 882-1155 链 B 882–1155（274 aa）片段：SET domain of Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 G9a, UNP residues 882-1155	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.252
5T0K Structure of G9a SET-domain with H3K9M mutant peptide and SAM 提交 2016-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 879–1159（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.193
5T0K Structure of G9a SET-domain with H3K9M mutant peptide and SAM 提交 2016-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 879–1159（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.193
5T0M A histone H3K9M mutation traps histone methyltransferase Clr4 to prevent heterochromatin spreading 提交 2016-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 879–1159（281 aa）片段：unp residues 879-1159	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5T0M A histone H3K9M mutation traps histone methyltransferase Clr4 to prevent heterochromatin spreading 提交 2016-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 879–1159（281 aa）片段：unp residues 879-1159	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5TTF Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS012 提交 2016-11-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 879–1159（281 aa）片段：UNP residues 879-1159 链 C 879–1159（281 aa）片段：UNP residues 879-1159	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7KZ N4-(1-methylpiperidin-4-yl)-N2-hexyl-6,7-dimethoxyquinazoline-2,4-diamine × 2 CL CHLORIDE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.247
5TTF Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS012 提交 2016-11-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 879–1159（281 aa）片段：UNP residues 879-1159 链 D 879–1159（281 aa）片段：UNP residues 879-1159	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7KZ N4-(1-methylpiperidin-4-yl)-N2-hexyl-6,7-dimethoxyquinazoline-2,4-diamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.247
5TUY Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor MS0124 提交 2016-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 887–1154（268 aa）片段：UNP residues 887-1154 链 B 887–1154（268 aa）片段：UNP residues 887-1154	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7L6 6,7-dimethoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)-2-(morpholin-4-yl)quinazolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20% (w/v) PEG 3,350, 0.2 M NaF, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
5V9I Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS0105 提交 2017-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193 链 B 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 90P N~2~-cyclohexyl-N~4~-(1-ethylpiperidin-4-yl)-6,7-dimethoxy-N~2~-methylquinazoline-2,4-diamine × 2 GOL GLYCEROL × 6 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.275
5V9I Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS0105 提交 2017-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193 链 D 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 90P N~2~-cyclohexyl-N~4~-(1-ethylpiperidin-4-yl)-6,7-dimethoxy-N~2~-methylquinazoline-2,4-diamine × 2 GOL GLYCEROL × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.275
5VSC Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 13 提交 2017-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 916–1190（275 aa）片段：G9a catalytic SET-domain residues 916-1190 链 B 916–1190（275 aa）片段：G9a catalytic SET-domain residues 916-1190	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 9HJ 6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)-N~2~-propylquinazoline-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium bromide	分辨率 1.40 Å R-free 0.182
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 883–1156（274 aa）片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 883–1156（274 aa）片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 883–1156（274 aa）片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193) 链 B 883–1156（274 aa）片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 419–552（134 aa）片段：residues 419-552	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–552（134 aa）片段：residues 419-552	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 419–552（134 aa）片段：residues 419-552	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 419–552（134 aa）片段：residues 419-552	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
7BTV Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 5. 提交 2020-04-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 N47 N~2~-{4-methoxy-3-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]phenyl}-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
7DCF Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 10 提交 2020-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 H30 5'-methoxy-6'-(1-methyl-2,3,4,7-tetrahydroazepin-5-yl)spiro[cyclobutane-1,3'-indole]-2'-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M NaOAc, pH 7, 20% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
7T7L Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with covalent inhibitor (Compound 1) 提交 2021-12-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193 链 C 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 G5U N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)propanamide × 1 G4R N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)prop-2-enamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 20,000	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7T7L Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with covalent inhibitor (Compound 1) 提交 2021-12-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193 链 D 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 G5U N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)propanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 20,000	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7X73 Structure of G9a in complex with RK-701 提交 2022-03-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 J26 N-[(2S)-1-[(4-cyanophenyl)amino]-4-cyclopropyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1H-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH 7.4), 0.2M sodium formate, 10% ethylene glycol, 25% PEG3350	分辨率 1.49 Å R-free 0.193
7XUA Structure of G9a in complex with compound 10a 提交 2022-05-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I5X ~{N}-[(1~{S})-1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-3-methylsulfanyl-propyl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Formate, 10% Ethylene Glycol, 23.5% PEG3350	分辨率 1.87 Å R-free 0.224
7XUB Structure of G9a in complex with compound 10d 提交 2022-05-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I6L ~{N}-[(1~{S})-1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)pentyl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (7.75), 0.2M Sodium Formate, 10% Ethylene Glycol, 26% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.215
7XUC Structure of G9a in complex with compound 11a 提交 2022-05-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I6S 3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-phenylazanyl-hexan-2-yl]-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Fluoride, 10% Ethylene Glycol, 25% PEG3350	分辨率 1.67 Å R-free 0.186
7XUD Structure of G9a in complex with compound 26a 提交 2022-05-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 SFG SINEFUNGIN × 2 I6Z ~{N}-[(2~{S})-4-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-phenylazanyl-butan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Fluoride, 10% Ethylene Glycol, 22% PEG3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.177
8VV8 Crystal Structure of EHMT2 bound to EZM8266 提交 2024-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 A1AEB (2R)-1-(azetidin-1-yl)-3-(2-methoxy-5-{[4-methyl-6-(methylamino)pyrimidin-2-yl]amino}phenoxy)propan-2-ol × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium fluoride, 20 %(w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
8VV8 Crystal Structure of EHMT2 bound to EZM8266 提交 2024-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 A1AEB (2R)-1-(azetidin-1-yl)-3-(2-methoxy-5-{[4-methyl-6-(methylamino)pyrimidin-2-yl]amino}phenoxy)propan-2-ol × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium fluoride, 20 %(w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
8Z7C Structure of G9a in complex with compound 7i 提交 2024-04-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L07 3,6,6-trimethyl-~{N}-[(2~{S})-1-[[4-(1-methylpiperidin-4-yl)oxyphenyl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 1.52 Å R-free 0.196
8Z7D Structure of G9a in complex with compound 9a 提交 2024-04-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L08 3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-[(phenylmethyl)amino]hexan-2-yl]-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 1.58 Å R-free 0.183
8Z7E Structure of G9a in complex with compound 9b 提交 2024-04-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L09 ~{N}-[(2~{S})-1-[[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]methylamino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 1.54 Å R-free 0.195
9KLB G9a in complex with RK-133232 (compound 16g) 提交 2024-11-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L57 ~{N}-[(~{E},2~{S})-4-cyclopropyl-1-[(6-ethoxypyridin-3-yl)amino]-1-oxidanylidene-but-3-en-2-yl]-4-(pyridin-4-ylamino)benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.221
9KLC G9a in complex with the S-isomer of RK-131902 (racemic compound rac-10a) 提交 2024-11-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L58 ~{N}-[(2~{S})-1-[[6-(1-methylpiperidin-4-yl)oxypyridin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-3-(pyridin-4-ylamino)benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.253
9LUS Structure of human G9a SET-domain in complex with FLAV27 inhibitor 提交 2025-02-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1L7O 3-[1-[[(2~{S})-4-(phenylmethyl)-1,4-oxazepan-2-yl]methyl]piperidin-4-yl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；peg3350 20%, 10% Tacsimate (ph-8), Tris (ph-8.2), Glycerol 6%, 5 mM KSCN	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
9WRI Crystal structure of CtBP2 in complex with G9a 提交 2025-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 881–893（13 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 6% PVP, 30% pentaerythritol ethoxylate	分辨率 1.85 Å R-free 0.202
9YKS Crystal structure of the G9a (EHMT2) SET domain in complex with SAM and TNG917 提交 2025-10-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 912–1193（282 aa）片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193) 链 B 912–1193（282 aa）片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 A1CXM N~2~-[(7M)-6-fluoro-7-(2,5,6,7-tetrahydro-1H-azepin-4-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；33% PEG4000, 200 mM sodium acetate, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 1.79 Å R-free 0.252
9YKS Crystal structure of the G9a (EHMT2) SET domain in complex with SAM and TNG917 提交 2025-10-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 912–1193（282 aa）片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193) 链 D 912–1193（282 aa）片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 A1CXM N~2~-[(7M)-6-fluoro-7-(2,5,6,7-tetrahydro-1H-azepin-4-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；33% PEG4000, 200 mM sodium acetate, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 1.79 Å R-free 0.252

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	EHMT2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–283； UniProt 913–1193 作者链 B； PDB构建体 3–283； UniProt 913–1193

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7buc
沉积日期 deposition_date	2020-04-06
结构标题 title	Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 13
关键词 keywords	PROTEIN-SMALL MOLECULE INHIBITOR COMPLEX, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.18 Å
零角强度 I(0) i0	70568300.00
分子量 molecular_weight	62164.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75914 Å³
包络体积 envelope_volume	93583 Å³
水化壳体积 shell_volume	30289 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.84 Å
包络 Rg envelope_rg	26.66 Å
形状 Rg shape_rg	26.22 Å
总 Rg total_rg	26.70 Å
总原子数 total_atoms	4324
残基数 n_residues	542
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7714
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.559
峰度 Kurtosis kurtosis	0.251
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6609000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.446; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.690; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
分子量 formula_weight	32604.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4348

GSNRAIRTEKIICRDVARGYENVPIPCVNGVDGEPCPEDYKYISENCETSTMNIDRNITHLQHCTCVDDCSSSNCLCGQLSIRCWYDKDGRLLQEFNKIEPPLIFECNQACSCWRNCKNRVVQSGIKVRLQLYRTAKMGWGVRALQTIPQGTFICEYVGELISDAEADVREDDSYLFDLDNKDGEVYCIDARYYGNISRFINHLCDPNIIPVRVFMLHQDLRFPRIAFFSSRDIRTGEELGFDYGDRFWDIKSKYFTCQCGSEKCKHSAEAIALEQSRLARLD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N2-[4-methoxy-3-(2,3,4,7-tetrahydro-1H-azepin-5-yl)phenyl]-N4,6-dimethyl-pyrimidine-2,4-diamine
分子量 formula_weight	339.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d7buca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bucb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.500 Å
晶胞边长 b length_b	78.430 Å
晶胞边长 c length_c	72.990 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2118
R_work r_work	0.2095
R_free r_free	0.2618

fit	/app/data/saxs_computation/bu/7buc/7buc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bu/7buc/7buc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bu/7buc/7buc.dat