7bv6

Crystal structure of the autophagic STX17/SNAP29/VAMP8 SNARE complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein 8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Syntaxin-17 × 1 （P56962） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Syntaxin-17 × 1 （P56962） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Syntaxin-17 × 1 （P56962） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Syntaxin-17 × 1 （P56962） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Syntaxin-17 × 1 （P56962） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Syntaxin-17 × 1 （P56962） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAMP8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–68； UniProt 8–75 作者链 E； PDB构建体 1–68； UniProt 8–75 作者链 I； PDB构建体 1–68； UniProt 8–75 作者链 M； PDB构建体 1–68； UniProt 8–75 作者链 Q； PDB构建体 1–68； UniProt 8–75 作者链 U； PDB构建体 1–68； UniProt 8–75

Syntaxin-17

Homo sapiens

UniProt P56962

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721） Synaptosomal-associated protein 29 × 1 （O95721）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STX17_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–87； UniProt 142–228 作者链 F； PDB构建体 1–87； UniProt 142–228 作者链 J； PDB构建体 1–87； UniProt 142–228 作者链 N； PDB构建体 1–87； UniProt 142–228 作者链 R； PDB构建体 1–87； UniProt 142–228 作者链 V； PDB构建体 1–87； UniProt 142–228

Synaptosomal-associated protein 29

Homo sapiens

UniProt O95721

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Syntaxin-17 × 1 （P56962）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Syntaxin-17 × 1 （P56962）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Syntaxin-17 × 1 （P56962）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Syntaxin-17 × 1 （P56962）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Syntaxin-17 × 1 （P56962）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 8 × 1 （Q9BV40） Syntaxin-17 × 1 （P56962）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNP29_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–91； UniProt 40–130 作者链 G； PDB构建体 1–91； UniProt 40–130 作者链 K； PDB构建体 1–91； UniProt 40–130 作者链 O； PDB构建体 1–91； UniProt 40–130 作者链 S； PDB构建体 1–91； UniProt 40–130 作者链 W； PDB构建体 1–91； UniProt 40–130 作者链 D； PDB构建体 1–68； UniProt 191–258 作者链 H； PDB构建体 1–68； UniProt 191–258 作者链 L； PDB构建体 1–68； UniProt 191–258 作者链 P； PDB构建体 1–68； UniProt 191–258 作者链 T； PDB构建体 1–68； UniProt 191–258 作者链 X； PDB构建体 1–68； UniProt 191–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bv6
沉积日期 deposition_date	2020-04-09
结构标题 title	Crystal structure of the autophagic STX17/SNAP29/VAMP8 SNARE complex
关键词 keywords	Autophagy, Synatxin 17, GABARAP, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bv6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bv6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bv6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.85 Å
Rg（电子密度）	29.91 Å
总 Rg	29.74 Å
原子数	2085
残基数	266
排除体积	36837 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bv6__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7bv6__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7bv6__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7bv6__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`7bv6__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`7bv6__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vesicle-associated membrane protein 8
分子量 formula_weight	7981.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U
原子数 atom_count	12345

GGNDRVRNLQSEVEGVKNIMTQNVERILARGENLEHLRNKTEDLEATSEHFKTTSQKVARKFWWKNVK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Syntaxin-17
分子量 formula_weight	9494.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V

HTTEAEASSQSLTQIYALPEIPQDQNAAESWETLEADLIELSQLVTDFSLLVNSQQEKIDSIADHVNSAAVNVEEGTKNLGKAAKYK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Synaptosomal-associated protein 29
分子量 formula_weight	10379.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O,S,W

DRQQYLRQEVLRRAEATAASTSRSLALMYESEKVGVASSEELARQRGVLERTEKMVDKMDQDLKISQKHINSIKSVFGGLVNYFKSKPVET

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Synaptosomal-associated protein 29
分子量 formula_weight	7902.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P,T,X

KNPHLRAYHQKIDSNLDELSMGLGRLKDIALGMQTEIEEQDDILDRLTTKVDKLDVNIKSTERKVRQL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d7bv6a_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6b_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6e_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6f_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6i_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6j_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6m_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6n_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6q_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6r_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6u_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7bv6v_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

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晶胞边长 a length_a	143.981 Å
晶胞边长 b length_b	196.000 Å
晶胞边长 c length_c	76.142 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	49.000 Å
R 因子 r_factor	0.1792
R_work r_work	0.1751
R_free r_free	0.2554

Crystal structure of the autophagic STX17/SNAP29/VAMP8 SNARE complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Syntaxin-17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Synaptosomal-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bv6__assembly_1__model_1

7bv6__assembly_1__model_1 | I(q)

7bv6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the autophagic STX17/SNAP29/VAMP8 SNARE complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Syntaxin-17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Synaptosomal-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bv6__assembly_1__model_1

7bv6__assembly_1__model_1 | I(q)

7bv6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

7. 引用文献 (1)