7bxt

The cryo-EM structure of CENP-A nucleosome in complex with CENP-C peptide and CENP-N N-terminal domain

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 2-E × 2 （Q16778） DNA (145-mer) × 1 DNA (145-mer) × 1 CENP-C × 2 （O57392） Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N × 2 （Q1T765）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPA_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 67–144； UniProt 54–131 作者链 E； PDB构建体 67–144； UniProt 54–131

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A × 2 （Q6XXM1） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 2-E × 2 （Q16778） DNA (145-mer) × 1 DNA (145-mer) × 1 CENP-C × 2 （O57392） Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N × 2 （Q1T765）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–106； UniProt 2–103 作者链 F； PDB构建体 5–106； UniProt 2–103

Histone H2A type 1-B/E

Homo sapiens

UniProt P04908

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A × 2 （Q6XXM1） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2B type 2-E × 2 （Q16778） DNA (145-mer) × 1 DNA (145-mer) × 1 CENP-C × 2 （O57392） Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N × 2 （Q1T765）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2A1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–133； UniProt 2–130 作者链 G； PDB构建体 5–133； UniProt 2–130

Histone H2B type 2-E

Homo sapiens

UniProt Q16778

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A × 2 （Q6XXM1） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） DNA (145-mer) × 1 DNA (145-mer) × 1 CENP-C × 2 （O57392） Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N × 2 （Q1T765）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2B2E_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–129； UniProt 1–126 作者链 H； PDB构建体 4–129； UniProt 1–126

CENP-C

物种未注明

UniProt O57392

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A × 2 （Q6XXM1） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 2-E × 2 （Q16778） DNA (145-mer) × 1 DNA (145-mer) × 1 Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N × 2 （Q1T765）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	O57392_CHICK
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–41； UniProt 643–683 作者链 L； PDB构建体 1–41； UniProt 643–683

Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N

Gallus gallus

UniProt Q1T765

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A × 2 （Q6XXM1） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 2-E × 2 （Q16778） DNA (145-mer) × 1 DNA (145-mer) × 1 CENP-C × 2 （O57392）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CENPN_CHICK
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 412–622； UniProt 1–211 作者链 N； PDB构建体 412–622； UniProt 1–211

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bxt
沉积日期 deposition_date	2020-04-20
结构标题 title	The cryo-EM structure of CENP-A nucleosome in complex with CENP-C peptide and CENP-N N-terminal domain
关键词 keywords	CENP-A nucleosome, CENP-C, CENP-N, complex, kinetochore, NUCLEAR PROTEIN, CELL CYCLE-DNA complex; CELL CYCLE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bxt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bxt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bxt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.38 Å
Rg（电子密度）	40.99 Å
总 Rg	41.42 Å
原子数	15696
残基数	1491
排除体积	261200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bxt__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A
分子量 formula_weight	16372.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15696

GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRRQPFARVVREICLLFTRGVDYRWQAMALLALQEAAEAFLVHLLEDAYLCSLHARRVTLYPKDLQLARRLRGLQGEGF

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11676.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	14447.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 2-E
分子量 formula_weight	14233.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (145-mer)
分子量 formula_weight	44529.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGAGTCAGATATATACATCGAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (145-mer)
分子量 formula_weight	44982.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGATGTATATATCTGACTCGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	CENP-C
分子量 formula_weight	4932.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

QKIVLPSNTPNVRRTKRIRLKPLEYWRGERVTYTLKPSGRL

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N
分子量 formula_weight	71519.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSNNNNNNNNNNLGIEGRENLYFQGRENLYFQGENLYFQGRIMDEVIVEYIRRTVLKIPRDEIMAVLQKWGFLSEAQLQTINFRQTKEGISHSVAQLCEESSADLKQAALLDIIYNHIYPNKRVWSVYHMNKTGEETDFFDFRDFKKKFRRQIQSALINVTINFREYEDNAIWIRIAWGTPYTKPNQYKTSYVVYHSQTPYVFISASVLRSNLPLLCQAMVVASNYHDIHEMELRSHCLNSLKDIVFKRYSQNDPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	118294

The cryo-EM structure of CENP-A nucleosome in complex with CENP-C peptide and CENP-N N-terminal domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-B/E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 2-E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CENP-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bxt__assembly_1__model_1

7bxt__assembly_1__model_1 | I(q)

7bxt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer