7byd

Crystal structure of SN45 TCR in complex with lipopeptide-bound Mamu-B*05104

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

B protein

Macaca mulatta

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （Q6V7J5） GLY-GLY-ALA-ILE × 1 SN45 T cell receptor alpha chain × 1 SN45 T cell receptor beta chain × 1 IODIDE ION × 9 1,2-ETHANEDIOL × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CALCIUM ION × 1 MYRISTIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （Q6V7J5） GLY-GLY-ALA-ILE × 1 SN45 T cell receptor alpha chain × 1 SN45 T cell receptor beta chain × 1 IODIDE ION × 10 1,2-ETHANEDIOL × 3 MYRISTIC ACID × 1 SODIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2ZHY7_MACMU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 22–297 作者链 F； PDB构建体 1–276； UniProt 22–297

Beta-2-microglobulin

Macaca mulatta

UniProt Q6V7J5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	B protein × 1 （B2ZHY7） GLY-GLY-ALA-ILE × 1 SN45 T cell receptor alpha chain × 1 SN45 T cell receptor beta chain × 1 IODIDE ION × 9 1,2-ETHANEDIOL × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CALCIUM ION × 1 MYRISTIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	B protein × 1 （B2ZHY7） GLY-GLY-ALA-ILE × 1 SN45 T cell receptor alpha chain × 1 SN45 T cell receptor beta chain × 1 IODIDE ION × 10 1,2-ETHANEDIOL × 3 MYRISTIC ACID × 1 SODIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MACMU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–100； UniProt 20–119 作者链 G； PDB构建体 1–100； UniProt 20–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7byd
沉积日期 deposition_date	2020-04-22
结构标题 title	Crystal structure of SN45 TCR in complex with lipopeptide-bound Mamu-B*05104
关键词 keywords	Major histocompatibility complex class 1, T cell receptor, lipopeptide, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7byd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7byd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7byd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.47 Å
Rg（电子密度）	37.54 Å
总 Rg	37.77 Å
原子数	6566
残基数	812
排除体积	115630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7byd__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7byd__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	B protein
分子量 formula_weight	31919.2 kDa
突变 mutation	R149E,K198E,D244E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	13311

GSHSLRYFGTAVSRPGRGEPRFIYVGYVDDTQFVRFDSDAASPRTEPRAPWVEQEGPEYWEEETRRAKARAQTDRADLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMAGCDLGPNGRLLRGYHQSAYDGKDYIALNEDLRSWIAADMAAQNTQRKWEATRYAERFRAYLEGPCLEWLRRYLENGKETLQHADPPKTHVTHHPVSDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEEQTQDIEFVETRPAGDGTFQKWGAVVVPSGEEQRYTCHVQHKGLPEPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus macaque
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11731.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

AIQRTPKIQVYSRHPPENGKPNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGEKMGKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPNEKDEYACRVNHVTLSGPRTVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus macaque
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GLY-GLY-ALA-ILE
分子量 formula_weight	316.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

GGAI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SN45 T cell receptor alpha chain
分子量 formula_weight	21809.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

AKTTQPISMDSYEGQEVNITCNHNDIATSDYIMWYQQFPNQGPRFIIQGYKANIANEVASLFIPTDRKSSTLSLPRVALSDTAVYYCLVGGGGYVLTFGRGTSLIVHPYIQNPDPAVYQLRGSKSNDTSVCLFTDFDSVMNVSQSKDSDVHITDKCVLDMRSMDFKSNGAVAWSNKSDFACTSAFKDSVIPADTFFPG

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	SN45 T cell receptor beta chain
分子量 formula_weight	28086.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

DTAVSQTPKYLVRQTGKNESLKCEQNLGHNAMYWYKQDSKKLLKIMFIYNNKEPILNETVPYRFSPKSPDKAHLNLHIKSLELGDSAVYFCASSQDLGAGEVYEQYFGPGTRLTVIEDLKKVFPPKVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALEDSRYCLSSRLRVSATFWHNPRNHFRCQVQFYGLSEDDEWTEDRDKPITQKISAEAWGRA

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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晶胞边长 a length_a	83.937 Å
晶胞边长 b length_b	95.071 Å
晶胞边长 c length_c	123.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	41.963 Å
R 因子 r_factor	0.1884
R_work r_work	0.1852
R_free r_free	0.2496

Crystal structure of SN45 TCR in complex with lipopeptide-bound Mamu-B*05104

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

B protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7byd__assembly_1__model_1

7byd__assembly_1__model_1 | I(q)

7byd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)