SAXSdb — 7c7x

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A.6

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 14–106 链 C； UniProt 14–106	未记录	Histone H2B.1 × 2 （Q9LQQ4） NAP1-related protein 1 × 2 （Q9CA59） GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate, 30% (v/v) PEG 600, 10% (v/v) glycerol	分辨率 3.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7C7X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7BP2 Structural mechanism directing nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–106（93 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium sulphate 0.1M Bis Tris propane pH 7.5 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.58 Å R-free 0.186
7BP2 Structural mechanism directing nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 14–106（93 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium sulphate 0.1M Bis Tris propane pH 7.5 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.58 Å R-free 0.186
7BP4 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 14–106（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；290 K；0.7 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.07 M sodium citrate and 30% (v/v) glycerol (pH 5.6)	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
7BP4 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–106（93 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；290 K；0.7 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.07 M sodium citrate and 30% (v/v) glycerol (pH 5.6)	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
7BP5 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–106（93 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.2 M sodium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
7BP6 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 14–106（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane and 20% (w/v) PEG 3350 (pH 8.5)	分辨率 1.58 Å R-free 0.200
8KCB Complex of DDM1-nucleosome(H2A) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–130（130 aa）链 B 1–130（130 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
8WH5 Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state 提交 2023-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
8WH8 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP state 提交 2023-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8WH9 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state 提交 2023-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8WHA Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2 提交 2023-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
8WHB Structure of nucleosome core particle of Arabidopsis thaliana 提交 2023-09-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
9K40 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9K42 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9K44 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A6_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–93； UniProt 14–106 作者链 C； PDB构建体 1–93； UniProt 14–106

Histone H2B.1

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9LQQ4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 51–148 链 D； UniProt 51–148	未记录	Histone H2A.6 × 2 （Q9LD28） NAP1-related protein 1 × 2 （Q9CA59） GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate, 30% (v/v) PEG 600, 10% (v/v) glycerol	分辨率 3.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7C7X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6M2M A role for histone chaperone OsChz1 in histone recognition and deposition 提交 2020-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 B 51–148（98 aa）链 D 51–148（98 aa）链 F 51–148（98 aa）链 H 51–148（98 aa）链 J 51–148（98 aa）链 L 51–148（98 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2M Sodium citrate,0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30%(w/v)	分辨率 2.85 Å R-free 0.253
7BP2 Structural mechanism directing nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–148（98 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium sulphate 0.1M Bis Tris propane pH 7.5 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.58 Å R-free 0.186
7BP2 Structural mechanism directing nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 51–148（98 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium sulphate 0.1M Bis Tris propane pH 7.5 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.58 Å R-free 0.186
7BP4 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 51–148（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；290 K；0.7 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.07 M sodium citrate and 30% (v/v) glycerol (pH 5.6)	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
7BP4 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 51–148（98 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；290 K；0.7 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.07 M sodium citrate and 30% (v/v) glycerol (pH 5.6)	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
7BP5 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 51–148（98 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.2 M sodium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
7BP6 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 51–148（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane and 20% (w/v) PEG 3350 (pH 8.5)	分辨率 1.58 Å R-free 0.200
9K3Z Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–148（148 aa）链 H 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
9K40 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–148（148 aa）链 H 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9K41 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–148（148 aa）链 H 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9K42 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–148（148 aa）链 H 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9K43 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–148（148 aa）链 H 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9K44 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–148（148 aa）链 H 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9K45 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–148（148 aa）链 H 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9K46 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–148（148 aa）链 H 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–98； UniProt 51–148 作者链 D； PDB构建体 1–98； UniProt 51–148

NAP1-related protein 1

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9CA59

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 19–256 链 F； UniProt 19–256	未记录	Histone H2A.6 × 2 （Q9LD28） Histone H2B.1 × 2 （Q9LQQ4） GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate, 30% (v/v) PEG 600, 10% (v/v) glycerol	分辨率 3.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7C7X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5DAY The structure of NAP1-Related Protein(NRP1) in Arabidopsis 提交 2015-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–225（207 aa）片段：UNP RESIDUES 19-225 链 B 19–225（207 aa）片段：UNP RESIDUES 19-225	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；289.15 K；25% PEG 400, 0.1 M HEPES pH 7.6, 0.2 M Calcium chloride dihydrate	分辨率 2.33 Å R-free 0.269
7BP6 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 226–232（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane and 20% (w/v) PEG 3350 (pH 8.5)	分辨率 1.58 Å R-free 0.200

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRP1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–239； UniProt 19–256 作者链 F； PDB构建体 2–239； UniProt 19–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7c7x
沉积日期 deposition_date	2020-05-27
结构标题 title	Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1)
关键词 keywords	complex, Histone, PLANT PROTEIN, CHAPERONE, TRANSCRIPTION-CHAPERONE complex; TRANSCRIPTION/CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.36 Å
零角强度 I(0) i0	87302500.00
分子量 molecular_weight	77493.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98632 Å³
包络体积 envelope_volume	143040 Å³
水化壳体积 shell_volume	36682 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.78 Å
包络 Rg envelope_rg	33.33 Å
形状 Rg shape_rg	34.33 Å
总 Rg total_rg	34.87 Å
总原子数 total_atoms	5478
残基数 n_residues	683
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6556
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.228
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13330000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.817

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H2A.6
分子量 formula_weight	10033.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	5502

KKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIVPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIAN

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2B.1
分子量 formula_weight	11033.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B

KKRSKKNVETYKIYIFKVLKQVHPDIGISSKAMGIMNSFINDIFEKLAQESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NAP1-related protein 1
分子量 formula_weight	27484.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

SNLEQIDAELVLSIEKLQEIQDDLEKINEKASDEVLEVEQKYNVIRKPVYDKRNEVIQSIPGFWMTAFLSHPALGDLLTEEDQKIFKYLNSLEVEDAKDVKSGYSITFHFTSNPFFEDAKLTKTFTFLEEGTTKITATPIKWKEGKGLPNGVNHDDKKGNKRALPEESFFTWFTDAQHKEDAGDEIHDEVADIIKEDLWSNPLTYFNNDADEEDFDGDDDGDEEGEEDDDDEEEEDGEE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d7c7xa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d7c7xb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d7c7xc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d7c7xd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d7c7xe1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.305 — NAP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.305.1 — NAP-like
家族 Family family	d.305.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c7xe2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7c7xf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.305 — NAP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.305.1 — NAP-like
家族 Family family	d.305.1.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.710 Å
晶胞边长 b length_b	128.396 Å
晶胞边长 c length_c	140.275 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.620 Å
R 因子 r_factor	0.2248
R_work r_work	0.2229
R_free r_free	0.2617

fit	/app/data/saxs_computation/c7/7c7x/7c7x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/7c7x/7c7x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/7c7x/7c7x.dat

Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A.6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2B.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NAP1-related protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)