SAXSdb — 7c8e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein epsilon

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–232 链 B； UniProt 1–232	未记录	9J10 × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；28% PEG 400, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M Calcium chloride	分辨率 3.16 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7C8E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BR9 14-3-3 Protein Epsilon (Human) Complexed to Peptide 提交 2005-05-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；40% MPD, 5% PEG10000, 0.1M CACODYLATE PH6.5. PROTEIN IN 150MM NACL, 50MM TRIS PH8, pH 8.00	分辨率 1.75 Å R-free 0.239
3UAL Crystal Structure of 14-3-3 epsilon with Mlf1 peptide 提交 2011-10-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–232（232 aa）片段：UNP residues 1-232	未记录	TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1 M Na-Citrate, 35% tert-butanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
3UAL Crystal Structure of 14-3-3 epsilon with Mlf1 peptide 提交 2011-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–232（232 aa）片段：UNP residues 1-232	未记录	TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1 M Na-Citrate, 35% tert-butanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
3UBW Complex of 14-3-3 isoform epsilon, a Mlf1 phosphopeptide and a small fragment hit from a FBDD screen 提交 2011-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）片段：delta C, UNP residues 1-234	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 10 6SP (3S)-pyrrolidin-3-ol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；For crystallization of the 14-3-3 /MLF129-42 peptide complex, protein and peptide were mixed in a 1:1.5 molar ratio in 20 mM Hepes/NaOH pH 7.5, 2 mM MgCl2 and 2 mM 2-ME and set up for crystallization in 0.1 M Na-Citrate pH 5.6 and 35% tert-butanol at 4 C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
3UBW Complex of 14-3-3 isoform epsilon, a Mlf1 phosphopeptide and a small fragment hit from a FBDD screen 提交 2011-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–234（234 aa）片段：delta C, UNP residues 1-234	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 5 6SP (3S)-pyrrolidin-3-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；For crystallization of the 14-3-3 /MLF129-42 peptide complex, protein and peptide were mixed in a 1:1.5 molar ratio in 20 mM Hepes/NaOH pH 7.5, 2 mM MgCl2 and 2 mM 2-ME and set up for crystallization in 0.1 M Na-Citrate pH 5.6 and 35% tert-butanol at 4 C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
6EIH The crystal structure of 14-3-3 epsilon in complex with the phosphorylated NELFE peptide 提交 2017-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–232（230 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% pentaerythritol propoxylate, 0.2M sodium thiocyanate, 0.1M HEPES, pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.241
8DGM 14-3-3 epsilon bound to phosphorylated PEAK1 (pT1165) peptide 提交 2022-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–255（255 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% (v/v) MPD	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
8DGN 14-3-3 epsilon bound to phosphorylated PEAK2 (pS826) peptide 提交 2022-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–255（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% (v/v) MPD	分辨率 3.16 Å R-free 0.295
8DGP 14-3-3 epsilon bound to phosphorylated PEAK3 (pS69) peptide 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–255（255 aa）链 B 1–255（255 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.35；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium bicine pH 9.35, 5% (v/v) 2-methyl-2,4,-pentandiol (MPD)	分辨率 2.70 Å R-free 0.233
8DGP 14-3-3 epsilon bound to phosphorylated PEAK3 (pS69) peptide 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–255（255 aa）链 D 1–255（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.35；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium bicine pH 9.35, 5% (v/v) 2-methyl-2,4,-pentandiol (MPD)	分辨率 2.70 Å R-free 0.233
8DP5 Structure of the PEAK3/14-3-3 complex 提交 2022-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–255（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；A final concentration of 0.1% of Octyl-beta-Glucoside (C14H28O6) was added to the sample before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot time = 7s blot force = 4	分辨率 3.10 Å
8Q1S Pathogenic mutations of human phosphorylation sites affect protein-protein interactions 提交 2023-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–255（255 aa）链 B 1–255（255 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；19% PEG 3350, 0.35 M NaBr, 0.1 M BisTris-Propane pH 6.5	分辨率 3.23 Å R-free 0.279

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1433E_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 35–266； UniProt 1–232 作者链 B； PDB构建体 35–266； UniProt 1–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7c8e
沉积日期 deposition_date	2020-05-30
结构标题 title	Crystal Structure of 14-3-3 epsilon with 9J10 peptide
关键词 keywords	Signaling protein, Phosphopeptide binding, peptide complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.24 Å
零角强度 I(0) i0	48251200.00
分子量 molecular_weight	52742.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65460 Å³
包络体积 envelope_volume	84632 Å³
水化壳体积 shell_volume	26979 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.51 Å
包络 Rg envelope_rg	25.75 Å
形状 Rg shape_rg	26.25 Å
总 Rg total_rg	26.99 Å
总原子数 total_atoms	3700
残基数 n_residues	471
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.8 Å
Rg (实空间) rg_real	27.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9158
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.190
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.635
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7369000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.985; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	14-3-3 protein epsilon
分子量 formula_weight	30170.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3735

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSMDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASWRIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVFYYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	9J10
分子量 formula_weight	1524.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

LNRTPGRRRNSN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.470 Å
晶胞边长 b length_b	83.350 Å
晶胞边长 c length_c	118.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.160 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2242
R_work r_work	0.2217
R_free r_free	0.2705

fit	/app/data/saxs_computation/c8/7c8e/7c8e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c8/7c8e/7c8e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c8/7c8e/7c8e.dat

Crystal Structure of 14-3-3 epsilon with 9J10 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein epsilon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)