SAXSdb — 8dp5

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dp5
沉积日期 deposition_date	2022-07-14
结构标题 title	Structure of the PEAK3/14-3-3 complex
关键词 keywords	complex, pseudokinase, kinase, adapter, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.79 Å
零角强度 I(0) i0	238468000.00
分子量 molecular_weight	125960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	158200 Å³
包络体积 envelope_volume	238440 Å³
水化壳体积 shell_volume	49815 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.3 Å
壳层 Rg shell_rg	44.14 Å
包络 Rg envelope_rg	41.65 Å
形状 Rg shape_rg	42.80 Å
总 Rg total_rg	42.81 Å
总原子数 total_atoms	17780
残基数 n_residues	1143
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	238400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8613
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.854

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein PEAK3
分子量 formula_weight	52357.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	17780

MSSPEPPTEPPEPDNPTWSTQPTYSNLGQIRAHLLPSKACRLRTPGSLSTNPEPLPPPLPKKILTRTQSLPTRRTLHPSSIQVQPPRRPFLGSHSVDKSQAAVGPACLPAELTFGPADAPLGLSLRDLHSPEAVHTALAARQLQGLRTIYARLRARLMGGHPGPCHPGHSFRLLDSSPCAESGDALYYRVVRAHEDAWHILVAKVPKPGADVPHPWGLELQASLSPHFNLQGLCGLVPEGTLPGAPWRGAVALAAEVPERTVAQWLAEACTQPPEEFVWAVALLLLQLSAALKFLEAWGAALVELRPENLLLVAPRGCATTGPPRLLLTDFGRVCLQPPGPPGSPGPHAPQLGSLLRALLSLAAPSTTPLAAGLELLAAQLTRLRPSASRTRGALQALLWGPGPELRGRGAPLGPWLRALGPWLRVRRGLLVLRLAERAAGGEAPSLEDWLCCEYLAEATESSMGQALALLWDLEGGGGADYKDDDDKGPV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	14-3-3 protein beta/alpha
分子量 formula_weight	28114.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSSWRVISSIEQKTERNEKKQQMGKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKVFYLKMKGDYFRYLSEVASGDNKQTTVSNSQQAYQEAFEISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLNEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSENQGDEGDAGEGEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	14-3-3 protein epsilon
分子量 formula_weight	29208.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASWRIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVFYYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGDGEEQNKEALQDVEDENQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Protein PEAK3 fragment
分子量 formula_weight	52437.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,P

MSSPEPPTEPPEPDNPTWSTQPTYSNLGQIRAHLLPSKACRLRTPGSLSTNPEPLPPPLPKKILTRTQSLPTRRTLHPSSIQVQPPRRPFLGSHSVDKSQAAVGPACLPAELTFGPADAPLGLSLRDLHSPEAVHTALAARQLQGLRTIYARLRARLMGGHPGPCHPGHSFRLLDSSPCAESGDALYYRVVRAHEDAWHILVAKVPKPGADVPHPWGLELQASLSPHFNLQGLCGLVPEGTLPGAPWRGAVALAAEVPERTVAQWLAEACTQPPEEFVWAVALLLLQLSAALKFLEAWGAALVELRPENLLLVAPRGCATTGPPRLLLTDFGRVCLQPPGPPGSPGPHAPQLGSLLRALLSLAAPSTTPLAAGLELLAAQLTRLRPSASRTRGALQALLWGPGPELRGRGAPLGPWLRALGPWLRVRRGLLVLRLAERAAGGEAPSLEDWLCCEYLAEATESSMGQALALLWDLEGGGGADYKDDDDKGPV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8dp5C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	8dp5D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	169563

fit	/app/data/saxs_computation/dp/8dp5/8dp5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dp/8dp5/8dp5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dp/8dp5/8dp5.dat

Structure of the PEAK3/14-3-3 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)