SAXSdb — 7c9w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP4

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	VP1 × 60 VP2 × 60 VP3 × 60 Complement decay-accelerating factor × 60 （P08174） SPHINGOSINE × 60 MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	VP1 × 1 VP2 × 1 VP3 × 1 Complement decay-accelerating factor × 1 （P08174） SPHINGOSINE × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	VP1 × 5 VP2 × 5 VP3 × 5 Complement decay-accelerating factor × 5 （P08174） SPHINGOSINE × 5 MYRISTIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	VP1 × 6 VP2 × 6 VP3 × 6 Complement decay-accelerating factor × 6 （P08174） SPHINGOSINE × 6 MYRISTIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	VP1 × 1 VP2 × 1 VP3 × 1 Complement decay-accelerating factor × 1 （P08174） SPHINGOSINE × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	VP1 × 60 VP2 × 60 VP3 × 60 Complement decay-accelerating factor × 60 （P08174） SPHINGOSINE × 60 MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q33C85_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69

Complement decay-accelerating factor

Homo sapiens

UniProt P08174

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	VP1 × 60 VP2 × 60 VP3 × 60 VP4 × 60 （Q33C85） SPHINGOSINE × 60 MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	VP1 × 1 VP2 × 1 VP3 × 1 VP4 × 1 （Q33C85） SPHINGOSINE × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	VP1 × 5 VP2 × 5 VP3 × 5 VP4 × 5 （Q33C85） SPHINGOSINE × 5 MYRISTIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	VP1 × 6 VP2 × 6 VP3 × 6 VP4 × 6 （Q33C85） SPHINGOSINE × 6 MYRISTIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	VP1 × 1 VP2 × 1 VP3 × 1 VP4 × 1 （Q33C85） SPHINGOSINE × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	VP1 × 60 VP2 × 60 VP3 × 60 VP4 × 60 （Q33C85） SPHINGOSINE × 60 MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DAF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–192； UniProt 94–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7c9w
沉积日期 deposition_date	2020-06-07
结构标题 title	E30 F-particle in complex with CD55
关键词 keywords	Echovirus 30, mature, attachement receptor, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7c9w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	138.20 Å
总 Rg	138.20 Å
原子数	478260
残基数	60840
排除体积	8462800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7c9w__assembly_1__model_1`	300-meric （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7c9w__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`7c9w__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`7c9w__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`7c9w__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`7c9w__assembly_6__model_1`	300-meric （300）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	33091.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7971

NDPESALNRAVGRVADTVASGPVNTEQIPALTAVETGHTSQVVPSDTMQTRHVINYHTRSESSIENFMGRAACVYIAQYATEKVNDELDRYTNWEITTRQVAQLRRKLEMFTYMRFDLEITFVITSSQRTSTTYASDSPPLTHQVMYVPPGGPIPKSYEDFAWQTSTNPSVFWTEGNAPPRMSIPFMSVGNAYCNFYDGWSHFSQSGVYGYTTLNNMGHLYFRHVNKSTAYPVNSVARVYFKPKHVKAWVPRAPRLCPYLKARNVNFNVQGVTESRNKITLDRSTHNPLANT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	28878.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPTVEECGYSDRVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPTYLSDHEATAVDQPTQPDVATCRFYTLESVKWESSSAGWWWKFPEALSDMGLFGQNMQYHYLGRTGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGAATTDHAFNHTKLSNIGQAMEFSAKKSTDQTGPQTAVHNAGMGVAVGNLTIFPHQWINLRTNNSATIVMPYINSVPMDNMYRHYNFTLMVIPFAKLEHSPQASTYVPITVTVAPMCAEYNGLRLAGHQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	26157.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPTMNTPGSTQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPEIQIPGQVRNLMEIAEVDSVVPVNNTEGHVNSMEAYRIPVRPQTSSGEQVFGFQLQPGHDSVLKHTLLGEILNYYANWSGSMKLTFMYCGAAMATGKFLIAYSPPGAGVPGSRRDAMLGTHVIWDVGLQSSCVLCVPWISQTNYRYVTSDAYTDAGYITCWYQTSIVTPPDIPTTSTILCFVSACNDFSVRLLRDTPFITQQALFQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VP4
分子量 formula_weight	7437.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAQVSTQKTGAHETGLNASGNSIIHYTNINYYKDSASNSLNRQDFTQDPSKFTEPVKDVMIKTLPALN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Complement decay-accelerating factor
分子量 formula_weight	21308.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

CNRSCEVPTRLNSASLKQPYITQNYFPVGTVVEYECRPGYRREPSLSPKLTCLQNLKWSTAVEFCKKKSCPNPGEIRNGQIDVPGGILFGATISFSCNTGYKLFGSTSSFCLISGSSVQWSDPLPECREIYCPAPPQIDNGIIQGERDHYGYRQSVTYACNKGFTMIGEHSIYCTVNNDEGEWSGPPPECRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7c9wB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	7c9wE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	7c9wE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1016

E30 F-particle in complex with CD55

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Complement decay-accelerating factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7c9w__assembly_1__model_1

7c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

7c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

E30 F-particle in complex with CD55

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Complement decay-accelerating factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7c9w__assembly_1__model_1

7c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

7c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)