SAXSdb — 7cbp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small envelope protein M

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 600 其他聚合物 60	Fab Heavy chain × 120 Fab light chain × 120 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 1	Fab Heavy chain × 2 Fab light chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 50 其他聚合物 5	Fab Heavy chain × 10 Fab light chain × 10 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 60 其他聚合物 6	Fab Heavy chain × 12 Fab light chain × 12 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致
5	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 1	Fab Heavy chain × 2 Fab light chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_ZIKVF
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290 作者链 U； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290 作者链 V； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290 作者链 K； PDB构建体 1–501； UniProt 291–791 作者链 N； PDB构建体 1–501； UniProt 291–791 作者链 Q； PDB构建体 1–501； UniProt 291–791

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7cbp
沉积日期 deposition_date	2020-06-13
结构标题 title	CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom
关键词 keywords	Zika virus, Fab antibody, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7cbp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7cbp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7cbp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	222.60 Å
总 Rg	222.50 Å
原子数	1184160
残基数	155940
排除体积	21063000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7cbp__assembly_1__model_1`	600-meric （600）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7cbp__assembly_2__model_1`	decameric （10）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`7cbp__assembly_3__model_1`	50-meric （50）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`7cbp__assembly_4__model_1`	60-meric （60）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`7cbp__assembly_5__model_1`	decameric （10）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Small envelope protein M
分子量 formula_weight	8496.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,U,V
原子数 atom_count	19739

AVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLVMILLIAPAYS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	54186.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,N,K

IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSGSTIGKAFEATVRGAKRMAVLGDTAWDFGSVGGALNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLMWLGLNTKNGSISLMCLALGGVLIFLSTA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	23612.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,R

EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFSFSTYSMHWVRQAPGKGLEWVSAISGEGDSAYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNKVRAEDTAVYYCVGGYSNFYYYYTMDAWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab light chain
分子量 formula_weight	23818.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,S

DIVMTQSPASLSLSPGERATLSCRATQSISTFLAWYQQKPGQAPRLLIYDASTRASGIPARFSGSRSGTDFTLTITRLEPEDFAVYYCQQRYNWPPYSFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	4610

CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small envelope protein M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7cbp__assembly_1__model_1

7cbp__assembly_1__model_1 | I(q)

7cbp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small envelope protein M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7cbp__assembly_1__model_1

7cbp__assembly_1__model_1 | I(q)

7cbp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

7. 引用文献 (1)