7cec

Structure of alpha6beta1 integrin in complex with laminin-511

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 其他聚合物 1	Integrin beta-1 × 1 （P05556） Laminin subunit alpha-5 × 1 （O15230） Laminin subunit beta-1 × 1 （P07942） Laminin subunit gamma-1 × 1 （P11047） TS2/16 VH(S112C)-SARAH,TS2/16 VH(S112C)-SARAH × 1 TS2/16 VL-SARAH(S37C),TS2/16 VL-SARAH(S37C) × 1 HUTS-4 VH(S112C)-SARAH,HUTS-4 VH(S112C)-SARAH × 1 HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C),HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MANGANESE (II) ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITA6_HUMAN
Isoform	P23229-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–618； UniProt 24–641

Integrin beta-1

Homo sapiens

UniProt P05556

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 其他聚合物 1	Integrin alpha-6 × 1 （P23229） Laminin subunit alpha-5 × 1 （O15230） Laminin subunit beta-1 × 1 （P07942） Laminin subunit gamma-1 × 1 （P11047） TS2/16 VH(S112C)-SARAH,TS2/16 VH(S112C)-SARAH × 1 TS2/16 VL-SARAH(S37C),TS2/16 VL-SARAH(S37C) × 1 HUTS-4 VH(S112C)-SARAH,HUTS-4 VH(S112C)-SARAH × 1 HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C),HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MANGANESE (II) ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 21–465

Laminin subunit alpha-5

Homo sapiens

UniProt O15230

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 其他聚合物 1	Integrin alpha-6 × 1 （P23229） Integrin beta-1 × 1 （P05556） Laminin subunit beta-1 × 1 （P07942） Laminin subunit gamma-1 × 1 （P11047） TS2/16 VH(S112C)-SARAH,TS2/16 VH(S112C)-SARAH × 1 TS2/16 VL-SARAH(S37C),TS2/16 VL-SARAH(S37C) × 1 HUTS-4 VH(S112C)-SARAH,HUTS-4 VH(S112C)-SARAH × 1 HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C),HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MANGANESE (II) ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAMA5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–674； UniProt 2655–3327

Laminin subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P07942

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 其他聚合物 1	Integrin alpha-6 × 1 （P23229） Integrin beta-1 × 1 （P05556） Laminin subunit alpha-5 × 1 （O15230） Laminin subunit gamma-1 × 1 （P11047） TS2/16 VH(S112C)-SARAH,TS2/16 VH(S112C)-SARAH × 1 TS2/16 VL-SARAH(S37C),TS2/16 VL-SARAH(S37C) × 1 HUTS-4 VH(S112C)-SARAH,HUTS-4 VH(S112C)-SARAH × 1 HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C),HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MANGANESE (II) ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAMB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–74； UniProt 1714–1786

Laminin subunit gamma-1

Homo sapiens

UniProt P11047

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 其他聚合物 1	Integrin alpha-6 × 1 （P23229） Integrin beta-1 × 1 （P05556） Laminin subunit alpha-5 × 1 （O15230） Laminin subunit beta-1 × 1 （P07942） TS2/16 VH(S112C)-SARAH,TS2/16 VH(S112C)-SARAH × 1 TS2/16 VL-SARAH(S37C),TS2/16 VL-SARAH(S37C) × 1 HUTS-4 VH(S112C)-SARAH,HUTS-4 VH(S112C)-SARAH × 1 HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C),HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MANGANESE (II) ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAMC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–83； UniProt 1528–1609

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7cec
沉积日期 deposition_date	2020-06-22
结构标题 title	Structure of alpha6beta1 integrin in complex with laminin-511
关键词 keywords	Integrin, Laminin, Fv-clasp, CELL ADHESION, CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex; CELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7cec__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7cec__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7cec__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.79 Å
Rg（电子密度）	54.07 Å
总 Rg	54.12 Å
原子数	17546
残基数	2238
排除体积	311860 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7cec__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrin alpha-6
分子量 formula_weight	69776.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17561

FNLDTREDNVIRKYGDPGSLFGFSLAMHWQLQPEDKRLLLVGAPRAEALPLQRANRTGGLYSCDITARGPCTRIEFDNDADPTSESKEDQWMGVTVQSQGPGGKVVTCAHRYEKRQHVNTKQESRDIFGRCYVLSQNLRIEDDMDGGDWSFCDGRLRGHEKFGSCQQGVAATFTKDFHYIVFGAPGTYNWKGIVRVEQKNNTFFDMNIFEDGPYEVGGETEHDESLVPVPANSYLGFSLDSGKGIVSKDEITFVSGAPRANHSGAVVLLKRDMKSAHLLPEHIFDGEGLASSFGYDVAVVDLNKDGWQDIVIGAPQYFDRDGEVGGAVYVYMNQQGRWNNVKPIRLNGTKDSMFGIAVKNIGDINQDGYPDIAVGAPYDDLGKVFIYHGSANGINTKPTQVLKGISPYFGYSIAGNMDLDRNSYPDVAVGSLSDSVTIFRSRPVINIQKTITVTPNRIDLRQKTACGAPSGICLQVKSCFEYTANPAGYNPSISIVGTLEAEKERRKSGLSSRVQFRNQGSEPKYTQELTLKRQKQKVCMEETLWLQDNIRDKLRPIPITASVEIQEPSSRRRVNSLPEVLPILNSDEPKTAHIDVHFLKEGCGDDNVCNSNLKLEYKGSLENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Integrin beta-1
分子量 formula_weight	50510.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPTSARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLVLRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDFRIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQRISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQCHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTLSANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISIGDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECEGGLENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Laminin subunit alpha-5
分子量 formula_weight	73414.2 kDa
突变 mutation	I2723C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GENVERWQGQYEGLRGQDLGQAVLDAGHSVSTLEKTLPQLLAKLSILENRGVHNASLALSASIGRVRELCAQARGAASKVKVPMKFNGRSGVQLRTPRDLADLAAYTALKFYLQGPEPEPGQGTEDRFVMYMGSRQATGDYMGVSLRDKKVHWVYQLGEAGPAVLSIDEDIGEQFAAVSLDRTLQFGHMSVTVERQMIQETKGDTVAPGAEGLLNLRPDDFVFYVGGYPSTFTPPPLLRFPGYRGCIEMDTLNEEVVSLYNFERTFQLDTAVDRPCARSKSTGDPWLTDGSYLDGTGFARISFDSQISTTKRFEQELRLVSYSGVLFFLKQQSQFLCLAVQEGSLVLLYDFGAGLKKAVPLQPPPPLTSASKAIQVFLLGGSRKRVLVRVERATVYSVEQDNDLELADAYYLGGVPPDQLPPSLRRLFPTGGSVRGCVKGIKALGKYVDLKRLNTTGVSAGCTADLLVGRAMTFHGHGFLRLALSNVAPLTGNVYSGFGFHSAQDSALLYYRASPDGLCQVSLQQGRVSLQLLRTEVKTQAGFADGAPHYVAFYSNATGVWLYVDDQLQQMKPHRGPPPELQPQPEGPPRLLLGGLPESGTIYNFSGCISNVFVQRLLGPQRVFDLQQNLGSVNVSTGCAPALQAQTPGLGPRGLQATARKASRRSRQPARHPA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Laminin subunit beta-1
分子量 formula_weight	8552.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GDARRKAEMLQNEAKTLLAQANSKLQLLKDLERKYEDNQRYLEDKAQELARLEGEVRSLLKDISQKVAVYSTCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Laminin subunit gamma-1
分子量 formula_weight	9483.7 kDa
突变 mutation	D1585C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GDTVDLNKLNEIEGTLNKAKDEMKVSDLDRKVSDLENEAKKQEAAIMDYNRDIEEIMKCIRNLEDIRKTLPSGCFNTPSIEKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	TS2/16 VH(S112C)-SARAH,TS2/16 VH(S112C)-SARAH
分子量 formula_weight	19464.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MDVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFSSYTMSWVRQTPEKRLEWVATISSGGSYTYYPDSVKGRFTISRDKAKNTLYLQMGSLKSEDTAMYYCTRIGYDEDYAMDHWGQGTSVTVCSGSDYEFLKSWTVEDLQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQSKRQPILDAIEAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	TS2/16 VL-SARAH(S37C),TS2/16 VL-SARAH(S37C)
分子量 formula_weight	18270.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GSHMQIVVTQRPTTMAASPGDKIIITCSVSSIISSNYLHWYSQKPGFSPKLLIYRTSNLASGVPPRFSGSGSGTSYSLTIGTMEAEDVATYYCQQGSDIPLTFGDGTKLDLKRGSDYEFLKSWTVEDLQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQCKRQPILDAIEAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	HUTS-4 VH(S112C)-SARAH,HUTS-4 VH(S112C)-SARAH
分子量 formula_weight	19760.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MQVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGVSWIRQPSGKGLEWLAHIYWDDDKRYHPSLKSRLTISKDTSSNQVFLKITSVDTADTATYYCARSIYDGYYDYFDVWGAGTTVTVCSGSDYEFLKSWTVEDLQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQSKRQPILDAIEAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C),HUTS-4 VL(C87Y)-SARAH(S37C)
分子量 formula_weight	17701.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MQIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRATSSVTYMHWYQQKPGSSPKPWIYATSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISRVEAADAATYYCQQWTSNPPTFGGGTKLEIKRGSDYEFLKSWTVEDLQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQCKRQPILDAIEAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7cecH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	429521

Structure of alpha6beta1 integrin in complex with laminin-511

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integrin beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Laminin subunit alpha-5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Laminin subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Laminin subunit gamma-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7cec__assembly_1__model_1

7cec__assembly_1__model_1 | I(q)

7cec__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 branched