SAXSdb — 7d2e

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Liprin-alpha-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 164–235 链 B； UniProt 164–235 链 C； UniProt 164–235 链 D； UniProt 164–235	片段：UNP residues 164-235	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 1.70 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7D2E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3TAC Crystal Structure of the Liprin-alpha/CASK complex 提交 2011-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 866–1193（328 aa）片段：UNP residues 866-1193	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.4M ammonium sulfate, 0.2M NaCl, MES buffer, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
3TAD Crystal Structure of the Liprin-alpha/Liprin-beta complex 提交 2011-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 866–1193（328 aa）片段：UNP residues 866-975, 1113-1193	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；3-5% PEG8000, 0.15M NaCl, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
3TAD Crystal Structure of the Liprin-alpha/Liprin-beta complex 提交 2011-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 866–1193（328 aa）片段：UNP residues 866-975, 1113-1193	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；3-5% PEG8000, 0.15M NaCl, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
6IUH Crystal structure of GIT1 PBD domain in complex with Liprin-alpha2 提交 2018-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 642–671（30 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.2M Potassium iodide, 0.1M MES pH 6.5, 25% w/v PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.267
6IUH Crystal structure of GIT1 PBD domain in complex with Liprin-alpha2 提交 2018-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 642–671（30 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.2M Potassium iodide, 0.1M MES pH 6.5, 25% w/v PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.267
7D2G Coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2delC 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 102–150（49 aa）片段：UNP residues 102-150 链 B 102–150（49 aa）片段：UNP residues 102-150	突变：L106M, C143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L106M, C143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.70 Å R-free 0.263
7D2G Coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2delC 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 102–150（49 aa）片段：UNP residues 102-150 链 D 102–150（49 aa）片段：UNP residues 102-150	突变：L106M, C143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L106M, C143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.70 Å R-free 0.263
7D2H Tetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 102–163（62 aa）片段：UNP residues 102-163 链 B 102–163（62 aa）片段：UNP residues 102-163 链 C 102–163（62 aa）片段：UNP residues 102-163 链 D 102–163（62 aa）片段：UNP residues 102-163	突变：C143A 突变：C143A 突变：C143A 突变：C143A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Tris pH 8.0, 5% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.20 Å R-free 0.281
8Z22 Crystal structure of the liprin-alpha2/RIM1 complex 提交 2024-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 300–404（105 aa）链 D 300–404（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；28% V/V 2-Propanol; 0.1M BIS-TRIS pH 6.5; 3% V/V Polyethylene glycol 200	分辨率 2.75 Å R-free 0.234

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIPA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–78； UniProt 164–235 作者链 B； PDB构建体 7–78； UniProt 164–235 作者链 C； PDB构建体 7–78； UniProt 164–235 作者链 D； PDB构建体 7–78； UniProt 164–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7d2e
沉积日期 deposition_date	2020-09-16
结构标题 title	Tetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H3
关键词 keywords	Coiled-coil, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.32 Å
零角强度 I(0) i0	13331300.00
分子量 molecular_weight	27865.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34881 Å³
包络体积 envelope_volume	50122 Å³
水化壳体积 shell_volume	14716 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.94 Å
包络 Rg envelope_rg	45.71 Å
形状 Rg shape_rg	44.33 Å
总 Rg total_rg	43.03 Å
总原子数 total_atoms	1962
残基数 n_residues	242
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.9 Å
Rg (实空间) rg_real	44.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5775
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	21.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.751
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.155
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	497700.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.038; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.013; Smooth: 0.376

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	38.307 Å
晶胞边长 b length_b	71.293 Å
晶胞边长 c length_c	53.473 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2409
R_work r_work	0.2394
R_free r_free	0.2685

描述 description	Liprin-alpha-2
分子量 formula_weight	8665.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2116

Tetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Liprin-alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

fit	/app/data/saxs_computation/d2/7d2e/7d2e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/7d2e/7d2e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/7d2e/7d2e.dat