SAXSdb — 7d6c

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM

Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Carboxysome assembly protein CcmN × 2 （P46204） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Carboxysome assembly protein CcmN × 2 （P46204） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCMM_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 10–218； UniProt 1–209 作者链 2； PDB构建体 10–218； UniProt 1–209

Carboxysome assembly protein CcmN

Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)

UniProt P46204

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM × 1 （Q03513） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM × 1 （Q03513） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCMN_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 3； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118 作者链 4； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118 作者链 5； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118 作者链 F； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7d6c
沉积日期 deposition_date	2020-09-30
结构标题 title	Crystal structure of CcmM N-terminal domain in complex with CcmN
关键词 keywords	CO2-concentrating mechanism, carboxysome, scaffolding protein, complex, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7d6c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7d6c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7d6c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.28 Å
Rg（电子密度）	21.04 Å
总 Rg	21.85 Å
原子数	2802
残基数	392
排除体积	50074 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7d6c__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7d6c__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM
分子量 formula_weight	23250.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2
原子数 atom_count	5696

MDYKDDDDKMPSPTTVPVATAGRLAEPYIDPAAQVHAIASIIGDVRIAAGVRVAAGVSIRADEGAPFQVGKESILQEGAVIHGLEYGRVLGDDQADYSVWIGQRVAITHKALIHGPAYLGDDCFVGFRSTVFNARVGAGSVIMMHALVQDVEIPPGRYVPSGAIITTQQQADRLPEVRPEDREFARHIIGSPPVIVRSTPAATADFHSTPTPSPLRPS

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Carboxysome assembly protein CcmN
分子量 formula_weight	12087.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3,4,5,F

FQSNMHLPPLEPPISDRYFASGEVTIAADVVIAPGVLLIAEADSRIEIASGVCIGLGSVIHARGGAIIIQAGALLAAGVLIVGQSIVGRQACLGASTTLVNTSIEAGGVTAPGSLLSAETPP

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7d6c401
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	10 — UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexapeptide repeat proteins

结构域编号 domain_id	7d6c501
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	10 — UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexapeptide repeat proteins

结构域编号 domain_id	7d6cF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	10 — UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexapeptide repeat proteins

▶

晶胞边长 a length_a	84.180 Å
晶胞边长 b length_b	92.330 Å
晶胞边长 c length_c	125.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	44.160 Å
R 因子 r_factor	0.2117
R_work r_work	0.2086
R_free r_free	0.2720

Crystal structure of CcmM N-terminal domain in complex with CcmN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Carboxysome assembly protein CcmN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7d6c__assembly_1__model_1

7d6c__assembly_1__model_1 | I(q)

7d6c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of CcmM N-terminal domain in complex with CcmN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Carboxysome assembly protein CcmN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7d6c__assembly_1__model_1

7d6c__assembly_1__model_1 | I(q)

7d6c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)