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7d6c

Crystal structure of CcmM N-terminal domain in complex with CcmN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM

Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)

UniProt Q03513

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 1–209 未记录 Carboxysome assembly protein CcmN × 2 （P46204） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；PEG 8000, N-(2-acetamido) iminodiacetic acid 分辨率 2.89 Å R-free 0.272
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 2； UniProt 1–209 未记录 Carboxysome assembly protein CcmN × 2 （P46204） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；PEG 8000, N-(2-acetamido) iminodiacetic acid 分辨率 2.89 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7D6C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6HBA Crystal Structure of the small subunit-like domain 1 of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942), thiol-oxidized form 提交 2018-08-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 225–313（89 aa） 片段：SSUL domain 1
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；25.5% PEG-3350 and 0.1 M Na-acetate pH 4.5
分辨率 1.65 Å R-free 0.241
6HBA Crystal Structure of the small subunit-like domain 1 of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942), thiol-oxidized form 提交 2018-08-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 225–313（89 aa） 片段：SSUL domain 1
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；25.5% PEG-3350 and 0.1 M Na-acetate pH 4.5
分辨率 1.65 Å R-free 0.241
6HBB Crystal Structure of the small subunit-like domain 1 of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) 提交 2018-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 225–313（89 aa） 片段：SSUL domain 1
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；1.95 M ammonium sulfate and 0.1 M Na-acetate pH 4.5
分辨率 1.20 Å R-free 0.195
6HBB Crystal Structure of the small subunit-like domain 1 of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) 提交 2018-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 225–313（89 aa） 片段：SSUL domain 1
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；1.95 M ammonium sulfate and 0.1 M Na-acetate pH 4.5
分辨率 1.20 Å R-free 0.195
6HBC Structure of the repeat unit in the network formed by CcmM and Rubisco from Synechococcus elongatus 提交 2018-08-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 225–313（89 aa） 片段：SSUL domain 1
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Solutions were made fresh
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
分辨率 2.78 Å
7O4Z Crystal structure of the carbonic anhydrase-like domain of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) 提交 2021-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–181（181 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG-3350 and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.67 Å R-free 0.200
7O54 Crystal structure of the carbonic anhydrase-like domain of CcmM in complex with the C-terminal 17 residues of CcaA from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) 提交 2021-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–181（181 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG-3350 and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.200
9FWV Rubisco in native beta-carboxysomes 提交 2024-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric
链 A 225–310（86 aa）
链 B 225–310（86 aa）
链 F 225–310（86 aa）
链 T 225–310（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCMM_SYNE7
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 10–218； UniProt 1–209 作者链 2； PDB构建体 10–218； UniProt 1–209

Carboxysome assembly protein CcmN

Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805)

UniProt P46204

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 4； UniProt 1–118 链 F； UniProt 1–118 未记录 Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM × 1 （Q03513） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；PEG 8000, N-(2-acetamido) iminodiacetic acid 分辨率 2.89 Å R-free 0.272
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 3； UniProt 1–118 链 5； UniProt 1–118 未记录 Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmM × 1 （Q03513） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；PEG 8000, N-(2-acetamido) iminodiacetic acid 分辨率 2.89 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCMN_SYNE7
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 3； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118 作者链 4； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118 作者链 5； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118 作者链 F； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7d6c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7d6c
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7d6c
沉积日期 deposition_date2020-09-30
结构标题 titleCrystal structure of CcmM N-terminal domain in complex with CcmN
关键词 keywordsCO2-concentrating mechanism, carboxysome, scaffolding protein, complex, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.40 Å
零角强度 I(0) i0100392000.00
分子量 molecular_weight79997.0 kDa
排除体积 excluded_volume100600 ų
包络体积 envelope_volume124110 ų
水化壳体积 shell_volume34962 ų
包络直径 envelope_diameter100.0 Å
壳层 Rg shell_rg36.79 Å
包络 Rg envelope_rg30.33 Å
形状 Rg shape_rg30.45 Å
总 Rg total_rg30.80 Å
总原子数 total_atoms5630
残基数 n_residues788
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.5 Å
Rg (实空间) rg_real31.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal100400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8817
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary97.5 Å
偏度 Skewness skewness0.405
峰度 Kurtosis kurtosis-0.515
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha39530000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.925
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7d6c401
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology10 — UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hexapeptide repeat proteins
结构域编号 domain_id7d6c501
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology10 — UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hexapeptide repeat proteins
结构域编号 domain_id7d6cF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology10 — UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hexapeptide repeat proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)