7daf

IXA in complex with tubulin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Tubulin beta chain × 2 （A0A287AGU7） Stathmin-4 × 1 （P63042） Tubulin tyrosine ligase × 1 （E1BQ43） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 ;(1~{S},3~{S},7~{S},10~{R},11~{S},12~{S},16~{R})-8,8,10,12,16-pentamethyl-3-[(~{E})-1-(2-methyl-1,3-thiazol-4-yl)prop-1-en-2-yl]-7,11-bis(oxidanyl)-17-oxa-4-azabicyclo[14.1.0]heptadecane-5,9-dione ; × 1 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBA1B_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 C； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt A0A287AGU7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Tubulin alpha-1B chain × 2 （Q2XVP4） Stathmin-4 × 1 （P63042） Tubulin tyrosine ligase × 1 （E1BQ43） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 ;(1~{S},3~{S},7~{S},10~{R},11~{S},12~{S},16~{R})-8,8,10,12,16-pentamethyl-3-[(~{E})-1-(2-methyl-1,3-thiazol-4-yl)prop-1-en-2-yl]-7,11-bis(oxidanyl)-17-oxa-4-azabicyclo[14.1.0]heptadecane-5,9-dione ; × 1 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A287AGU7_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 D； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

Stathmin-4

Mus musculus

UniProt P63042

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Tubulin alpha-1B chain × 2 （Q2XVP4） Tubulin beta chain × 2 （A0A287AGU7） Tubulin tyrosine ligase × 1 （E1BQ43） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 ;(1~{S},3~{S},7~{S},10~{R},11~{S},12~{S},16~{R})-8,8,10,12,16-pentamethyl-3-[(~{E})-1-(2-methyl-1,3-thiazol-4-yl)prop-1-en-2-yl]-7,11-bis(oxidanyl)-17-oxa-4-azabicyclo[14.1.0]heptadecane-5,9-dione ; × 1 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STMN4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–143； UniProt 49–189

Tubulin tyrosine ligase

Gallus gallus

UniProt E1BQ43

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Tubulin alpha-1B chain × 2 （Q2XVP4） Tubulin beta chain × 2 （A0A287AGU7） Stathmin-4 × 1 （P63042） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 ;(1~{S},3~{S},7~{S},10~{R},11~{S},12~{S},16~{R})-8,8,10,12,16-pentamethyl-3-[(~{E})-1-(2-methyl-1,3-thiazol-4-yl)prop-1-en-2-yl]-7,11-bis(oxidanyl)-17-oxa-4-azabicyclo[14.1.0]heptadecane-5,9-dione ; × 1 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E1BQ43_CHICK
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–378； UniProt 1–378

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7daf
沉积日期 deposition_date	2020-10-16
结构标题 title	IXA in complex with tubulin
关键词 keywords	tubulin, protein-drug complex, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7daf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7daf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7daf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.52 Å
Rg（电子密度）	57.41 Å
总 Rg	57.17 Å
原子数	17720
残基数	2209
排除体积	313370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7daf__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	50204.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	18541

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	49999.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Stathmin-4
分子量 formula_weight	16844.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MADMEVIELNKCTSGQSFEVILKPPSFDGVPEFNASLPRRRDPSLEEIQKKLEAAEERRKYQEAELLKHLAEKREHEREVIQKAIEENNNFIKMAKEKLAQKMESNKENREAHLAAMLERLQEKDKHAEEVRKNKELKEEASR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Tubulin tyrosine ligase
分子量 formula_weight	44378.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MYTFVVRDENSSVYAEVSRLLLATGQWKRLRKDNPRFNLMLGERNRLPFGRLGHEPGLVQLVNYYRGADKLCRKASLVKLIKTSPELSESCTWFPESYVIYPTNLKTPVAPAQNGIRHLINNTRTDEREVFLAAYNRRREGREGNVWIAKSSAGAKGEGILISSEASELLDFIDEQGQVHVIQKYLEKPLLLEPGHRKFDIRSWVLVDHLYNIYLYREGVLRTSSEPYNSANFQDKTCHLTNHCIQKEYSKNYGRYEEGNEMFFEEFNQYLMDALNTTLENSILLQIKHIIRSCLMCIEPAISTKHLHYQSFQLFGFDFMVDEELKVWLIEVNGAPACAQKLYAELCQGIVDVAISSVFPLADTGQKTSQPTSIFIKLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	;(1~{S},3~{S},7~{S},10~{R},11~{S},12~{S},16~{R})-8,8,10,12,16-pentamethyl-3-[(~{E})-1-(2-methyl-1,3-thiazol-4-yl)prop-1-en-2-yl]-7,11-bis(oxidanyl)-17-oxa-4-azabicyclo[14.1.0]heptadecane-5,9-dione ;
分子量 formula_weight	506.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	655

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d7dafb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain

结构域编号 domain_id	d7dafb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7dafc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain

结构域编号 domain_id	d7dafc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7dafd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain

结构域编号 domain_id	d7dafd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7dafe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.10 — Stathmin
家族 Family family	a.137.10.1 — Stathmin

结构域编号 domain_id	d7daff1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamily	c.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family family	c.30.1.9 — Tubulin tyrosine ligase (TTL) N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d7daff2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family family	d.142.1.10 — Tubulin tyrosine ligase (TTL) C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d7daff3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7dafF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11480 —

结构域编号 domain_id	7dafF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP-grasp fold, B domain

▶

晶胞边长 a length_a	105.162 Å
晶胞边长 b length_b	158.179 Å
晶胞边长 c length_c	181.875 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	35.497 Å
R 因子 r_factor	0.1749
R_work r_work	0.1741
R_free r_free	0.2220

IXA in complex with tubulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Stathmin-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin tyrosine ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7daf__assembly_1__model_1

7daf__assembly_1__model_1 | I(q)

7daf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)