7dyv

Human JMJD5 in complex with MN and 5-(benzylamino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional peptidase and arginyl-hydroxylase JMJD5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 183–416	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 HRF 5-(benzylamino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES sodium, 200mM magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v PEG 3350, 1mM manganese chloride	分辨率 1.92 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7DYV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3UYJ Crystal structure of JMJD5 catalytic core domain in complex with nickle and alpha-KG 提交 2011-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 173–416（244 aa）片段：Catalytic core domain, UNP residues 173-416 链 B 173–416（244 aa）片段：Catalytic core domain, UNP residues 173-416	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；291 K；8% PEG3350, 0.1M HepesNa pH 7.5, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.35 Å R-free 0.253
4AAP Crystal structure of JMJD5 domain of human Lysine-specific demethylase 8 (KDM8) in complex with N-oxalylglycine (NOG) 提交 2011-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–454（237 aa）片段：JMJD5 DOMAIN, RESIDUES 218-454	未记录	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG_3350, 0.007M NICL, 0M CDCL, 0.007M MGCL, 0.1M HEPES PH 7.3	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
4AAP Crystal structure of JMJD5 domain of human Lysine-specific demethylase 8 (KDM8) in complex with N-oxalylglycine (NOG) 提交 2011-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 218–454（237 aa）片段：JMJD5 DOMAIN, RESIDUES 218-454	未记录	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG_3350, 0.007M NICL, 0M CDCL, 0.007M MGCL, 0.1M HEPES PH 7.3	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
4GAZ Crystal Structure of a Jumonji Domain-containing Protein JMJD5 提交 2012-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 176–416（241 aa）片段：JmjC domain, UNP residues 176-416	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；289 K；100mM HEPES, 9% PEG 3350 (w/v), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.81 Å R-free 0.274
4GAZ Crystal Structure of a Jumonji Domain-containing Protein JMJD5 提交 2012-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 176–416（241 aa）片段：JmjC domain, UNP residues 176-416	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；289 K；100mM HEPES, 9% PEG 3350 (w/v), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.81 Å R-free 0.274
4GJY JMJD5 in complex with N-Oxalylglycine 提交 2012-08-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）片段：JmjC Domain (UNP Residues 183-416)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；4.5% PEG 3000, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.05 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.25 Å R-free 0.161
4GJZ JMJD5 in complex with 2-oxoglutarate 提交 2012-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）片段：JmjC Domain (UNP Residues 183-416)	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；9.5% PEG 3000, 0.1 M Bis-Tris pH 6.2, 0.05 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.05 Å R-free 0.163
4QU1 Crystal structure of human JMJD5 jmj-c domain 提交 2014-07-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）片段：jmj-c domain (UNP residues 183-416)	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 8% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.57 Å R-free 0.174
5FBJ Complex structure of JMJD5 and substrate 提交 2015-12-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NMM (2S)-2-amino-5-[(N-methylcarbamimidoyl)amino]pentanoic acid × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；281 K；PEG3350 HEPEPS-Na	分辨率 2.42 Å R-free 0.246
6AVS Complex structure of JMJD5 and Symmetric Monomethyl-Arginine (MMA) 提交 2017-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 221–454（234 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NMM (2S)-2-amino-5-[(N-methylcarbamimidoyl)amino]pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M HEPES pH 7.0 8% PEG 3350	分辨率 2.02 Å R-free 0.272
6AX3 Complex structure of JMJD5 and Symmetric Dimethyl-Arginine (SDMA) 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 222–454（233 aa）	未记录	2MR N3, N4-DIMETHYLARGININE × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M HEPES pH 7.0 8% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.259
6F4M Human JMJD5 in its apo form. 提交 2017-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 182–416（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 22.5 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:1 ratio)	分辨率 1.71 Å R-free 0.186
6F4N Human JMJD5 in complex with MN and 2OG. 提交 2017-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 153–416（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 21.4 % PEG3350, 0.07 M MgCl2, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:2 ratio)	分辨率 2.54 Å R-free 0.230
6F4N Human JMJD5 in complex with MN and 2OG. 提交 2017-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 153–416（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 21.4 % PEG3350, 0.07 M MgCl2, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:2 ratio)	分辨率 2.54 Å R-free 0.230
6F4O Human JMJD5 in complex with Mn(II) and Succinate. 提交 2017-11-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 15.0 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 2:1 ratio)	分辨率 1.28 Å R-free 0.174
6F4P Human JMJD5 in complex with MN, NOG and RPS6 (129-144) (complex-1) 提交 2017-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 183–416（234 aa）片段：Catalytic domain, UNP residues 183-416	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.0, 26.4 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:2 ratio)	分辨率 1.45 Å R-free 0.168
6F4Q Human JMJD5 (Q275C) in complex with Mn(II), NOG and RPS6-A138C (129-144) (complex-2) 提交 2017-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 221–454（234 aa）	突变：C217A, C232A, Q275C, C295A, C384A	MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.0, 19.3 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:1 ratio)	分辨率 1.12 Å R-free 0.153
6F4R Human JMJD5 (N308C) in complex with Mn(II), NOG and RCCD1 (139-143) (complex-3) 提交 2017-11-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	突变：C217A, C232A, C295A, N308C, C384A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；0.1M Bis-Tris pH 5.8, 25 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:1 ratio)	分辨率 1.30 Å R-free 0.162
6F4S Human JMJD5 (N308C) in complex with Mn(II), 2OG and RCCD1 (139-143) (complex-4) 提交 2017-11-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 183–416（234 aa）	突变：C217A, C232A, N308C	MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 29 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:2 ratio)	分辨率 1.46 Å R-free 0.152
6F4T Human JMJD5 (W414C) in complex with Mn(II), NOG and RCCD1 (139-143) (complex-5) 提交 2017-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）片段：Catalytic domain, UNP residues 183-416	突变：C217A, C232A, W414C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 17.1 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:1 ratio)	分辨率 1.22 Å R-free 0.154
6I9L JmjC domain-containing protein 5 (JMJD5) in complex with Mn and pyridine-2,4-dicarboxylic acid (2,4-PDCA) 提交 2018-11-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 PD2 PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 15.0 % PEG3350, 0.002 M MNCL2, 300 NL SITTING DROPS (SAMPLE:WELL, 2:1 RATIO)	分辨率 1.53 Å R-free 0.164
6I9M JmjC domain-containing protein 5 (JMJD5) in complex with Mn and R-2-hydroxyglutarate 提交 2018-11-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 2HG (2R)-2-hydroxypentanedioic acid × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 15.0 % PEG3350, 0.002 M MnCl2	分辨率 1.65 Å R-free 0.181
6I9N JmjC domain-containing protein 5 (JMJD5) in complex with Mn and L-2-hydroxyglutarate 提交 2018-11-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 S2G (2S)-2-HYDROXYPENTANEDIOIC ACID × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 15.0 % PEG3350, 0.002 M MnCl2	分辨率 1.36 Å R-free 0.159
7DYT Human JMJD5 in complex with MN and 5-((4-methoxybenzyl)amino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid. 提交 2021-01-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 HR3 5-((4-methoxybenzyl)amino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES sodium, 200mM magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v PEG 3350, 1mM manganese chloride	分辨率 1.62 Å R-free 0.189
7DYU Human JMJD5 in complex with MN and 5-((4-phenylbutyl)amino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid. 提交 2021-01-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 HR9 5-(4-phenylbutylamino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES sodium, 200mM magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v PEG 3350, 1mM manganese chloride	分辨率 1.72 Å R-free 0.195
7DYW Human JMJD5 in complex with MN and 5-((2-methoxybenzyl)amino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid. 提交 2021-01-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	HRL 5-((2-methoxybenzyl)amino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES sodium, 200mM magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v PEG 3350, 1mM manganese chloride	分辨率 2.13 Å R-free 0.239
7DYX Human JMJD5 in complex with MN and 5-((2-cyclopropylbenzyl)amino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid. 提交 2021-01-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 HRR 5-((2-cyclopropylbenzyl)amino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES sodium, 200mM magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v PEG 3350, 1mM manganese chloride	分辨率 2.27 Å R-free 0.280
7UQ3 JmjC domain-containing protein 5 (JMJD5) in complex with Mn and (S)-2-(1-hydroxy-2,5-dioxopyrrolidin-3-yl)acetic acid 提交 2022-04-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–416（234 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 O2U [(3S)-1-hydroxy-2,5-dioxopyrrolidin-3-yl]acetic acid × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；Sample: 22 mg/mL JMJD5, 1.5 mM MnCl2, 5 mM compound (IS-52); Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 15.0 % PEG3350, 0.002 M MnCl2; Cryo-protection: 25% (v/v) glycerol; Method: 300 nL sitting drops (sample:well, 2:1 ratio)	分辨率 1.49 Å R-free 0.135

共 25 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDM8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–235； UniProt 183–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7dyv
沉积日期 deposition_date	2021-01-23
结构标题 title	Human JMJD5 in complex with MN and 5-(benzylamino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid.
关键词 keywords	JmjC domain-containing protein 5, JMJD5, dioxygenase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.66 Å
零角强度 I(0) i0	12001000.00
分子量 molecular_weight	26624.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33548 Å³
包络体积 envelope_volume	37967 Å³
水化壳体积 shell_volume	17924 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.95 Å
包络 Rg envelope_rg	17.99 Å
形状 Rg shape_rg	17.63 Å
总 Rg total_rg	18.70 Å
总原子数 total_atoms	3689
残基数 n_residues	229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7558
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2461000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.374; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional peptidase and arginyl-hydroxylase JMJD5
分子量 formula_weight	27261.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.-,3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4164

STVPRLHRPSLQHFREQFLVPGRPVILKGVADHWPCMQKWSLEYIQEIAGCRTVPVEVGSRYTDEEWSQTLMTVNEFISKYIVNEPRDVGYLAQHQLFDQIPELKQDISIPDYCSLGDGEEEEITINAWFGPQGTISPLHQDPQQNFLVQVMGRKYIRLYSPQESGALYPHDTHLLHNTSQVDVENPDLEKFPKFAKAPFLSCILSPGEILFIPVKYWHYVRALDLSFSVSFWWS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-(benzylamino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid
分子量 formula_weight	272.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	129

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.338 Å
晶胞边长 b length_b	65.339 Å
晶胞边长 c length_c	78.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	50.250 Å
R 因子 r_factor	0.2079
R_work r_work	0.2044
R_free r_free	0.2401

fit	/app/data/saxs_computation/dy/7dyv/7dyv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dy/7dyv/7dyv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dy/7dyv/7dyv.dat