7e45

Crystal structure of compound 7 bound to MIF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage migration inhibitory factor

Homo sapiens

UniProt P14174

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–115 链 B; UniProt 2–115 链 C; UniProt 2–115 未记录 CL CHLORIDE ION × 13 HWO (2R)-7-[(2R,3R,4R,5S,6S)-6-(hydroxymethyl)-3-[(2R,3R,4R,5R,6S)-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(4-methoxy-3-oxidanyl-phenyl)-5-oxidanyl-2,3-dihydrochromen-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.0, 3% isopropanol 分辨率 1.43 Å R-free 0.186

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、132 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MIF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 C; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7e45

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7e45
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7e45
沉积日期 deposition_date2021-02-10
结构标题 titleCrystal structure of compound 7 bound to MIF
关键词 keywordstautomease and cytokine, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.75
零角强度 I(0) i025130700.00
分子量 molecular_weight37831.0 kDa
排除体积 excluded_volume46974 ų
包络体积 envelope_volume52426 ų
水化壳体积 shell_volume22506 ų
包络直径 envelope_diameter57.8
壳层 Rg shell_rg25.95
包络 Rg envelope_rg18.83
形状 Rg shape_rg18.76
总 Rg total_rg19.59
总原子数 total_atoms2638
残基数 n_residues342
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.0
Rg (实空间) rg_real19.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21
I(0) (实空间) i0_real2.5130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25130000.0000
解质量估计 total_estimate0.8304
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3
偏度 Skewness skewness0.020
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5626000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)