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7e6t

Structural insights into the activation of human calcium-sensing receptor

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 167.6 Å Quality: SUSPICIOUS
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Extracellular calcium-sensing receptor

Homo sapiens

UniProt P41180

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–870 链 B； UniProt 20–870 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7E6T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5FBH Crystal structure of the extracellular domain of human calcium sensing receptor with bound Gd3+ 提交 2015-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–541（522 aa） 片段：UNP residues 20-541
链 B 20–541（522 aa） 片段：UNP residues 20-541
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GD3 GADOLINIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 BCT BICARBONATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；10% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 10 mM CaCl2 and 100 mM Tris-HCl, 0.5 mM GdCl3
分辨率 2.70 Å R-free 0.236
5FBK Crystal structure of the extracellular domain of human calcium sensing receptor 提交 2015-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–541（522 aa） 片段：UNP residues 20-541
链 B 20–541（522 aa） 片段：UNP residues 20-541
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CL CHLORIDE ION × 6 BCT BICARBONATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；10% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 10 mM CaCl2 and 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5K5S Crystal structure of the active form of human calcium-sensing receptor extracellular domain 提交 2016-05-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–607（588 aa）
链 B 20–607（588 aa）
未记录 TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 100 mM Na2HPO4/citric acid pH 4.2, 10 mM CaCl2, 10 mM L-Trp
分辨率 2.60 Å R-free 0.222
5K5T Crystal structure of the inactive form of human calcium-sensing receptor extracellular domain 提交 2016-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–607（588 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5, 2 mM CaCl2
分辨率 3.10 Å R-free 0.239
5K5T Crystal structure of the inactive form of human calcium-sensing receptor extracellular domain 提交 2016-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–607（588 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5, 2 mM CaCl2
分辨率 3.10 Å R-free 0.239
5K5T Crystal structure of the inactive form of human calcium-sensing receptor extracellular domain 提交 2016-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 20–607（588 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 12 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5, 2 mM CaCl2
分辨率 3.10 Å R-free 0.239
7DTT Human Calcium-Sensing Receptor bound with calcium ions 提交 2021-01-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–1078（1059 aa）
链 B 20–1078（1059 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7DTU Human Calcium-Sensing Receptor bound with L-Trp 提交 2021-01-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–1078（1059 aa）
链 B 20–1078（1059 aa）
未记录 TRP TRYPTOPHAN × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
7DTV Human Calcium-Sensing Receptor bound with L-Trp and calcium ions 提交 2021-01-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–1078（1059 aa）
链 B 20–1078（1059 aa）
未记录 TRP TRYPTOPHAN × 2 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7DTW Human Calcium-Sensing Receptor in the inactive close-close conformation 提交 2021-01-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–1078（1059 aa）
链 B 20–1078（1059 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7E6U the complex of inactive CaSR and NB2D11 提交 2021-02-24 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 20–870（851 aa）
链 C 20–870（851 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 6.00 Å
7M3E Asymmetric Activation of the Calcium Sensing Receptor Homodimer 提交 2021-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–894（875 aa）
链 B 20–894（875 aa）
未记录 YP1 2-chloro-6-[(2R)-2-hydroxy-3-{[2-methyl-1-(naphthalen-2-yl)propan-2-yl]amino}propoxy]benzonitrile × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 TRP TRYPTOPHAN × 2 CA CALCIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7M3F Asymmetric Activation of the Calcium Sensing Receptor Homodimer 提交 2021-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–894（875 aa）
链 B 20–894（875 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 YP4 N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine × 2 TRP TRYPTOPHAN × 2 CA CALCIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7M3G Asymmetric Activation of the Calcium Sensing Receptor Homodimer 提交 2021-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 20–894（875 aa）
链 B 20–894（875 aa）
未记录 H43 2-[4-[(3S)-3-[[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]amino]pyrrolidin-1-yl]phenyl]ethanoic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 TRP TRYPTOPHAN × 2 CA CALCIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7M3J Asymmetric Activation of the Calcium Sensing Receptor Homodimer 提交 2021-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–894（875 aa）
链 B 20–894（875 aa）
未记录 YP1 2-chloro-6-[(2R)-2-hydroxy-3-{[2-methyl-1-(naphthalen-2-yl)propan-2-yl]amino}propoxy]benzonitrile × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8SZF Cryo-EM structure of cinacalcet-bound active-state human calcium-sensing receptor CaSR in lipid nanodiscs 提交 2023-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–894（876 aa）
链 B 19–894（876 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 TRP TRYPTOPHAN × 2 CA CALCIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 YP4 N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine × 2 SPM SPERMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8SZG Cryo-EM structure of cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gq complex in lipid nanodiscs 提交 2023-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 19–894（876 aa）
链 B 19–894（876 aa）
未记录 YP4 N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 SPM SPERMINE × 3 CA CALCIUM ION × 3 TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8SZH Cryo-EM structure of cinacalcet-bound human calcium-sensing receptor CaSR-Gi complex in lipid nanodiscs 提交 2023-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 19–894（876 aa）
链 B 19–894（876 aa）
未记录 YP4 N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine × 2 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4 TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 SPM SPERMINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8SZI Cryo-EM structure of PAM-free human calcium-sensing receptor CaSR-Gi complex in lipid nanodiscs 提交 2023-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 19–894（876 aa）
链 B 19–894（876 aa）
未记录 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4 TRP TRYPTOPHAN × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8WPG Human calcium-sensing receptor bound with cinacalcet in detergent 提交 2023-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–892（873 aa）
链 B 20–892（873 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 TRP TRYPTOPHAN × 2 CA CALCIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 YP4 N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8WPU Human calcium-sensing receptor(CaSR) bound to cinacalcet in complex with Gq protein 提交 2023-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 20–892（873 aa）
链 B 20–892（873 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 YP4 N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propan-1-amine × 2 TRP TRYPTOPHAN × 2 CA CALCIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9ASB Structure of human calcium-sensing receptor in complex with chimeric Gq (miniGisq) protein in nanodiscs 提交 2024-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 Q 1–903（903 aa）
链 R 1–903（903 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 A1AF7 (19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was blotted for 6s before plunge-frozen.
分辨率 3.40 Å
9AVG Structure of human calcium-sensing receptor in complex with chimeric Gs (miniGis) protein in nanodiscs 提交 2024-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 Q 1–903（903 aa）
链 R 1–903（903 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 A1AF7 (19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was blotted for 6s before plunge-frozen.
分辨率 3.60 Å
9AVL Structure of human calcium-sensing receptor in complex with Gi3 protein in nanodiscs 提交 2024-03-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 Q 1–903（903 aa）
链 R 1–903（903 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 A1AF7 (19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was blotted for 6s before plunge-frozen.
分辨率 3.80 Å
9AXF Structure of human calcium-sensing receptor in complex with chimeric Gq (miniGisq) protein in detergent 提交 2024-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 Q 1–903（903 aa）
链 R 1–903（903 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 7 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 AV0 Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 CLR CHOLESTEROL × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was blotted for 6s before plunge-frozen.
分辨率 3.50 Å
9AYF Structure of human calcium-sensing receptor in complex with Gi1 (miniGi1) protein in detergent 提交 2024-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Q 1–903（903 aa）
链 R 1–903（903 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 8 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 AV0 Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was blotted for 6s before plunge-frozen.
分辨率 3.60 Å
9C1P Structure of Calcium-Sensing Receptor in complex with positive allosteric modulator '6218 提交 2024-05-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–894（876 aa）
链 B 19–894（876 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 A1ATP (5R)-N-[2-(1,2-benzothiazol-3-yl)ethyl]-1-methyl-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1-benzazepin-5-amine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9C2F Structure of Calcium-Sensing Receptor in complex with positive allosteric modulator '54149 提交 2024-05-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–894（876 aa）
链 B 19–894（876 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 A1ATX (1R)-1-(2H-1,3-benzodioxol-4-yl)-N-[2-(1,2-benzothiazol-3-yl)ethyl]ethan-1-amine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9J7I Cryo-EM Structure of calcium sensing receptor in complex gamma-glutamyl-valyl-glycine as a kokumi substance 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–894（876 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9J7I Cryo-EM Structure of calcium sensing receptor in complex gamma-glutamyl-valyl-glycine as a kokumi substance 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–894（876 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9J7I Cryo-EM Structure of calcium sensing receptor in complex gamma-glutamyl-valyl-glycine as a kokumi substance 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–894（876 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å

共 27 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CASR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–851； UniProt 20–870 作者链 B； PDB构建体 1–851； UniProt 20–870

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7e6t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7e6t
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7e6t
沉积日期 deposition_date2021-02-24
结构标题 titleStructural insights into the activation of human calcium-sensing receptor
关键词 keywords;G-protein-coupled receptor (GPCR); Calcium-sensing receptor (CaSR); cryo-electron microscopy (cryo-EM); calcium ions; nanobody, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.40 Å
零角强度 I(0) i0435772000.00
分子量 molecular_weight180800.0 kDa
排除体积 excluded_volume228930 ų
包络体积 envelope_volume349260 ų
水化壳体积 shell_volume55955 ų
包络直径 envelope_diameter179.3 Å
壳层 Rg shell_rg50.91 Å
包络 Rg envelope_rg56.03 Å
形状 Rg shape_rg56.39 Å
总 Rg total_rg56.23 Å
总原子数 total_atoms12741
残基数 n_residues1589
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.6 Å
Rg (实空间) rg_real54.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal434900000.0000
解质量估计 total_estimate0.4807
解质量评级 solution_quality SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.5 Å
偏度 Skewness skewness0.570
峰度 Kurtosis kurtosis-0.708
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha44470000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.506; Stabil: 0.996; Sysdev: 0.017; Positv: 1.000; Valcen: 0.687; Smooth: 0.001
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)