SAXSdb — 7egt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UvrABC system protein B

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–408	未记录	DNA helicase UvrD × 1 （O24736）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 6.1, 15 % w/v Polyethylene glycol 1500	分辨率 2.58 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–408	未记录	DNA helicase UvrD × 1 （O24736）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 6.1, 15 % w/v Polyethylene glycol 1500	分辨率 2.58 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7EGT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C4O CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR ENZYME UVRB FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1999-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–665（664 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；4 MICROLITERS PROTEIN (14 MG/ML IN 50 MM TRIS/CL, 1 MM EDTA, 5 MM DTT, 10% (V/ V) GLYCEROL, PH 7.5) WERE MIXED WITH 4 MICROLITERS RESERVOIR SOLUTION (1.7-1.9 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, 0.5% (W/V) BETA-OCTYLGLUCOSIDE, PH 6.0) AND EQUILIBRATED AGAINST 1 ML OF RESERVOIR SOLUTION AT 293 K., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.50 Å R-free 0.266
1D2M UVRB PROTEIN OF THERMUS THERMOPHILUS HB8; A NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR ENZYME 提交 1999-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–665（665 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；lithium sulfate, B-octylgulucoside, glycerol, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.253

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UVRB_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–411； UniProt 1–408 作者链 C； PDB构建体 4–411； UniProt 1–408

DNA helicase UvrD

Thermus thermophilus

UniProt O24736

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 637–692	未记录	UvrABC system protein B × 1 （Q56243）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 6.1, 15 % w/v Polyethylene glycol 1500	分辨率 2.58 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 637–692	未记录	UvrABC system protein B × 1 （Q56243）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 6.1, 15 % w/v Polyethylene glycol 1500	分辨率 2.58 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O24736_THETH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–59； UniProt 637–692 作者链 D； PDB构建体 4–59； UniProt 637–692

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7egt
沉积日期 deposition_date	2021-03-26
结构标题 title	The crystal structure of the C-terminal domain of T. thermophilus UvrD complexed with the N-terminal domain of UvrB
关键词 keywords	TCR, Thermus thermophilus, RNA polymerase, UvrD, UvrB, DNA repair, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.14 Å
零角强度 I(0) i0	151159000.00
分子量 molecular_weight	102110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129160 Å³
包络体积 envelope_volume	165620 Å³
水化壳体积 shell_volume	40419 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.27 Å
包络 Rg envelope_rg	34.84 Å
形状 Rg shape_rg	35.15 Å
总 Rg total_rg	35.48 Å
总原子数 total_atoms	7234
残基数 n_residues	912
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.6 Å
Rg (实空间) rg_real	35.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	151200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8823
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	116.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.382
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.334
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.853

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UvrABC system protein B
分子量 formula_weight	47175.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7297

AMDMTFRYRGPSPKGDQPKAIAGLVEALRDGERFVTLLGATGTGKTVTMAKVIEALGRPALVLAPNKILAAQLAAEFRELFPENAVEYFISYYDYYQPEAYVPGKDLYIEKDASINPEIERLRHSTTRSLLTRRDVIVVASVSAIYGLGDPREYRARNLVVERGKPYPREVLLERLLELGYQRNDIDLSPGRFRAKGEVLEIFPAYETEPIRVELFGDEVERISQVHPVTGERLRELPGFVLFPATHYLSPEGLEEILKEIEKELWERVRYFEERGEVLYAQRLKERTLYDLEMLRVMGTCPGVENYARYFTGKAPGEPPYTLLDYFPEDFLVFLDESHVTVPQLQGMYRGDYARKKTLVDYGFRLPSALDNRPLRFEEFLERVSQVVFVSATPGPFELAHSGRVVEQIIR

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA helicase UvrD
分子量 formula_weight	6420.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

AMDPPHRPRPGAFRGGERVVHPRFGPGTVVAAQGDEVTVHFEGFGLKRLSLKYAELKPA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.332 Å
晶胞边长 b length_b	114.606 Å
晶胞边长 c length_c	125.448 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.581 Å
最低分辨率 resolution_low	46.166 Å
R 因子 r_factor	0.2166
R_work r_work	0.2149
R_free r_free	0.2493

fit	/app/data/saxs_computation/eg/7egt/7egt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/7egt/7egt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/7egt/7egt.dat

The crystal structure of the C-terminal domain of T. thermophilus UvrD complexed with the N-terminal domain of UvrB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UvrABC system protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA helicase UvrD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)