SAXSdb — 7em8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–416 链 B； UniProt 31–416	突变：T201M	CX0 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 CXC [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate	分辨率 3.05 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7EM8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BO1 PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE KINASE TYPE II BETA 提交 1998-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）链 B 1–416（416 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；100MM SODIUM CITRATE PH5.6 200MM MAGNESIUM ACETATE 100MM LITHIUM ACETATE 16% PEG (4000)	分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3WZZ Crystal structure of PIP4KIIBETA 提交 2014-10-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE CONTAININ, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3X01 Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with AMP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE CONTAINING 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.279
3X02 Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with GMP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE CONTAINING 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.255
3X03 Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with AMPPNP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
3X04 Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with GMPPNP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3X05 Crystal structure of PIP4KIIBETA T201M complex with AMP 提交 2014-10-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	突变：T201M 突变：T201M	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.273
3X06 Crystal structure of PIP4KIIBETA T201M complex with GMP 提交 2014-10-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	突变：T201M 突变：T201M	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.261
3X07 Crystal structure of PIP4KIIBETA N203A complex with AMP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	突变：N203A 突变：N203A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
3X08 Crystal structure of PIP4KIIBETA N203A complex with GMP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	突变：N203A 突变：N203A	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.75 Å R-free 0.267
3X09 Crystal structure of PIP4KIIBETA F205L complex with AMP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	突变：F205L 突变：F205L	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
3X0A Crystal structure of PIP4KIIBETA F205L complex with GMP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	突变：F205L 突变：F205L	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3X0B Crystal structure of PIP4KIIBETA I368A complex with AMP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	突变：I368A 突变：I368A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.282
3X0C Crystal structure of PIP4KIIBETA I368A complex with GMP 提交 2014-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416 链 B 31–416（386 aa）片段：UNP RESIDUES 31-416	突变：I368A 突变：I368A	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.55 Å R-free 0.268
6K4G Crystal structure of the PI5P4Kbeta-GMPPNP complex 提交 2019-05-23	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
6K4H Crystal structure of the PI5P4Kbeta-AMPPNP complex 提交 2019-05-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate	分辨率 2.55 Å R-free 0.282
7EM1 Crystal structure of the PI5P4Kbeta-ITP complex 提交 2021-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	未记录	IDP INOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CZU [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate	分辨率 2.65 Å R-free 0.266
7EM2 Crystal structure of the PI5P4Kbeta-XTP complex 提交 2021-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	未记录	CZC [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 2 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
7EM3 Crystal structure of the PI5P4Kbeta-2a-ATP complex 提交 2021-04-13	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	未记录	CX0 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 CXC [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate	分辨率 3.10 Å R-free 0.256
7EM4 Crystal structure of the PI5P4Kbeta F205L-ITP complex 提交 2021-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	突变：F205L 突变：F205L	IDP INOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CZU [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
7EM5 Crystal structure of the PI5P4Kbeta F205L-XTP complex 提交 2021-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	突变：F205L 突变：F205L	CZC [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 2 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
7EM6 Crystal structure of the PI5P4Kbeta N203D-ITP complex 提交 2021-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	突变：N203D 突变：N203D	IDP INOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CZU [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate	分辨率 2.95 Å R-free 0.268
7EM7 Crystal structure of the PI5P4Kbeta N203D-XTP complex 提交 2021-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–416（386 aa）链 B 31–416（386 aa）	未记录	CZC [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9%(W/V) PEG4000, 0.1 M Sodium Citrate pH 6.0, 0.1 M Magnesium Acetate, 0.1 M Lithium Acetate	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
7N80 Crystal Structure of PI5P4KIIBeta 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–416（385 aa）链 B 32–416（385 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
7N81 Crystal Structure of PI5P4KIIBeta complex with CC260 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–416（385 aa）链 B 32–416（385 aa）	未记录	HKP (7R)-8-cyclopentyl-7-(cyclopentylmethyl)-2-[(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)amino]-5-methyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M Sodium bromide, 0.02 M Cadmium chloride, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.281

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PI42B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–393； UniProt 31–416 作者链 B； PDB构建体 8–393； UniProt 31–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7em8
沉积日期 deposition_date	2021-04-13
结构标题 title	Crystal structure of the PI5P4Kbeta T201M-2a-ATP complex
关键词 keywords	Lipid Kinase, Phosphoinositide signaling, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.03 Å
零角强度 I(0) i0	71807800.00
分子量 molecular_weight	66131.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82044 Å³
包络体积 envelope_volume	110870 Å³
水化壳体积 shell_volume	30666 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.48 Å
包络 Rg envelope_rg	32.68 Å
形状 Rg shape_rg	32.10 Å
总 Rg total_rg	32.20 Å
总原子数 total_atoms	4665
残基数 n_residues	617
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	71800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.581
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.371
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.599; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.639; Smooth: 0.845

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
分子量 formula_weight	44959.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.149
突变 mutation	T201M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4665

GPNCAPGQKVKLFRASEPILSVLMWGVNHTINELSNVPVPVMLMPDDFKAYSKIKVDNHLFNKENLPSRFKFKEYCPMVFRNLRERFGIDDQDYQNSVTRSAPINSDSQGRCGTRFLTTYDRRFVIKTVSSEDVAEMHNILKKYHQFIVECHGNTLLPQFLGMYRLTVDGVETYMVVMRNVFSHRLTVHRKYDLKGSTVAREASDKEKAKDLPTFKDNDFLNEGQKLHVGEESKKNFLEKLKRDVEFLAQLKIMDYSLLVGIHDVDRAEQEEMEVEERAEDEECENDGVGGNLLCSYGTPPDSPGNLLSFPRFFGPGEFDPSVDVYAMKSHESSPKKEVYFMAIIDILTPYDTKKKAAHAAKTVKHGAGAEISTVNPEQYSKRFNEFMSNILT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	442.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7em8A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta

结构域编号 domain_id	7em8B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.487 Å
晶胞边长 b length_b	184.854 Å
晶胞边长 c length_c	106.735 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	46.220 Å
R 因子 r_factor	0.2124
R_work r_work	0.2092
R_free r_free	0.2747

fit	/app/data/saxs_computation/em/7em8/7em8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/em/7em8/7em8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/em/7em8/7em8.dat

Crystal structure of the PI5P4Kbeta T201M-2a-ATP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction