SAXSdb — 7eob

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinesin-like protein KIF1A

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–382	突变：E239K	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, Ammonium acetate, Bis-Tris	分辨率 1.76 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7EOB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I5S CRYSTAL STRUCTURE OF THE KIF1A MOTOR DOMAIN COMPLEXED WITH MG-ADP 提交 2001-02-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：MOTOR DOMAIN	突变：P202A	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；30% PEG4000, 100mM Tris-HCl pH 8.5, 200mM sodium acetate, 8% (w/v) sucrose, 4mM MgCl2, 10mM ADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
1I6I CRYSTAL STRUCTURE OF THE KIF1A MOTOR DOMAIN COMPLEXED WITH MG-AMPPCP 提交 2001-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：MOTOR DOMAIN	突变：P202A	MG MAGNESIUM ION × 1 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；27% PEG4000, 100MM MES-NAOH PH 6.5, 200MM SODIUM ACETATE. 20MM AMPPCP AND 40MM MGCL2 WERE ADDED 24 HOURS BEFORE COLLECTING X-RAY DATA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1IA0 KIF1A HEAD-MICROTUBULE COMPLEX STRUCTURE IN ATP-FORM 提交 2001-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 3–355（353 aa）片段：MOTOR DOMAIN	突变：P202A	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TXL TAXOTERE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 buf1；pH 7.4；IMIDAZOLE 50 MM, MG-ACETATE 5 MM, EGTA 1 MM, K-ACETATE 50 MM, DTT 10 MM, PACLITAXEL 10 MICRO M cryo-EM玻璃化条件 PLUNGED INTO ETHANE X-ray结晶条件 polymerization of the microtubule；pH 6.8；296 K；pH 6.8, polymerization of the microtubule, temperature 296K	分辨率 15.00 Å
1VFV Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain Complexed With Mg-AMPPNP 提交 2004-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：Motor Domain OF Kinesin-like protein KIF1A and RESIDUES 329-334 OF Kinesin heavy chain isoform 5C	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；297 K；PEG4000, Sodium acetate, Tris-HCl, Xylitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.245
1VFW Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain Complexed With Mg-AMPPNP 提交 2004-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：Motor Domain OF Kinesin-like protein KIF1A and RESIDUES 329-334 OF Kinesin heavy chain isoform 5C	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；297 K；PEG4000, SODIUM ACETATE, Tris-HCl, Xylitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
1VFX Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain Complexed With ADP-Mg-AlFx 提交 2004-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：Motor Domain OF Kinesin-like protein KIF1A and RESIDUES 329-334 OF Kinesin heavy chain isoform 5C	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；297 K；PEG4000, Sodium acetate, Tris-HCl, Xylitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K	分辨率 2.55 Å R-free 0.294
1VFZ Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain Complexed With ADP-Mg-VO4 提交 2004-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：Motor Domain OF Kinesin-like protein KIF1A and RESIDUES 329-334 OF Kinesin heavy chain isoform 5C	未记录	VO4 VANADATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；297 K；PEG4000, Sodium acetate, Tris-HCl, Xylitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K	分辨率 2.24 Å R-free 0.249
2HXF KIF1A head-microtubule complex structure in amppnp-form 提交 2006-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–355（355 aa）片段：KIF1A HEAD DOMAIN	突变：P202A	MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 IMIDAZOLE；pH 7.4；IMIDAZOLE cryo-EM玻璃化条件 Ethan slash	分辨率 10.00 Å
2HXH KIF1A head-microtubule complex structure in adp-form 提交 2006-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–355（355 aa）片段：KIF1A head domain	突变：P202A	MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 imidazole；pH 7.4；imidazole cryo-EM玻璃化条件 Ethan slash	分辨率 11.00 Å
2ZFI Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain Before Mg Release 提交 2008-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：KIF1A (residues 1-355), KIF5C (residues 329-334)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
2ZFJ Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain during Mg release: Mg-releasing Transition-1 提交 2008-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：KIF1A (residues 1-355), KIF5C (residues 329-334)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.20 Å R-free 0.298
2ZFK Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain during Mg release: Mg-releasing Transition-2 提交 2008-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：KIF1A (residues 1-355), KIF5C (residues 329-334)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.61 Å R-free 0.349
2ZFL Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain during Mg release: Mg-releasing Transition-3 提交 2008-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：KIF1A (residues 1-355), KIF5C (residues 329-334)	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.325
2ZFM Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain After Mg Release 提交 2008-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–355（355 aa）片段：KIF1A (residues 1-355), KIF5C (residues 329-334)	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.31 Å R-free 0.256
7EO9 Crystal structure of KIF1A Motor-Neck domain with ADP-Mg-AlFx 提交 2021-04-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–382（382 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, Ammonium acetate, Bis-Tris	分辨率 2.57 Å R-free 0.239

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KIF1A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–382； UniProt 1–382

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7eob
沉积日期 deposition_date	2021-04-21
结构标题 title	Crystal structure of KIF1A Motor-Neck domain E239K mutant with ADP-Mg-AlFx
关键词 keywords	kinesin, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.09 Å
零角强度 I(0) i0	29387800.00
分子量 molecular_weight	39580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48743 Å³
包络体积 envelope_volume	59879 Å³
水化壳体积 shell_volume	23398 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.17 Å
包络 Rg envelope_rg	22.93 Å
形状 Rg shape_rg	22.10 Å
总 Rg total_rg	22.80 Å
总原子数 total_atoms	2769
残基数 n_residues	349
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7793
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.638
峰度 Kurtosis kurtosis	0.474
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5683000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.436; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.839; Smooth: 0.979

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinesin-like protein KIF1A
分子量 formula_weight	43972.5 kDa
突变 mutation	E239K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2876

MAGASVKVAVRVRPFNSREMSRDSKCIIQMSGSTTTIVNPKQPKETPKSFSFDYSYWSHTSPEDINYASQKQVYRDIGEEMLQHAFEGYNVCIFAYGQTGAGKSYTMMGKQEKDQQGIIPQLCEDLFSRINDTTNDNMSYSVEVSYMEIYCERVRDLLNPKNKGNLRVREHPLLGPYVEDLSKLAVTSYNDIQDLMDSGNKPRTVAATNMNETSSRSHAVFNIIFTQKRHDAETNITTKKVSKISLVDLAGSERADSTGAKGTRLKEGANINKSLTTLGKVISALAEMDSGPNKNKKKKKTDFIPYRDSVLTWLLRENLGGNSRTAMVAALSPADINYDETLSTLRYADRAKQIRCNAIINEDPNNKLIRELKDEVTRLRDLHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	107

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7eobA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	850 — Kinesin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Kinesin motor domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.655 Å
晶胞边长 b length_b	57.249 Å
晶胞边长 c length_c	155.041 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.760 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2400

fit	/app/data/saxs_computation/eo/7eob/7eob.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eo/7eob/7eob.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eo/7eob/7eob.dat

Crystal structure of KIF1A Motor-Neck domain E239K mutant with ADP-Mg-AlFx

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinesin-like protein KIF1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction