7f0r

Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa SutA transcription activation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

UniProt O52760

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q51561) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9HWC9) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q9HTM1) Transcriptional factor SutA × 1 (Q9HTR9) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P45684) DNA (70-MER) × 1 DNA (70-MER) × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_PSEAE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–345; UniProt 1–333 作者链 B; PDB构建体 13–345; UniProt 1–333

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

UniProt Q51561

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (O52760) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9HWC9) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q9HTM1) Transcriptional factor SutA × 1 (Q9HTR9) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P45684) DNA (70-MER) × 1 DNA (70-MER) × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOB_PSEAE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–1359; UniProt 1–1357

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

UniProt Q9HWC9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (O52760) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q51561) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q9HTM1) Transcriptional factor SutA × 1 (Q9HTR9) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P45684) DNA (70-MER) × 1 DNA (70-MER) × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOC_PSEAE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 3–1400; UniProt 2–1399

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

UniProt Q9HTM1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (O52760) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q51561) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9HWC9) Transcriptional factor SutA × 1 (Q9HTR9) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P45684) DNA (70-MER) × 1 DNA (70-MER) × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOZ_PSEAE
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–88; UniProt 1–88

Transcriptional factor SutA

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

UniProt Q9HTR9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (O52760) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q51561) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9HWC9) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q9HTM1) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (P45684) DNA (70-MER) × 1 DNA (70-MER) × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 Q9HTR9_PSEAE
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 5–109; UniProt 1–105

RNA polymerase sigma factor RpoS

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

UniProt P45684

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (O52760) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q51561) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9HWC9) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (Q9HTM1) Transcriptional factor SutA × 1 (Q9HTR9) DNA (70-MER) × 1 DNA (70-MER) × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOS_PSEAE
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–334; UniProt 1–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7f0r
沉积日期 deposition_date2021-06-06
结构标题 titleCryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa SutA transcription activation complex
关键词 keywords;transcription initiation, Pseudomonas aeruginosa, SutA, transcription activation, sigmaS, RNA polymerase, RNAP beta lobe, TRANSLATION, TRANSCRIPTION-DNA complex ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7f0r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7f0r__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

7f0r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)48.70 Å
Rg(电子密度)47.54 Å
总 Rg47.78 Å
原子数25722
残基数3544
排除体积448160 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7f0r__assembly_1__model_1 nonameric (9) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

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7. 引用文献 (1)