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7fbc

De novo design protein D22 with MBP tag

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein,De novo design protein D22

synthetic construct

UniProt A0A4P1LXE0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 3–371 突变：D84A,K85A,E174A,N175A,K241A,E361A,K364A,D365A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.24；289 K；50% v/v PEG 500 MME, 0.1M Sodium HEPES, pH 7.24 分辨率 1.85 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7FBC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–360（358 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–360（358 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–360（358 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–360（358 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.240
7FBB De novo design protein D12 with MBP tag 提交 2021-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 6–372（367 aa）
突变：D84A, K85A, E174A, N175A, K241A, E361A, K364A, D365A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；25% PEG 3350, 0.1M Sodium Acetate
分辨率 2.31 Å R-free 0.264
7FBB De novo design protein D12 with MBP tag 提交 2021-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 6–372（367 aa）
突变：D84A, K85A, E174A, N175A, K241A, E361A, K364A, D365A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；25% PEG 3350, 0.1M Sodium Acetate
分辨率 2.31 Å R-free 0.264
7FBD De novo design protein D53 with MBP tag 提交 2021-07-09 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–371（369 aa）
突变：D84A,K85A,E174A,N175A,K241A,E361A,K364A,D365A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2.2M Sodium malonate pH 7.0
分辨率 2.85 Å R-free 0.277
7FBD De novo design protein D53 with MBP tag 提交 2021-07-09 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–371（369 aa）
突变：D84A,K85A,E174A,N175A,K241A,E361A,K364A,D365A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2.2M Sodium malonate pH 7.0
分辨率 2.85 Å R-free 0.277
7KD4 Structure of the C-terminal domain of the Menangle virus phosphoprotein (residues 329 -388), fused to MBP. Space group P21. 提交 2020-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–372（370 aa）
突变：C352S SO4 SULFATE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；1.65 M Ammonium sulphate, 0.2M Malic acid/KOH pH 5.5, Crystals were transferred into the following cryo-protective solution before vitrification: 1.65 M Ammonium sulphate, 0.2M Malic acid/KOH pH 5.5, 5mM Maltose, 1 M Lithium sulfate
分辨率 1.31 Å R-free 0.196
7KD4 Structure of the C-terminal domain of the Menangle virus phosphoprotein (residues 329 -388), fused to MBP. Space group P21. 提交 2020-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–372（370 aa）
突变：C352S SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；1.65 M Ammonium sulphate, 0.2M Malic acid/KOH pH 5.5, Crystals were transferred into the following cryo-protective solution before vitrification: 1.65 M Ammonium sulphate, 0.2M Malic acid/KOH pH 5.5, 5mM Maltose, 1 M Lithium sulfate
分辨率 1.31 Å R-free 0.196
7KD5 Structure of the C-terminal domain of the Menangle virus phosphoprotein (residues 329 -388), fused to MBP. Space group P212121 提交 2020-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–372（370 aa）
突变：C352S EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PIN PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) × 3 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；291.15 K；20%(w/v) PEG 5000 mono-methyl ether, 0.2 M Pipes/KOH pH 6.7, 0.1M Proline, Crystals were transferred into the following cryo-protective solution before vitrification: 20%(w/v) PEG 5000 mono-methyl ether, 0.2 M Pipes/KOH pH 6.7, 0.1M Proline, 5mM Maltose, 20%(v/v) Ethylene Glycol
分辨率 1.55 Å R-free 0.189
7VN2 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning ATCACGTGAT 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.42 Å R-free 0.248
7VN2 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning ATCACGTGAT 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.42 Å R-free 0.248
7VN3 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning CACACGTGTG 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–370（368 aa）
链 D 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 1.94 Å R-free 0.231
7VN3 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning CACACGTGTG 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–370（368 aa）
链 B 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 1.94 Å R-free 0.231
7VN4 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning TCCACGTGGA 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–370（368 aa）
链 D 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.245
7VN4 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning TCCACGTGGA 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–370（368 aa）
链 B 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.245
7VN5 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning TTCACGTGAA 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–370（368 aa）
链 D 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10%
分辨率 1.95 Å R-free 0.244
7VN5 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning TTCACGTGAA 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–370（368 aa）
链 B 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10%
分辨率 1.95 Å R-free 0.244
7VN6 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning CGCACGTGCG 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–370（368 aa）
链 D 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.79 Å R-free 0.266
7VN6 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning CGCACGTGCG 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–370（368 aa）
链 B 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.79 Å R-free 0.266
7VN7 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning GACACGTGTC 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–370（368 aa）
链 D 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.11 Å R-free 0.244
7VN7 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning GACACGTGTC 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–370（368 aa）
链 B 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.11 Å R-free 0.244
7VN8 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning GTCACGTGAC 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–370（368 aa）
链 D 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.04 Å R-free 0.240
7VN8 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning GTCACGTGAC 提交 2021-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–370（368 aa）
链 B 3–370（368 aa）
突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A 突变：D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.04 Å R-free 0.240
8DX4 Clostridioides difficile R20291 minor pilin - PilW fused with Maltose Binding Protein 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–372（370 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；Hepes, Cesium Chloride, PEG 3350, n-Octyl-beta-D-glucoside, Sodium Chloride, ethanol
分辨率 2.49 Å R-free 0.218
8DX4 Clostridioides difficile R20291 minor pilin - PilW fused with Maltose Binding Protein 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–372（370 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；Hepes, Cesium Chloride, PEG 3350, n-Octyl-beta-D-glucoside, Sodium Chloride, ethanol
分辨率 2.49 Å R-free 0.218
8DX4 Clostridioides difficile R20291 minor pilin - PilW fused with Maltose Binding Protein 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–372（370 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；Hepes, Cesium Chloride, PEG 3350, n-Octyl-beta-D-glucoside, Sodium Chloride, ethanol
分辨率 2.49 Å R-free 0.218
8DX4 Clostridioides difficile R20291 minor pilin - PilW fused with Maltose Binding Protein 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–372（370 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；Hepes, Cesium Chloride, PEG 3350, n-Octyl-beta-D-glucoside, Sodium Chloride, ethanol
分辨率 2.49 Å R-free 0.218
8G3S MBP-Mcl1 in complex with ligand 11 提交 2023-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–368（367 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 2 YLT (1'S,3aS,5R,16R,17S,19E,21S,21aR)-6'-chloro-21-methoxy-16,17-dimethyl-2,3,3',3a,4',16,17,18,21,21a-decahydro-2'H,6H,8H-15lambda~6~-spiro[10,12-etheno-15lambda~6~-furo[3,2-i][1,4]oxazepino[3,4-f][1,2,7]thiadiazacyclohexadecine-7,1'-naphthalene]-13,15,15(4H,14H)-trione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；285 K；0.17 M Mg Formate, 25.00% (w/v) PEG3350
分辨率 1.40 Å R-free 0.194
8G3T MBP-Mcl1 in complex with ligand 12 提交 2023-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–368（367 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 YLK (1'S,3aS,5R,16R,17S,19Z,21R,21aR)-6'-chloro-20-fluoro-21-methoxy-16,17-dimethyl-2,3,3',3a,4',16,17,18,21,21a-decahydro-2'H,6H,8H-15lambda~6~-spiro[10,12-etheno-15lambda~6~-furo[3,2-i][1,4]oxazepino[3,4-f][1,2,7]thiadiazacyclohexadecine-7,1'-naphthalene]-13,15,15(4H,14H)-trione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；285 K；0.17M Mg Formate, 23.5% (w/v) PEG3350
分辨率 1.83 Å R-free 0.233
8G3U MBP-Mcl1 in complex with ligand 21 提交 2023-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–368（367 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 YKT (1'S,3aS,5R,16R,17S,19Z,21R,21aR)-6'-chloro-20-fluoro-21-{[(5S,9aS)-hexahydropyrazino[2,1-c][1,4]oxazin-8(1H)-yl]methyl}-21-methoxy-16,17-dimethyl-2,3,3',3a,4',16,17,18,21,21a-decahydro-2'H,6H,8H-15lambda~6~-spiro[10,12-(ethanediylidene)-15lambda~6~-furo[3,2-i][1,4]oxazepino[3,4-f][1,2,7]thiadiazacyclohexadecine-7,1'-naphthalene]-13,15,15(4H,14H)-trione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；285 K；0.11 M Mg Formate, 19.0% (w/v) PEG3350
分辨率 1.94 Å R-free 0.238
8G3W MBP-Mcl1 in complex with ligand 28 提交 2023-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–368（367 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 YKX N-[(1'S,3aS,5R,15S,17S,19Z,21R,21aR)-6'-chloro-20-fluoro-21-methoxy-17-methyl-13,15-dioxo-2,3,3',3a,4,4',13,16,17,18,21,21a-dodecahydro-2'H,6H,8H-15lambda~6~-spiro[10,12-(ethanediylidene)-15lambda~6~-furo[3,2-i][1,4]oxazepino[3,4-f][1,2,7]thiadiazacyclohexadecine-7,1'-naphthalen]-15-yl]-3-methoxy-1-methyl-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；285 K；19% (w/v) PEG3350, 0.05 M Mg Formate
分辨率 1.78 Å R-free 0.226
8G3X MBP-Mcl1 in complex with ligand 32 提交 2023-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–368（367 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 YLF N-[(1'S,3aS,5R,15S,17S,19Z,21R,21aR)-6'-chloro-20-fluoro-21-{[(5S,9aS)-hexahydropyrazino[2,1-c][1,4]oxazin-8(1H)-yl]methyl}-21-methoxy-17-methyl-13,15-dioxo-2,3,3',3a,4,4',13,16,17,18,21,21a-dodecahydro-2'H,6H,8H-15lambda~6~-spiro[10,12-(ethanediylidene)-15lambda~6~-furo[3,2-i][1,4]oxazepino[3,4-f][1,2,7]thiadiazacyclohexadecine-7,1'-naphthalen]-15-yl]-3-methoxy-1-methyl-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；285 K；20.5% (w/v) PEG3350, 0.11M Mg formate
分辨率 1.46 Å R-free 0.206
8G3Y MBP-Mcl1 in complex with ligand 34 提交 2023-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–368（367 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 YKL N-[(1'S,3aS,5R,15S,17S,19Z,21S,21aR)-6'-chloro-20-fluoro-21-{[(5S,9aS)-hexahydropyrazino[2,1-c][1,4]oxazin-8(1H)-yl]methyl}-21-methoxy-17-methyl-13,15-dioxo-2,3,3',3a,4,4',13,16,17,18,21,21a-dodecahydro-2'H,6H,8H-15lambda~6~-spiro[10,12-(ethanediylidene)-15lambda~6~-furo[3,2-i][1,4]oxazepino[3,4-f][1,2,7]thiadiazacyclohexadecine-7,1'-naphthalen]-15-yl]-3-methoxy-1-methyl-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；285 K；25% (w/v) PEG3350, 0.11M Mg formate
分辨率 1.70 Å R-free 0.216
8R2O Huntingtin-Q17, 1-66, N-MBP fusion 提交 2023-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–372（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；0.8 M KH2PO4, 0.8 M NaH2PO4, and 0.1 M TRIS/HCl pH 8.25
分辨率 3.23 Å R-free 0.238
8R2O Huntingtin-Q17, 1-66, N-MBP fusion 提交 2023-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–372（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.25；293 K；0.8 M KH2PO4, 0.8 M NaH2PO4, and 0.1 M TRIS/HCl pH 8.25
分辨率 3.23 Å R-free 0.238
8R3E Huntingtin, 1-17, MBP-N 提交 2023-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 3–372（370 aa）
链 B 3–372（370 aa）
链 C 3–372（370 aa）
链 D 3–372（370 aa）
链 E 3–372（370 aa）
链 F 3–372（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20% (w/v) PEG 6K, 0.24 M Na2 malonate, 10mM ZnCl2 and 0.1 M MES-NaOH, pH6.0
分辨率 2.91 Å R-free 0.329
8ZLW Crystal Structure of RDGC IQ motif/dCaM Complex 提交 2024-05-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 3–371（369 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2 % v/v Tacsimate pH 4.0, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 16 % w/v PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.254
9GRY Cryo-EM structure of human SLC35B1-Q113F variant with AMP-PNP 提交 2024-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–370（369 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GS3 Cryo-EM structure of human SLC35B1-E33A variant with ADP in inward facing conformation 提交 2024-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–370（369 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9I20 Cryo-EM structure of human SLC35B1 with ADP 提交 2025-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–370（369 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
9M73 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with double-stranded DNA contaning CACATATGTG 提交 2025-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–371（369 aa）
链 D 3–371（369 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.31 Å R-free 0.245
9M73 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with double-stranded DNA contaning CACATATGTG 提交 2025-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–371（369 aa）
链 B 3–371（369 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.31 Å R-free 0.245
9M74 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with double-stranded DNA contaning CACAGCTGTG 提交 2025-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 3–371（369 aa）
链 D 3–371（369 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.23 Å R-free 0.244
9M74 Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with double-stranded DNA contaning CACAGCTGTG 提交 2025-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–371（369 aa）
链 B 3–371（369 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000
分辨率 2.23 Å R-free 0.244
9PW7 Myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) complexed with compound 13 提交 2025-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–368（367 aa）
未记录 A1CL6 (2S,4R,5S,12P,23R)-11-chloro-7-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-27,28-dimethoxy-4,15-dimethyl-32-oxo-19-oxa-2,5,15,16,23-pentaazaheptacyclo[21.6.1.1~2,6~.1~5,8~.0~12,31~.0~13,17~.0~26,30~]dotriaconta-1(30),6,8(31),9,11,13,16,24,26,28-decaene-24-carboxylic acid (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；25-30% PEG3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5, 0.2 M MgCl2
分辨率 1.95 Å R-free 0.223

共 28 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A4P1LXE0_SERSF
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–369； UniProt 3–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7fbc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7fbc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7fbc
沉积日期 deposition_date2021-07-09
结构标题 titleDe novo design protein D22 with MBP tag
关键词 keywordsDE NOVO PROTEIN, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.05 Å
零角强度 I(0) i038764100.00
分子量 molecular_weight49487.0 kDa
排除体积 excluded_volume62504 ų
包络体积 envelope_volume76783 ų
水化壳体积 shell_volume26057 ų
包络直径 envelope_diameter83.4 Å
壳层 Rg shell_rg31.76 Å
包络 Rg envelope_rg25.06 Å
形状 Rg shape_rg25.02 Å
总 Rg total_rg25.93 Å
总原子数 total_atoms3496
残基数 n_residues461
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.5 Å
Rg (实空间) rg_real26.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38760000.0000
解质量估计 total_estimate0.9083
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.7 Å
偏度 Skewness skewness0.252
峰度 Kurtosis kurtosis-0.555
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6125000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.900
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7fbcA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)