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7ga8

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1198158918

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

Homo sapiens

UniProt Q9GZQ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–120 突变：TruncationafterGly120 K4R 1H-indazole-3-carbonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7 分辨率 1.87 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7GA8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1V49 Solution structure of microtubule-associated protein light chain-3 提交 2003-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–119（120 aa） 片段：residues 1-120
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）230；压力 1
NMR样品组成 0.8mM protein U-15N, 13C; 25mM phosphate buffer NA; 100mM NACL; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8mM protein U-15N, 13C; 25mM phosphate buffer NA; 100mM NACL; 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LUE LC3B OPTN-LIR Ptot complex structure 提交 2012-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 5–119（115 aa） 片段：UNP RESIDUES 5-119
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] entity_1-1, 4.9 mM entity_2-2, 70 mM sodium phosphate-3, 30 mM sodium chloride-4, 0.3 mM DSS-5, 5 mM Protease inhibitors cocktail-6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 2.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] entity_1-7, 0.4 mM entity_2-8, 70 mM sodium phosphate-9, 30 mM sodium chloride-10, 0.3 mM DSS-11, 5 mM Protease inhibitors cocktail-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2N9X LC3 FUNDC1 complex structure 提交 2015-12-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–120（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 0.9 mM [U-13C; U-15N] entity_1-1, 1.8 mM entity_2-2, 100 mM sodium chloride-3, 25 mM sodium phosphate-4, 10 % [U-2H] D2O-5, 1 % DSS-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2ZJD Crystal Structure of LC3-p62 complex 提交 2008-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.56 Å R-free 0.238
2ZJD Crystal Structure of LC3-p62 complex 提交 2008-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.56 Å R-free 0.238
2ZJD Crystal Structure of LC3-p62 complex 提交 2008-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.56 Å R-free 0.238
2ZJD Crystal Structure of LC3-p62 complex 提交 2008-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.56 Å R-free 0.238
3VTU Crystal structure of human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-119
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Tri-sodium citrate, 0.2M Potassium sodium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.231
3VTV Crystal structure of Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa） 片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119
突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 10% PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.252
3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa） 片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119
突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.52 Å R-free 0.280
3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–119（118 aa） 片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119
突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.52 Å R-free 0.280
3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2–119（118 aa） 片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119
突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.52 Å R-free 0.280
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa） 片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–119（118 aa） 片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2–119（118 aa） 片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 2–119（118 aa） 片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3X0W Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2014-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M Acetate, pH 5.0, 1.4M Ammonium Sulfate, 0.1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.71 Å R-free 0.294
3X0W Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2014-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–119（118 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M Acetate, pH 5.0, 1.4M Ammonium Sulfate, 0.1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.71 Å R-free 0.294
4WAA Crystal structure of Nix LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2014-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：Monomeric
链 A 2–119（118 aa） 片段：UNP residues 2-119
链 B 2–119（118 aa） 片段：UNP residues 2-119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；300 K；20% PEG3350, 8% Tacsimate pH 4
分辨率 2.35 Å R-free 0.273
5D94 Crystal structure of LC3-LIR peptide complex 提交 2015-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Potassium thiocyanate, 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
分辨率 1.53 Å R-free 0.215
5DCN Crystal structure of LC3 in complex with TECPR2 LIR 提交 2015-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa） 片段：UNP residues 2-119
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8M Lithium sulphate, 0.01M Magnesium chloride, 0.05M MES monohydrate, pH5.6
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
5GMV LC3B-FUNDC1 complex 提交 2016-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1mM sodium cacodylate (pH 6.0)
分辨率 2.25 Å R-free 0.272
5GMV LC3B-FUNDC1 complex 提交 2016-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1mM sodium cacodylate (pH 6.0)
分辨率 2.25 Å R-free 0.272
5MS2 Crystal structure of the Legionella pneumophila effector protein RavZ in complex with human LC3B 提交 2016-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–119（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；0.17 M ammonium acetate, 0.085M tri sodium citrate, 25.5% PEG 4000 and 15% glycerol
分辨率 2.47 Å R-free 0.238
5MS5 Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 1.53 Å R-free 0.242
5MS5 Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–119（118 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 1.53 Å R-free 0.242
5MS6 High-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M sodium acetate and 3 M NaCl
分辨率 1.90 Å R-free 0.261
5MS6 High-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–119（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M sodium acetate and 3 M NaCl
分辨率 1.90 Å R-free 0.261
5V4K Crystal structure of NEDD4 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2017-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–119（118 aa） 片段：UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119
链 B 2–119（118 aa） 片段：UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119
未记录 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1M Sodium Acetate pH 5.0, 1.2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
5W9A The structure of the Trim5alpha Bbox- coiled coil in complex LC3B 提交 2017-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 4–117（114 aa） 片段：UNP residues 2-119
链 D 4–117（114 aa） 片段：UNP residues 2-119
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.2 M NH4Cl, 0.1 M Tris pH8, 20% PEG 6,000
分辨率 2.74 Å R-free 0.274
5XAC CLIR - LC3B 提交 2017-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–120（119 aa）
链 B 2–120（119 aa）
链 C 2–120（119 aa）
链 D 2–120（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3,350, 0.1M HEPES pH 7.5, 200mM NaCl.
分辨率 1.70 Å R-free 0.245
5XAD NLIR - LC3B fusion protein 提交 2017-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–120（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；1.0 M Ammonium sulfate, 100mM CHES/NaOH pH 9.5, 200mM NaCl.
分辨率 1.88 Å R-free 0.253
5XAD NLIR - LC3B fusion protein 提交 2017-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–120（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；1.0 M Ammonium sulfate, 100mM CHES/NaOH pH 9.5, 200mM NaCl.
分辨率 1.88 Å R-free 0.253
5XAE mutNLIR_LC3B 提交 2017-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–120（119 aa）
链 B 2–120（119 aa）
链 C 2–120（119 aa）
链 D 2–120（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Pentaerythritol propoxylate, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M Potassium chloride.
分辨率 2.00 Å R-free 0.259
6J04 Crystal structure of full length human LC3B delta G120 mutant (2_125) 提交 2018-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–125（124 aa） 片段：UNP residues 2-125
链 C 2–125（124 aa） 片段：UNP residues 2-125
突变：deletion mutant G120 突变：deletion mutant G120 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M sodium acetate pH4.6, 20% (w/v) PEG4000; 20% (v/v) glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.262
6J04 Crystal structure of full length human LC3B delta G120 mutant (2_125) 提交 2018-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–125（124 aa） 片段：UNP residues 2-125
链 D 2–125（124 aa） 片段：UNP residues 2-125
突变：deletion mutant G120 突变：deletion mutant G120 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M sodium acetate pH4.6, 20% (w/v) PEG4000; 20% (v/v) glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.262
6LAN Structure of CCDC50 and LC3B complex 提交 2019-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–125（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20% w/v PEG 2000 MME
分辨率 1.41 Å R-free 0.219
7ELG LC3B modificated with a covalent probe 提交 2021-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–119（118 aa）
未记录 8Z6 2-methylidene-5-thiophen-2-yl-cyclohexane-1,3-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate
分辨率 1.60 Å R-free 0.231
7GA9 PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1198177230 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 K6U (2M)-2-(2-methoxyphenyl)-1,3,4-oxadiazole × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 2.17 Å R-free 0.246
7GAA PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1198233191 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 K7L (4S)-imidazo[1,2-a]pyrimidine-5,7-diol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 2.03 Å R-free 0.248
7GAB PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1255402624 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 EYK 2-tert-butylbenzene-1,4-diol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 2.23 Å R-free 0.276
7GAC PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1456069604 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 KF8 N-[(3S)-piperidin-3-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.91 Å R-free 0.260
7GAD PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1667545918 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 K8L N-[(1,3-thiazol-5-yl)methyl]acetamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.86 Å R-free 0.258
7GAE PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1688504114 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 GV4 2-cyano-~{N}-(1,3,5-trimethylpyrazol-4-yl)ethanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.92 Å R-free 0.251
7GAF PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z183352334 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 K96 N-{[(2R)-oxolan-2-yl]methyl}morpholine-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.84 Å R-free 0.245
7GAG PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z198195770 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 LJA N-[3-(carbamoylamino)phenyl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.59 Å R-free 0.215
7GAH PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z2033637875 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 LRF N~2~-(4-cyano-3-methyl-1,2-thiazol-5-yl)-N~2~-methylglycinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
7GAI PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z212122838 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 K9N N-[(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)methyl]cyclobutanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.97 Å R-free 0.281
7GAJ PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z285233820 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 KB3 (5M)-5-(2-methoxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.89 Å R-free 0.229
7GAK PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z287121492 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 KA3 N-(cyclopropylmethyl)-4-methoxypiperidine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.77 Å R-free 0.250
7GAL PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z291279160 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 LV4 1-[2-(trifluoromethyloxy)phenyl]thiourea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.91 Å R-free 0.251
7GAM PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z373768900 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 NUA N-(1-ethyl-1H-pyrazol-4-yl)cyclobutanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.75 Å R-free 0.234
7GAN PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z56767614 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 RWP methyl 4-[(trifluoroacetyl)amino]benzoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 2.09 Å R-free 0.256
7GAO PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z57450788 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 RV4 N-{4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.69 Å R-free 0.218
7GAP PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z728939702 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 KCC N-methylquinoxalin-2-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.68 Å R-free 0.244
7GAQ PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z755044716 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 K0J N-ethyl-1H-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 2.14 Å R-free 0.244
7GAR PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z820676436 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 2NU 2-(4-bromanylpyrazol-1-yl)-~{N}-cyclopropyl-~{N}-methyl-ethanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 2.07 Å R-free 0.264
7GAS PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z952016136 提交 2023-08-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 KBU 4-chloro-1H-benzimidazole × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.91 Å R-free 0.276
7GAU PanDDA analysis group deposition of ground-state model of MAP1LC3B 提交 2023-08-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–120（120 aa）
突变：TruncationafterGly120 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.59 Å R-free 0.217
8Q53 Crystal structure of truncated human Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B (MAP1LC3B) in apo form 提交 2023-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–125（125 aa）
突变：Truncation after Gly120 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7
分辨率 1.36 Å R-free 0.210
8Q7K IRGQ LIR2 peptide in complex with LC3B 提交 2023-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；1 M lithium chloride, 0.1 M citrate, 20% PEG 6000
分辨率 1.60 Å R-free 0.213
8Q7K IRGQ LIR2 peptide in complex with LC3B 提交 2023-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–125（125 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；1 M lithium chloride, 0.1 M citrate, 20% PEG 6000
分辨率 1.60 Å R-free 0.213
8YV6 Crystal structure of LC3B in complex with Influenza A virus M2 peptide 提交 2024-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% Jeffamine, 0.1M HEPES, pH 7.0
分辨率 1.75 Å R-free 0.250
9VUY NMR Structure of LC3B in complex with HBx BH3-like motif 提交 2025-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–119（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N] LC3B, 0.5 mM [U-13C; U-15N] HBx BH3-like motif, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.8 mM 1H LC3B, 0.4 mM [U-13, U-15N] HBx BH3-like motif, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-15N] LC3B, 0.5 mM [U-15N] HBx BH3-like motif, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-13, U-15N] LC3B, 0.625 mM 1H HBx BH3-like motif, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供

共 49 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MLP3B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–121； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ga8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ga8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ga8
沉积日期 deposition_date2023-08-10
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1198158918
关键词 keywordsSGC - Diamond I04-1 fragment screening, PanDDA, XChemExplorer, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.15 Å
零角强度 I(0) i03906240.00
分子量 molecular_weight14198.0 kDa
排除体积 excluded_volume17958 ų
包络体积 envelope_volume20430 ų
水化壳体积 shell_volume12350 ų
包络直径 envelope_diameter51.3 Å
壳层 Rg shell_rg19.80 Å
包络 Rg envelope_rg14.42 Å
形状 Rg shape_rg14.13 Å
总 Rg total_rg15.42 Å
总原子数 total_atoms998
残基数 n_residues115
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.6 Å
Rg (实空间) rg_real15.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real3.9060e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3090e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3906000.0000
解质量估计 total_estimate0.6584
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.9 Å
偏度 Skewness skewness0.142
峰度 Kurtosis kurtosis-0.328
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha772200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)