7gqu

Crystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in covalent complex with N-[(E,1S)-1-cyclopropyl-3-methylsulfonylprop-2-enyl]-2-(1,1-difluoroethyl)-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.3 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 517–945	未记录	ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X1L N-[(1S)-1-cyclopropyl-3-(methanesulfonyl)propyl]-2-(1,1-difluoroethyl)-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；5 mg/mL protein in 20mM TRIS/HCl pH7.5, 350mM NaCl, 0.25mM TCEP, 2.5% glycerol mixed 40nL with 180nL reservoir consisting of 20 %v/v Ethylene glycol, 11 %w/v PEG8000, 0.08M MES/NaOH pH6.2, 0.08M imidazole	分辨率 1.54 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7GQU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10AJ Crystal Structure of Human WRN helicase with compound 1 提交 2026-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 518–946（429 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1C4J 4-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)-1-[4-(1H-pyrrol-1-yl)benzene-1-sulfonyl]piperidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；protocol was established using PROTEROS Standard Protocols	分辨率 2.42 Å R-free 0.254
10AK Crystal Structure of Human WRN helicase with compound 4 提交 2026-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 516–946（431 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1C4L N-benzyl-N-[(3R)-1,1-dioxo-1lambda~6~-thiolan-3-yl]-2-[4-(1H-pyrrol-1-yl)phenyl]acetamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；protocol was established using PROTEROS Standard Protocols	分辨率 1.37 Å R-free 0.214
10AP Crystal Structure of Human WRN helicase with compound 26 提交 2026-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–946（447 aa）	未记录	A1C4O (2R)-N-[(3R)-1,1-dioxo-1lambda~6~-thiolan-3-yl]-N-{[2-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-4-yl]methyl}-2-methoxy-2-[(1M)-3,3',4'-trifluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl]acetamide × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；co-crystallization additive 46 [Proplex-E2-B4+29% glycerol]	分辨率 2.58 Å R-free 0.286
2AXL Solution structure of a multifunctional DNA- and protein-binding domain of human Werner syndrome protein 提交 2005-09-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 949–1092（144 aa）片段：The DPBD	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；295.2 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM KPi + 25 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.35 mM in KPi buffer (pH7.4) 25 mM NaCl \| 92.5% H2O/7.5% D2O	分辨率未提供
2DGZ Solution structure of the Helicase and RNase D C-terminal domain in Werner syndrome ATP-dependent helicase 提交 2006-03-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1140–1239（100 aa）片段：Helicase and RNase D C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient NMR样品组成 20mM d-Tris-HCl(pH7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2E1E Crystal structure of the HRDC Domain of Human Werner Syndrome Protein, WRN 提交 2006-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1142–1242（101 aa）片段：HRDC domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
2E1E Crystal structure of the HRDC Domain of Human Werner Syndrome Protein, WRN 提交 2006-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1142–1242（101 aa）片段：HRDC domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
2E1F Crystal structure of the HRDC Domain of Human Werner Syndrome Protein, WRN 提交 2006-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1142–1242（101 aa）片段：HRDC domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2E1F Crystal structure of the HRDC Domain of Human Werner Syndrome Protein, WRN 提交 2006-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1142–1242（101 aa）片段：HRDC domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2FBT WRN exonuclease 提交 2005-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–236（199 aa）片段：Exonculease domain	未记录	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；277 K；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCl, 100mM NaCl, pH7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservoir solution and 1ul EDTA additive. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 4.50	分辨率 2.05 Å R-free 0.241
2FBV WRN exonuclease, Mn complex 提交 2005-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–236（199 aa）片段：Exonuclease domain	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCL, 100mM NaCl, pH7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservior solution and 1ul EDTA additive, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
2FBX WRN exonuclease, Mg complex 提交 2005-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–236（199 aa）片段：Exonuclease domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCL, 100mM NaCl, pH 7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservior solution and 1ul EDTA additive, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2FBY WRN exonuclease, Eu complex 提交 2005-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–236（199 aa）片段：Exonuclease domain	未记录	EU3 EUROPIUM (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCL, 100mM NaCl, pH 7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservior solution and 1ul EDTA additive, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, pH 4.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
2FC0 WRN exonuclease, Mn dGMP complex 提交 2005-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–236（199 aa）片段：Exonuclease domain	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；277 K；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCl, 100mM NaCl, pH 7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservior solution and 1ul EDTA additive, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 4.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
3AAF Structure of WRN RQC domain bound to double-stranded DNA 提交 2009-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 949–1079（131 aa）片段：RecQ C-terminal (RQC) domain 链 B 949–1079（131 aa）片段：RecQ C-terminal (RQC) domain	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；20% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.1M CAPS-NaOH, pH 9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6YHR Crystal structure of Werner syndrome helicase 提交 2020-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–1094（578 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1M Na Acetate, 0.1 M Cacodylate pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
7GQS Crystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in complex with ADP 提交 2023-10-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–945（429 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CD CADMIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；5 mg/mL protein in 20mM TRIS/HCl pH7.5, 350mM NaCl, 0.25mM TCEP, 2.5% glycerol mixed 40nL with 180nL reservoir consisting of 9.091 %w/v Silver Bullets 42, 0.091 M MES monohydrate, 2.727 %v/v Jeffamine T-403, 13.6 %v/v pentaerythritol ethoxylate, 0.182M Potassium acetate pH6	分辨率 1.57 Å R-free 0.218
7GQT Crystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in complex with ATP 提交 2023-10-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–945（429 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；5 mg/mL protein in 20mM TRIS/HCl pH7.5, 350mM NaCl, 0.25mM TCEP, 2.5% glycerol mixed 20nL with 20nL seed solution and 110nL reservoir consisting of 0.2M NaCl, 0.1M Na/K Phosphate, 10%w/v PEG8000	分辨率 2.21 Å R-free 0.263
7XUT Crystal structure of RPA70N-WRN fusion 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 435–451（17 aa）链 B 435–451（17 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；20% PEG3350, 200 mM ammonium sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
8PFL Crystal structure of WRN helicase domain in complex with 3 提交 2023-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–945（429 aa）	突变：E625A, R564A, R785A, R803A, E886A, R942A	ZN ZINC ION × 1 YH8 2-[2-(3,6-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl)-5-ethyl-7-oxidanylidene-6-[4-(3-oxidanylpyridin-2-yl)carbonylpiperazin-1-yl]-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-4-yl]-~{N}-[2-methyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% Jeffamine ED-2001 0.1 M Hepes pH 7	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
8PFO Crystal structure of WRN helicase domain in complex with HRO761 提交 2023-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–945（429 aa）	突变：E625A, R564A, R785A, R803A, E886A, R942A	ZN ZINC ION × 1 YHC ~{N}-[2-chloranyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[2-(3,6-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl)-5-ethyl-6-[4-(6-methyl-5-oxidanyl-pyrimidin-4-yl)carbonylpiperazin-1-yl]-7-oxidanylidene-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-4-yl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25.5 % PEG 4000 0.17 M ammonium sulfate 15 % glycerol	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
8PFP Crystal structure of WRN helicase domain in complex with ATPgammaS 提交 2023-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–945（429 aa）	突变：E625A, R716A, K804A, E886A, R942A	ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % PEG3350 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.238
8YLE Crystal structure of Werner syndrome helicase complexed with AMP-PCP 提交 2024-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–945（429 aa）	未记录	ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；pH 6.5,0.1 M Amino acids,0.1 M Buffer System 1, 30.00% % v/v EDO_P8K	分辨率 1.86 Å R-free 0.214
9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 E 1–1432（1432 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
9MJS Crystal structure of WRN helicase with bound AMPPNP 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；30% Jeffamine ED 2003, 0.2 M NaCl, 0.2 M NDSB-201, 0.1 M MES	分辨率 1.84 Å R-free 0.225
9MJS Crystal structure of WRN helicase with bound AMPPNP 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；30% Jeffamine ED 2003, 0.2 M NaCl, 0.2 M NDSB-201, 0.1 M MES	分辨率 1.84 Å R-free 0.225
9MJT Crystal structure of apo WRN helicase in Form D 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21-27.5% w/v PEG1500, 0.1 M MMT, pH 5.75-6.25	分辨率 1.73 Å R-free 0.259
9MJU Crystal structure of WRN helicase with allosteric fragment 1 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BL1 N-[4-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% v/v PEG6000, 0.1 M HEPES, pH 6.25-6.5	分辨率 1.58 Å R-free 0.243
9MJV Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric fragment 2 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BL2 2-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]-2H-tetrazole-5-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21-27.5% w/v PEG1500, 0.1 M MMT, pH 5.75-6.25	分辨率 2.58 Å R-free 0.288
9MJW Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric fragment 3. 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BL3 6-chloro-7-methyl-1lambda~6~,2,4-benzothiadiazine-1,1,3(2H,4H)-trione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21%-27.5% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M MMT pH 5.75-6.25	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
9MJX Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric fragment 4 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BL4 (4R)-8-amino-2-cyclopropylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxylic acid × 1 A1BL5 5,6-diaminopyridine-3-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21%-27.5% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M MMT pH 5.75-6.25	分辨率 1.73 Å R-free 0.229
9MJY Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric compound 1 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BL0 (3-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}furan-2-yl)acetic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21%-27.5% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M MMT pH 5.75-6.25	分辨率 1.63 Å R-free 0.222
9MJZ Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric compound 3 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BL6 (2-anilino-5-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}-1,3-thiazol-4-yl)acetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21-27.5% w/v PEG1500, 0.1 M MMT, pH 5.75-6.25	分辨率 1.70 Å R-free 0.261
9MK0 Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric compound 5 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BL7 (2-[4-(pyrimidine-4-carbonyl)piperazin-1-yl]-4-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}pyrimidin-5-yl)acetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% w/v PEG6000, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 1.89 Å R-free 0.230
9MK1 Crystal structure of WRN helicase with bound compound 6 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BL8 (2-[(2R)-2-(phenylcarbamoyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]-5-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}-1,3-thiazol-4-yl)acetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；24.5% w/v PEG1500, 0.1 M MMT, pH 6.0	分辨率 2.12 Å R-free 0.267
9OG3 Crystal structure of WRN in complex with compound 4 提交 2025-04-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 526–946（421 aa）	未记录	A1CA4 (3R,4S)-N-[(2R)-3-cyclohexyl-1-(dimethylamino)-1-oxopropan-2-yl]-1-[(2-fluoro-4-methylphenyl)acetyl]-4-[3-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)propanamido]piperidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290.15 K；18% w/v PEG3350 and 0.18 M Tri-sodium citrate	分辨率 2.06 Å R-free 0.258
9OG8 Crystal structure of WRN in complex with compound 43 提交 2025-04-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 526–946（421 aa）	未记录	A1CA5 (3R,4S)-N-[(2R)-3-cyclohexyl-1-(methylamino)-1-oxopropan-2-yl]-4-{3-[6-(ethanesulfonamido)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl]propanamido}-1-[(2-fluoro-4-methylphenyl)acetyl]piperidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290.15 K；18.0% w/v PEG 3350, 0.18 M Tri-ammonium citrate	分辨率 1.66 Å R-free 0.239
9OW9 Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 1 提交 2025-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEV 2-[(9R)-1'-[(1,3-benzoxazol-2-yl)acetyl]-2-(morpholin-4-yl)-8-oxo-5,8-dihydro-4H-spiro[furo[3,4-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidine-7,4'-piperidin]-4-yl]-N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；23-24.5% w/v PEG1500, 100 mM MMT, pH 5.75-6.25	分辨率 2.34 Å R-free 0.301
9OWA Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 2 提交 2025-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEW N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(5'R,10'R)-2'-(3,6-dihydro-2H-pyran-4-yl)-1-(5-hydroxy-6-methylpyrimidine-4-carbonyl)-5'-methyl-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；23-24.5% w/v PEG1500, 100 mM MMT, pH 5.75-6.25	分辨率 1.98 Å R-free 0.306
9OWB Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 6 提交 2025-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEX N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(10'R)-1-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-2'-(morpholin-4-yl)-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.0% w/v PEG3350, 200 mM ammonium tartrate	分辨率 1.56 Å R-free 0.192
9OWB Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 6 提交 2025-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEX N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(10'R)-1-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-2'-(morpholin-4-yl)-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.0% w/v PEG3350, 200 mM ammonium tartrate	分辨率 1.56 Å R-free 0.192
9OWB Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 6 提交 2025-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEX N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(10'R)-1-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-2'-(morpholin-4-yl)-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.0% w/v PEG3350, 200 mM ammonium tartrate	分辨率 1.56 Å R-free 0.192
9OWB Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 6 提交 2025-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEX N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(10'R)-1-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-2'-(morpholin-4-yl)-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.0% w/v PEG3350, 200 mM ammonium tartrate	分辨率 1.56 Å R-free 0.192
9OWC Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 7 提交 2025-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEY N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(5S,9R)-1'-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-5-methyl-2-(morpholin-4-yl)-8-oxo-5,8-dihydrospiro[cyclopenta[d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidine-7,4'-piperidin]-4(6H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；23-24.5% w/v PEG1500, 100 mM MMT, pH 5.75-6.25	分辨率 1.67 Å R-free 0.206
9OWD Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 9 提交 2025-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）片段：UNP residues 500-942	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEZ N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(9R)-1'-(5-hydroxy-6-methylpyrimidine-4-carbonyl)-2-(morpholin-4-yl)-8-oxo-5,8-dihydrospiro[cyclopenta[d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidine-7,4'-piperidin]-4(6H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；23-24.5% w/v PEG1500, 100 mM MMT, pH 5.75-6.25	分辨率 1.96 Å R-free 0.272
9QBU Crystal structure of WRN in complex with (S)-27 (GSK5819992) 提交 2025-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）	未记录	A1I5L 1-[(2~{S})-2-(2-azaspiro[3.3]heptan-2-ylcarbonyl)-4-[2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；7% PEG 20000, 0.1 M MES pH 5.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
9QBU Crystal structure of WRN in complex with (S)-27 (GSK5819992) 提交 2025-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 500–942（443 aa）	未记录	A1I5L 1-[(2~{S})-2-(2-azaspiro[3.3]heptan-2-ylcarbonyl)-4-[2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；7% PEG 20000, 0.1 M MES pH 5.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
9QBV Crystal structure of WRN in complex with (R)-11 (GSK4766470) 提交 2025-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 500–942（443 aa）	未记录	A1I5F 1-[(2~{R})-2-methyl-4-[2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；10% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 7.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.258
9RTI Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 7 提交 2025-07-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–941（425 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 A1JJ8 ~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]-7-methyl-indazol-3-yl]propanamide × 1 A1JJQ ~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]-7-methyl-indazol-3-yl]prop-2-enamide × 1 MLT D-MALATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM MMT pH 7.2, 25% w/v PEG 1500, 20% EG	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
9RUR Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 4d 提交 2025-07-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–941（425 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 A1JJK 2-ethylsulfanyl-~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]indazol-3-yl]ethanamide × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500 and 20 %v/v EG	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
9RUR Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 4d 提交 2025-07-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 517–941（425 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500 and 20 %v/v EG	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
9RUS Structure of WRN in complex with ATPgS and Compound 3 提交 2025-07-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–941（425 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GQP 1-[(4-fluorophenyl)methyl]benzimidazole × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500	分辨率 2.19 Å R-free 0.298
9RUS Structure of WRN in complex with ATPgS and Compound 3 提交 2025-07-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 517–941（425 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500	分辨率 2.19 Å R-free 0.298
9S17 WRN helicase in complex with molecule 81 提交 2025-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–941（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 A1JKV (2~{R},4~{R})-4-ethyl-~{N}-[(2~{S})-4-methylsulfonylbutan-2-yl]-2-phenyl-piperidine-1-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；100 mM BIS-TRIS 5.8 pH, 26 % w/v PEG 3350 and 275 mM LiSO4	分辨率 1.91 Å R-free 0.248
9S17 WRN helicase in complex with molecule 81 提交 2025-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 517–941（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 A1JKV (2~{R},4~{R})-4-ethyl-~{N}-[(2~{S})-4-methylsulfonylbutan-2-yl]-2-phenyl-piperidine-1-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；100 mM BIS-TRIS 5.8 pH, 26 % w/v PEG 3350 and 275 mM LiSO4	分辨率 1.91 Å R-free 0.248
9S18 WRN helicase in complex with HRO761 提交 2025-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–943（427 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 YHC ~{N}-[2-chloranyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[2-(3,6-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl)-5-ethyl-6-[4-(6-methyl-5-oxidanyl-pyrimidin-4-yl)carbonylpiperazin-1-yl]-7-oxidanylidene-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-4-yl]ethanamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；0.3M trisodium citrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate, pH 4.25 and 10% PEG 3350.	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
9S19 WRN helicase in complex with ATPgS and ssDNA 提交 2025-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 517–941（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100mM HEPES pH 7.2 and 15% w/v PEG 8K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
9S19 WRN helicase in complex with ATPgS and ssDNA 提交 2025-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 517–941（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100mM HEPES pH 7.2 and 15% w/v PEG 8K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
9S1A WRN helicase in the absence of nucleotide or DNA 提交 2025-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–941（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；100mM BIS-TRIS pH 5.8, 25% w/v PEG3350 and 200mM LiSO4.	分辨率 1.96 Å R-free 0.247
9S1A WRN helicase in the absence of nucleotide or DNA 提交 2025-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 517–941（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；100mM BIS-TRIS pH 5.8, 25% w/v PEG3350 and 200mM LiSO4.	分辨率 1.96 Å R-free 0.247
9S1B WRN helicase in complex with covalent inhibitor GSK_WRN3 提交 2025-07-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 517–943（427 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1JKU ~{N}-[(3~{R})-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]-5-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-phenyl-1~{H}-pyridine-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；0.3M trisodium citrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate, pH 4.25 and 10% PEG 3350	分辨率 2.22 Å R-free 0.294

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UniProt名称	WRN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–430； UniProt 517–945

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7gqu
沉积日期 deposition_date	2023-10-19
结构标题 title	Crystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in covalent complex with N-[(E,1S)-1-cyclopropyl-3-methylsulfonylprop-2-enyl]-2-(1,1-difluoroethyl)-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide
关键词 keywords	HELICASE, WERNER SYNDROME, DNA REPAIR, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.89 Å
零角强度 I(0) i0	40573800.00
分子量 molecular_weight	48759.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60867 Å³
包络体积 envelope_volume	70901 Å³
水化壳体积 shell_volume	26577 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.26 Å
包络 Rg envelope_rg	22.01 Å
形状 Rg shape_rg	21.89 Å
总 Rg total_rg	22.74 Å
总原子数 total_atoms	3407
残基数 n_residues	419
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6967
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN ;
分子量 formula_weight	50064.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3691

MNEGEEDDDKDFLWPAPNEEQVTCLKMYFGHSSFKPVQWKVIHSVLEERRDNVAVMATGYGKSLCFQYPPVYVGKIGLVISPLISLMEDQVLQLKMSNIPACFLGSAQSENVLTDIKLGKYRIVYVTPEYCSGNMGLLQQLEADIGITLIAVDEAHCISEWGHDFRDSFRKLGSLKTALPMVPIVALTATASSSIREDIVRCLNLRNPQITCTGFDRPNLYLEVRRKTGNILQDLQPFLVKTSSHWEFEGPTIIYCPSRKMTQQVTGELRKLNLSCGTYHAGMSFSTRKDIHHRFVRDEIQCVIATIAFGMGINKADIRQVIHYGAPKDMESYYQEIGRAGRDGLQSSCHVLWAPADINLNRHLLTEIRNEKFRLYKLKMMAKMEKYLHSSRCRRQIILSHFEDKQVQKASLGIMGTEKCCDNCRSRLDHGGRLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-[(1S)-1-cyclopropyl-3-(methanesulfonyl)propyl]-2-(1,1-difluoroethyl)-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide
分子量 formula_weight	439.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	203

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.255 Å
晶胞边长 b length_b	83.802 Å
晶胞边长 c length_c	119.624 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.540 Å
最低分辨率 resolution_low	43.140 Å
R 因子 r_factor	0.1809
R_work r_work	0.1795
R_free r_free	0.2088

fit	/app/data/saxs_computation/gq/7gqu/7gqu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gq/7gqu/7gqu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gq/7gqu/7gqu.dat