SAXSdb — 7jmt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2 protein

Schistosoma japonicum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–230	未记录	N3C 4-{4-[(4'-CHLOROBIPHENYL-2-YL)METHYL]PIPERAZIN-1-YL}-N-{[4-({(1R)-3-(DIMETHYLAMINO)-1-[(PHENYLTHIO)METHYL]PROPYL}AMINO)-3-NITROPHENYL]SULFONYL}BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；sBCL-2:1, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M NaCl, 0.1M imidazole, pH8.0	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–230	未记录	N3C 4-{4-[(4'-CHLOROBIPHENYL-2-YL)METHYL]PIPERAZIN-1-YL}-N-{[4-({(1R)-3-(DIMETHYLAMINO)-1-[(PHENYLTHIO)METHYL]PROPYL}AMINO)-3-NITROPHENYL]SULFONYL}BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；sBCL-2:1, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M NaCl, 0.1M imidazole, pH8.0	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 21–230	未记录	N3C 4-{4-[(4'-CHLOROBIPHENYL-2-YL)METHYL]PIPERAZIN-1-YL}-N-{[4-({(1R)-3-(DIMETHYLAMINO)-1-[(PHENYLTHIO)METHYL]PROPYL}AMINO)-3-NITROPHENYL]SULFONYL}BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；sBCL-2:1, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M NaCl, 0.1M imidazole, pH8.0	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 21–230	未记录	N3C 4-{4-[(4'-CHLOROBIPHENYL-2-YL)METHYL]PIPERAZIN-1-YL}-N-{[4-({(1R)-3-(DIMETHYLAMINO)-1-[(PHENYLTHIO)METHYL]PROPYL}AMINO)-3-NITROPHENYL]SULFONYL}BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；sBCL-2:1, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M NaCl, 0.1M imidazole, pH8.0	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 21–230	未记录	N3C 4-{4-[(4'-CHLOROBIPHENYL-2-YL)METHYL]PIPERAZIN-1-YL}-N-{[4-({(1R)-3-(DIMETHYLAMINO)-1-[(PHENYLTHIO)METHYL]PROPYL}AMINO)-3-NITROPHENYL]SULFONYL}BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；sBCL-2:1, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M NaCl, 0.1M imidazole, pH8.0	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 21–230	未记录	N3C 4-{4-[(4'-CHLOROBIPHENYL-2-YL)METHYL]PIPERAZIN-1-YL}-N-{[4-({(1R)-3-(DIMETHYLAMINO)-1-[(PHENYLTHIO)METHYL]PROPYL}AMINO)-3-NITROPHENYL]SULFONYL}BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；sBCL-2:1, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M NaCl, 0.1M imidazole, pH8.0	分辨率 2.75 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7JMT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QBR BakBH3 in complex with sjA 提交 2011-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–189（169 aa）片段：C-terminal truncation (RESIDUES 21-189)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；1M tri-sodium citrate, 0.1M CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3QBR BakBH3 in complex with sjA 提交 2011-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 21–189（169 aa）片段：C-terminal truncation (RESIDUES 21-189)	未记录	NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；1M tri-sodium citrate, 0.1M CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5BWX6_SCHJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–210； UniProt 21–230 作者链 B； PDB构建体 1–210； UniProt 21–230 作者链 C； PDB构建体 1–210； UniProt 21–230 作者链 D； PDB构建体 1–210； UniProt 21–230 作者链 E； PDB构建体 1–210； UniProt 21–230 作者链 F； PDB构建体 1–210； UniProt 21–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7jmt
沉积日期 deposition_date	2020-08-02
结构标题 title	Crystal structure of schistosome BCL-2 bound to ABT-737
关键词 keywords	APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.13 Å
零角强度 I(0) i0	176202000.00
分子量 molecular_weight	110320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	138970 Å³
包络体积 envelope_volume	192970 Å³
水化壳体积 shell_volume	42268 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.1 Å
壳层 Rg shell_rg	45.10 Å
包络 Rg envelope_rg	35.56 Å
形状 Rg shape_rg	37.11 Å
总 Rg total_rg	37.72 Å
总原子数 total_atoms	15158
残基数 n_residues	955
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	176200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8406
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.005
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.854
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BCL-2 protein
分子量 formula_weight	23416.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	15190

MSNTADFRLQTSTLCHSFLLASANKQDTDYLTDLLDNTNIDLTCVPNGQEIIHSLLQLVGDFNQRFSQTHEIEPVAQSLGIDSDKPVDKTALEIFYLEILNGLFEKLNWGRIVAMFAFLRILVLRLSKHGHSDAIQMLIKTTSQYSDEKLKNWINLHDGWSGLIEFSGRQFVNDGQELIWKTLRNVGGLATGAVGALGLAALVGYIANKI

来源 Source

来源生物 organism	Schistosoma japonicum
通用名 common_name	Blood fluke
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6182
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;4-{4-[(4'-CHLOROBIPHENYL-2-YL)METHYL]PIPERAZIN-1-YL}-N-{[4-({(1R)-3-(DIMETHYLAMINO)-1-[(PHENYLTHIO)METHYL]PROPYL}AMINO)-3-NITROPHENYL]SULFONYL}BENZAMIDE ;
分子量 formula_weight	813.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.021 Å
晶胞边长 b length_b	67.789 Å
晶胞边长 c length_c	100.907 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	86.470 Å
R 因子 r_factor	0.2347
R_work r_work	0.2336
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/jm/7jmt/7jmt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jm/7jmt/7jmt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jm/7jmt/7jmt.dat

Crystal structure of schistosome BCL-2 bound to ABT-737

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction