7jn4

Rubisco in the apo state

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic × 8 （P08475） water × 16	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A218N8A3_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic

物种未注明

UniProt P08475

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （A0A218N8A3） water × 16	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBS2_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185 作者链 D； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185 作者链 F； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185 作者链 H； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185 作者链 J； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185 作者链 L； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185 作者链 N； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185 作者链 P； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7jn4
沉积日期 deposition_date	2020-08-03
结构标题 title	Rubisco in the apo state
关键词 keywords	Rubisco, PLANT PROTEIN, Pyrenoid; PLANT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7jn4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7jn4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7jn4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.90 Å
Rg（电子密度）	46.00 Å
总 Rg	46.35 Å
原子数	35472
残基数	4512
排除体积	628950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7jn4__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	52607.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	35712

MVPQTETKAGAGFKAGVKDYRLTYYTPDYVVRDTDILAAFRMTPQPGVPPEECGAAVAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYKGRCYDIEPVPGEDNQYIAYVAYPIDLFEEGSVTNMFTSIVGNVFGFKALRALRLEDLRIPPAYVKTFVGPPHGIQVERDKLNKYGRGLLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENVNSQPFMRWRDRFLFVAEAIYKAQAETGEVKGHYLNATAGTCEEMMKRAVCAKELGVPIIMHDYLTGGFTANTSLAIYCRDNGLLLHIHRAMHAVIDRQRNHGIHFRVLAKALRMSGGDHLHSGTVVGKLEGEREVTLGFVDLMRDDYVEKDRSRGIYFTQDWCSMPGVMPVASGGIHVWHMPALVEIFGDDACLQFGGGTLGHPWGNAPGAAANRVALEACTQARNEGRDLAREGGDVIRSACKWSPELAAACEVWKEIKFEFDTIDKL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic
分子量 formula_weight	20668.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MAAVIAKSSVSAAVARPARSSVRPMAALKPAVKAAPVAAPAQANQMMVWTPVNNKMFETFSYLPPLSDEQIAAQVDYIVANGWIPCLEFAESDKAYVSNESAIRFGSVSCLYYDNRYWTMWKLPMFGCRDPMQVLREIVACTKAFPDAYVRLVAFDNQKQVQIMGFLVQRPKSARDWQPANKRSV

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	232

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_id	d7jn4a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d7jn4a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jn4b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d7jn4c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d7jn4c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jn4d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d7jn4e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d7jn4e2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jn4f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d7jn4g1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d7jn4g2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jn4h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d7jn4i1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d7jn4i2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jn4j_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d7jn4k1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d7jn4k2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jn4l_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d7jn4m1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d7jn4m2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jn4n_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d7jn4o1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d7jn4o2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jn4p_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

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分辨率 resolution	2.68 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	491395

Rubisco in the apo state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7jn4__assembly_1__model_1

7jn4__assembly_1__model_1 | I(q)

7jn4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Rubisco in the apo state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7jn4__assembly_1__model_1

7jn4__assembly_1__model_1 | I(q)

7jn4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

7. 引用文献 (1)