7jvt

Crystal structure of a lambda-186 hybrid repressor

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Repressor protein CI

Escherichia phage 186

UniProt P03034

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 4 DNA 4 OL1 bottom × 2 OL1 top × 2 water × 6 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPC1_LAMBD
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–92; UniProt 1–92 作者链 D; PDB构建体 1–92; UniProt 1–92

Repressor protein CI

Escherichia phage 186

UniProt P08707

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 4 DNA 4 OL1 bottom × 2 OL1 top × 2 water × 6 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPC1_BP186
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 93–202; UniProt 83–192 作者链 D; PDB构建体 93–202; UniProt 83–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7jvt
沉积日期 deposition_date2020-08-23
结构标题 titleCrystal structure of a lambda-186 hybrid repressor
关键词 keywordsDNA binding transcriptional regulator, GENE REGULATION, GENE REGULATION-DNA complex; GENE REGULATION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7jvt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7jvt__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

7jvt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)39.35 Å
Rg(电子密度)37.37 Å
总 Rg38.06 Å
原子数7662
残基数870
排除体积132370 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7jvt__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7jvtC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id7jvtC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Umud Fragment, subunit A
结构域编号 domain_id7jvtD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id7jvtD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Umud Fragment, subunit A

7. 引用文献 (1)