SAXSdb — 7k3j

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein panoramix × 2 （Q9W2H9） SULFATE ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein panoramix × 2 （Q9W2H9） SULFATE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYL1_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 C； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 E； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 G； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 I； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 K； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

Protein panoramix

Drosophila melanogaster

UniProt Q9W2H9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 4 （Q24117） SULFATE ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 （Q24117） SULFATE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PANX_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–27； UniProt 455–480 作者链 D； PDB构建体 2–27； UniProt 455–480 作者链 F； PDB构建体 2–27； UniProt 455–480 作者链 H； PDB构建体 2–27； UniProt 455–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7k3j
沉积日期 deposition_date	2020-09-11
结构标题 title	Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQT+TQ peptide
关键词 keywords	Piwi, transposon silencing, heterochromatin formation, piRNA pathway, transcriptional silencing, RNA BINDING PROTEIN, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7k3j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7k3j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7k3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.52 Å
Rg（电子密度）	23.76 Å
总 Rg	24.62 Å
原子数	3024
残基数	389
排除体积	53560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7k3j__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7k3j__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dynein light chain 1, cytoplasmic
分子量 formula_weight	10388.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	4519

MSDRKAVIKNADMSEEMQQDAVDCATQALEKYNIEKDIAAYIKKEFDKKYNPTWHCIVGRNFGSYVTHETRHFIYFYLGQVAILLFKSG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein panoramix
分子量 formula_weight	3043.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

STLYKNAATQTERRTATRDAGTQVRLE

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d7k3ja_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

结构域编号 domain_id	d7k3jc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

结构域编号 domain_id	d7k3je_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

结构域编号 domain_id	d7k3jg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

结构域编号 domain_id	d7k3ji_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

结构域编号 domain_id	d7k3jk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamily	d.39.1 — DLC
家族 Family family	d.39.1.1 — DLC

▶

晶胞边长 a length_a	38.100 Å
晶胞边长 b length_b	175.230 Å
晶胞边长 c length_c	51.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.169 Å
R 因子 r_factor	0.2505
R_work r_work	0.2494
R_free r_free	0.2720

Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQT+TQ peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein panoramix

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k3j__assembly_1__model_1

7k3j__assembly_1__model_1 | I(q)

7k3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQT+TQ peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein panoramix

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k3j__assembly_1__model_1

7k3j__assembly_1__model_1 | I(q)

7k3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)