7k3v

Apoferritin structure at 1.34 angstrom resolution determined from a 300 kV Titan Krios G3i electron microscope with K3 detector

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 135.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin heavy chain

Homo sapiens

UniProt P02794

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 6–177 链 B; UniProt 6–177 链 C; UniProt 6–177 链 D; UniProt 6–177 链 E; UniProt 6–177 链 F; UniProt 6–177 链 G; UniProt 6–177 链 H; UniProt 6–177 链 I; UniProt 6–177 链 J; UniProt 6–177 链 K; UniProt 6–177 链 L; UniProt 6–177 链 M; UniProt 6–177 链 N; UniProt 6–177 链 O; UniProt 6–177 链 P; UniProt 6–177 链 Q; UniProt 6–177 链 R; UniProt 6–177 链 S; UniProt 6–177 链 T; UniProt 6–177 链 U; UniProt 6–177 链 V; UniProt 6–177 链 W; UniProt 6–177 链 X; UniProt 6–177 未记录 ZN ZINC ION × 254 NA SODIUM ION × 80 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 1.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、174 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRIH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 B; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 C; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 D; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 E; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 F; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 G; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 H; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 I; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 J; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 K; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 L; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 M; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 N; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 O; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 P; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 Q; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 R; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 S; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 T; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 U; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 V; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 W; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177 作者链 X; PDB构建体 1–172; UniProt 6–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7k3v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7k3v
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7k3v
沉积日期 deposition_date2020-09-14
结构标题 titleApoferritin structure at 1.34 angstrom resolution determined from a 300 kV Titan Krios G3i electron microscope with K3 detector
关键词 keywordsApoferritin, cryo-EM, atomic resolution, K3 detector, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.08
零角强度 I(0) i04036860000.00
分子量 molecular_weight499920.0 kDa
排除体积 excluded_volume608270 ų
包络体积 envelope_volume966790 ų
水化壳体积 shell_volume148480 ų
包络直径 envelope_diameter135.4
壳层 Rg shell_rg63.76
包络 Rg envelope_rg47.85
形状 Rg shape_rg53.06
总 Rg total_rg53.39
总原子数 total_atoms34246
残基数 n_residues4128
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.9
Rg (实空间) rg_real53.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real4.0370e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4042000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8027
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary89.0
偏度 Skewness skewness-0.382
峰度 Kurtosis kurtosis-0.638
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha82300000000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.916; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_idd7k3va_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3ve_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vh_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vi_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vj_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vk_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vl_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vm_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vn_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vo_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vp_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vq_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vr_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vs_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vt_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vu_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vv_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vw_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7k3vx_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id7k3vA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vH01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vI01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vJ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vK01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vL01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vM01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vN01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vO01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vP01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vQ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vR01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vS01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vT01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vU01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vV01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vW01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id7k3vX01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)