SAXSdb — 7k41

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-GlcNAcase BT_4395

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ACETATE ION × 2 4-(4-methylpiperidin-1-yl)-N-(2-phenylethyl)pyrimidin-2-amine × 1 1,2-ETHANEDIOL × 10 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OGA_BACTN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–719； UniProt 22–737

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7k41
沉积日期 deposition_date	2020-09-14
结构标题 title	Bacterial O-GlcNAcase (OGA) with compound
关键词 keywords	OGA, virtual screening, structure based drug design, SBDD, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7k41__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7k41__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7k41__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.11 Å
Rg（电子密度）	27.42 Å
总 Rg	28.13 Å
原子数	4829
残基数	590
排除体积	85744 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7k41__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	O-GlcNAcase BT_4395
分子量 formula_weight	82517.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.169
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4991

GGSQNVSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNVEQIKNLPLQVKANRVLISPANEVVKWAAGNSVEIELDAIYPGENIQINFGKDAPCTWGRLEISTDGKEWKTVDLKQKESRLSAGLQKAPVKFVRFTNVSDEEQQVYLRQFVLTIEKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Bacteroides thetaiotaomicron

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(4-methylpiperidin-1-yl)-N-(2-phenylethyl)pyrimidin-2-amine
分子量 formula_weight	296.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	154

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d7k41a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7k41a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d7k41a3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family family	a.246.1.0 — automated matches

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晶胞边长 a length_a	188.771 Å
晶胞边长 b length_b	52.646 Å
晶胞边长 c length_c	84.464 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	41.630 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2183

Bacterial O-GlcNAcase (OGA) with compound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-GlcNAcase BT_4395

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k41__assembly_1__model_1

7k41__assembly_1__model_1 | I(q)

7k41__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Bacterial O-GlcNAcase (OGA) with compound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-GlcNAcase BT_4395

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k41__assembly_1__model_1

7k41__assembly_1__model_1 | I(q)

7k41__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (1)