SAXSdb — 7kat

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC61

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein transport protein SSS1 × 1 （P35179） Protein transport protein SBH1 × 1 （P52870） Protein translocation protein SEC63 × 1 （P14906） Translocation protein SEC66 × 1 （P33754） Translocation protein SEC72 × 1 （P39742）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC61A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–480； UniProt 1–480

Protein transport protein SSS1

物种未注明

UniProt P35179

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein transport protein SEC61 × 1 （P32915） Protein transport protein SBH1 × 1 （P52870） Protein translocation protein SEC63 × 1 （P14906） Translocation protein SEC66 × 1 （P33754） Translocation protein SEC72 × 1 （P39742）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC61G_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80

Protein transport protein SBH1

Saccharomyces cerevisiae BY4741

UniProt P52870

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein transport protein SEC61 × 1 （P32915） Protein transport protein SSS1 × 1 （P35179） Protein translocation protein SEC63 × 1 （P14906） Translocation protein SEC66 × 1 （P33754） Translocation protein SEC72 × 1 （P39742）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC6B1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

Protein translocation protein SEC63

Saccharomyces cerevisiae BY4741

UniProt P14906

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein transport protein SEC61 × 1 （P32915） Protein transport protein SSS1 × 1 （P35179） Protein transport protein SBH1 × 1 （P52870） Translocation protein SEC66 × 1 （P33754） Translocation protein SEC72 × 1 （P39742）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC63_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 16–669； UniProt 2–663

Translocation protein SEC66

物种未注明

UniProt P33754

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein transport protein SEC61 × 1 （P32915） Protein transport protein SSS1 × 1 （P35179） Protein transport protein SBH1 × 1 （P52870） Protein translocation protein SEC63 × 1 （P14906） Translocation protein SEC72 × 1 （P39742）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC66_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206

Translocation protein SEC72

物种未注明

UniProt P39742

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein transport protein SEC61 × 1 （P32915） Protein transport protein SSS1 × 1 （P35179） Protein transport protein SBH1 × 1 （P52870） Protein translocation protein SEC63 × 1 （P14906） Translocation protein SEC66 × 1 （P33754）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC72_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7kat
沉积日期 deposition_date	2020-10-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Sec complex from S. cerevisiae, Sec61 pore ring and Sec63 FN3 double mutant, class without Sec62
关键词 keywords	Sec61, translocon, endoplasmic reticulum, protein translocation, Sec62, Sec63, channel, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7kat__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7kat__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7kat__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.94 Å
Rg（电子密度）	41.57 Å
总 Rg	41.99 Å
原子数	10431
残基数	1340
排除体积	189940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7kat__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC61
分子量 formula_weight	52936.1 kDa
突变 mutation	M90L/T185I/M294I/M450L
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10431

MSSNRVLDLFKPFESFLPEVIAPERKVPYNQKLIWTGVSLLIFLILGQIPLYGIVSSETSDPLYWLRAMLASNRGTLLELGVSPIITSSLIFQFLQGTQLLQIRPESKQDRELFQIAQKVCAIILILGQALVVVMTGNYGAPSDLGLPICLLLIFQLMFASLIVMLLDELLSKGYGLGSGISLFIATNIAEQIFWRAFAPTTVNSGRGKEFEGAVIAFFHLLAVRKDKKRALVEAFYRTNLPNMFQVLMTVAIFLFVLYLQGFRYELPIRSTKVRGQIGIYPIKLFYTSNTPIILQSALTSNIFLISQILFQKYPTNPLIRLIGVWGIRPGTQGPQMALSGLAYYIQPLMSLSEALLDPIKTIVYITFVLGSCAVFSKTWIEISGTSPRDIAKQFKDQGMVINGKRETSIYRELKKIIPTAAAFGGATIGALSVGSDLLGTLGSGASILLATTTIYGYYEAAAKEGGFTKNLVPGFSDLM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein transport protein SSS1
分子量 formula_weight	8958.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MARASEKGEEKKQSNNQVEKLVEAPVEFVREGTQFLAKCKKPDLKEYTKIVKAVGIGFIAVGIIGYAIKLIHIPIRYVIV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein transport protein SBH1
分子量 formula_weight	8723.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSSPTPPGGQRTLQKRKQGSSQKVAASAPKKNTNSNNSILKIYSDEATGLRVDPLVVLFLAVGFIFSVVALHVISKVAGKLF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae BY4741
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1247190
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae BY4741

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein translocation protein SEC63
分子量 formula_weight	76312.0 kDa
突变 mutation	E440R/F481S/del(441-447)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GGSGGSGGSGGSGGSPTNYEYDEASETWPSFILTGLLMVVGPMTLLQIYQIFFGANAEDGNSGKSKEFNEEVFKNLNEEYTSDEIKQFRRKFDKNSNKKSKIWSRRNIIIIVGWILVAILLQRINSNDAIKDAATKLFDPYEILGISTSASDRDIKSAYRKLSVKFHPDKLAKGLTPDEKSVMEETYVQITKAYESLTDELVRQNYLKYGHPDGPQSTSHGIALPRFLVDGSASPLLVVCYVALLGLILPYFVSRWWARTQSYTKKGIHNVTASNFVSNLVNYKPSEIVTTDLILHWLSFAHEFKQFFPDLQPTDFEKLLQDHINRRDSGKLNNAKFRIVAKCHSLLHGLLDIACGFRNLDIALGAINTFKCIVQAVPLTPNCQILQLPNVDKEHFITKTGDIHTLGKLFTLEDAKIGEVLGIKDQAKLNETLRVASHIPNLKIIKADFLVPGRPYISLKVLVRSAKQPLIPTSLIPEENLTEPQDSESQRDPFAMMSKQPLVPYSFAPFFPTKRRGSWCCLVSSQKDGKILQTPIIIEKLSYKNLNDDKDFFDKRIKMDLTKHEKFDINDWEIGTIKIPLGQPAPETVGDFFFRVIVKSTDYFTTDLDITMNMKVRDSPAVEQVEVYSEEDDEYSTDDDETESDDESDASDYTDIDTDTEAEDDESPEGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae BY4741
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1247190
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae BY4741

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Translocation protein SEC66
分子量 formula_weight	24263.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSEFNETKFSNNGTFFETEEPIVETKSISVYTPLIYVFILVVSLVMFASSYRKKQAKKISEQPSIFDENDAHDLYFQIKEMSENEKIHEKVLKAALLNRGAESVRRSLKLKELAPQINLLYKNGSIGEDYWKRFETEVKLIELEFKDTLQEAERLQPGWVQLFVMVCKEICFNQALSRRYQSILKRKEVCIKEWELKINNDGRLVN

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Translocation protein SEC72
分子量 formula_weight	21631.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MVTLEYNANSKLITASDAVVALSTETNIDQINVLTTSLIGETNPNFTPQPNEALSKMIKGLFESGMKNLQQKKLNEALKNVSLAIEMAQRKRAPWEAFAIQLPELHFMLRSKIDLCLILGKHLEALQDLDFLLGTGLIQPDVFVRKADCLLKLRQWEEARATCERGLALAPEDMKLRALLIETARNLAEYNGE

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	32704

Cryo-EM structure of the Sec complex from S. cerevisiae, Sec61 pore ring and Sec63 FN3 double mutant, class without Sec62

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC61

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein transport protein SSS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein transport protein SBH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein translocation protein SEC63

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Translocation protein SEC66

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Translocation protein SEC72

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7kat__assembly_1__model_1

7kat__assembly_1__model_1 | I(q)

7kat__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)