SAXSdb — 7kbb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein UL128

Human cytomegalovirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 28–171	未记录	2-18 Fab Heavy Chain × 1 2-18 Fab Light Chain × 1 Envelope glycoprotein UL130 × 1 （A0A0G2TB82） UL131A × 1 （Q38M21） 8I21 Fab Heavy Chain × 1 8I21 Fab Light Chain × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7KBB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7M22 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2 提交 2021-03-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–171（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grid was blotted with a force of -6 for 3 seconds	分辨率 3.65 Å
7M30 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by antibodies 1-103, 1-32 and 2-25 提交 2021-03-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 28–171（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for six seconds with a force of "1" before plunging	分辨率 3.81 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C8BLJ3_HCMV
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–144； UniProt 28–171

Envelope glycoprotein UL130

Human cytomegalovirus

UniProt A0A0G2TB82

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 26–214	未记录	2-18 Fab Heavy Chain × 1 2-18 Fab Light Chain × 1 Envelope protein UL128 × 1 （C8BLJ3） UL131A × 1 （Q38M21） 8I21 Fab Heavy Chain × 1 8I21 Fab Light Chain × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7KBB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7M22 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2 提交 2021-03-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 26–214（189 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grid was blotted with a force of -6 for 3 seconds	分辨率 3.65 Å
7M30 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by antibodies 1-103, 1-32 and 2-25 提交 2021-03-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 26–214（189 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for six seconds with a force of "1" before plunging	分辨率 3.81 Å
8TEA HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab 提交 2023-07-05	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 26–214（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0G2TB82_HCMV
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–189； UniProt 26–214

UL131A

Human cytomegalovirus

UniProt Q38M21

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 19–129	未记录	2-18 Fab Heavy Chain × 1 2-18 Fab Light Chain × 1 Envelope protein UL128 × 1 （C8BLJ3） Envelope glycoprotein UL130 × 1 （A0A0G2TB82） 8I21 Fab Heavy Chain × 1 8I21 Fab Light Chain × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7KBB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7M22 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2 提交 2021-03-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 19–129（111 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grid was blotted with a force of -6 for 3 seconds	分辨率 3.65 Å
7M30 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by antibodies 1-103, 1-32 and 2-25 提交 2021-03-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 19–129（111 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for six seconds with a force of "1" before plunging	分辨率 3.81 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q38M21_HCMV
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–111； UniProt 19–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7kbb
沉积日期 deposition_date	2020-10-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by Fabs 2-18 and 8I21
关键词 keywords	HCMV pentamer, Fab, complex, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.08 Å
零角强度 I(0) i0	133591000.00
分子量 molecular_weight	91081.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113090 Å³
包络体积 envelope_volume	154180 Å³
水化壳体积 shell_volume	36477 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.53 Å
包络 Rg envelope_rg	35.36 Å
形状 Rg shape_rg	36.03 Å
总 Rg total_rg	36.60 Å
总原子数 total_atoms	6422
残基数 n_residues	797
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	133600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8710
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.327
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.655
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.836; Smooth: 0.819

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2-18 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25640.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6422

EVQLVQSGGGLVQPGGSLRVSCAASGFSFSDHDMDWVRQAPGKGFEWVGRSRNKDYSSTTEYAASVRGRFTISRHTSEDLLYLELNTVKTEDTAVYFCARGPHHSDRSGYYGGTFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	2-18 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23414.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIQMTQSPSSVSASVGDRVIITCRASQGISSWLAWYQQKPGRAPRLLIYDASTLESGVPSRFSGRGSGTEFTLTINSLQPEDFATYYCQQGNMFPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope protein UL128
分子量 formula_weight	16684.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EECCEFINVNHPPERCYDFKMCNRFTVALRCPDGEVCYSPEKTAEIRGIVTTMTHSLTRQVVHNKLTSCNYNPLYLEADGRIRCGKVNDKAQYLLGAAGSVPYRWINLEYDKITRIVGLDQYLESVKKHKRLDVCRAKMGYMLQ

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein UL130
分子量 formula_weight	21761.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SPWSTLTANQNPSPPWSKLTYSKPHDAATFYCPFLYPSPPRSPLQFSGFQQVSTGPECRNETLYLLYNREGQTLVERSSTWVKKVIWYLSGRNQTILQRMPQTASKPSDGNVQISVEDAKIFGAHMVPKQTKLLRFVVNDGTRYQMCVMKLESWAHVFRDYSVSFQVRLTFTEANNQTYTFCTHPNLIV

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	UL131A
分子量 formula_weight	13005.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

QCQRETAEKNDYYRVPHYWDACSRALPDQTRYKYVEQLVDLTLNYHYDASHGLDNFDVLKRINVTEVSLLISDFRRQNRRGGTNKRTTFNAAGSLAPHARSLEFSVRLFAN

来源 Source

来源生物 organism	Human cytomegalovirus
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	8I21 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25196.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

LVELVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSDGMHWVRQSPGRGLEWVAFISSDGSTPYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAMYFCAKDWALFRWLRTFDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	8I21 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23459.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ETVMTQSPATLSVSPGGRATLSCRASQSVGINLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRASGFPARFSGSGSGTEFTLTITSLQSEDFAVYYCQQYNDWPPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.02 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	249802

fit	/app/data/saxs_computation/kb/7kbb/7kbb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kb/7kbb/7kbb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kb/7kbb/7kbb.dat

Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by Fabs 2-18 and 8I21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein UL128

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein UL130

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

UL131A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)