7l3k

T4 Lysozyme L99A - benzylacetate - cryo

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endolysin

Enterobacteria phage T4

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–164 突变:R12G/I137R/L99A TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 J0Z benzyl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;Crystals were grown from a 10 mg/mL frozen protein solution by the hanging drop method at 291-293K, with a 1:1 drop ratio of protein to solution and over a well solution of 0.1 M Tris-hydrochloride (pH 8), 20%-26% (w/v) PEG 4000, 70-170 mM lithium citrate, 8%-18% 2-propanol, 50 mM 2-mercaptoethanol, and 50 mM 2-hydroxyethyl disulfide 分辨率 1.11 Å R-free 0.167

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、846 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENLYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7l3k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7l3k
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7l3k
沉积日期 deposition_date2020-12-17
结构标题 titleT4 Lysozyme L99A - benzylacetate - cryo
关键词 keywordsRT, benzylacetate, L99A, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.37
零角强度 I(0) i06717590.00
分子量 molecular_weight18743.0 kDa
排除体积 excluded_volume23455 ų
包络体积 envelope_volume26498 ų
水化壳体积 shell_volume14042 ų
包络直径 envelope_diameter59.7
壳层 Rg shell_rg21.80
包络 Rg envelope_rg16.58
形状 Rg shape_rg16.34
总 Rg total_rg17.41
总原子数 total_atoms1313
残基数 n_residues162
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.1
Rg (实空间) rg_real17.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real6.7180e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0770e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6718000.0000
解质量估计 total_estimate0.7897
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.0
偏度 Skewness skewness0.358
峰度 Kurtosis kurtosis-0.213
角度范围 angular_range— – 0.4600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1588000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7l3kA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)