SAXSdb — 7lfm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histocompatibility 2, M region locus 3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） Heptapeptide from NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 × 1 （P03888） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） Heptapeptide from NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 × 1 （P03888） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31093_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 25–301 作者链 D； PDB构建体 1–276； UniProt 25–301

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histocompatibility 2, M region locus 3 × 1 （Q31093） Heptapeptide from NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 × 1 （P03888） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histocompatibility 2, M region locus 3 × 1 （Q31093） Heptapeptide from NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 × 1 （P03888） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119

Heptapeptide from NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

物种未注明

UniProt P03888

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histocompatibility 2, M region locus 3 × 1 （Q31093） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histocompatibility 2, M region locus 3 × 1 （Q31093） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU1M_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–7； UniProt 1–7 作者链 F； PDB构建体 1–7； UniProt 1–7

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7lfm
沉积日期 deposition_date	2021-01-17
结构标题 title	MODEL OF MHC CLASS Ib H2-M3 WITH MOUSE ND1 N-TERMINAL HEPTAPEPTIDE, VAL MUTANT, TRICLINIC CELL, REFINED AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN/PEPTIDE, HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN-PEPTIDE COMPLEX, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7lfm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7lfm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7lfm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.26 Å
Rg（电子密度）	23.21 Å
总 Rg	24.13 Å
原子数	6168
残基数	381
排除体积	55485 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7lfm__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7lfm__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histocompatibility 2, M region locus 3
分子量 formula_weight	32650.7 kDa
突变 mutation	G299 deletion
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	12774

GSHSLRYFHTAVSRPGRGEPQYISVGYVDDVQFQRCDSIEEIPRMEPRAPWMEKERPEYWKELKLKVKNIAQSARANLRTLLRYYNQSEGGSHILQWMVSCEVGPDMRLLGAHYQAAYDGSDYITLNEDLSSWTAVDMVSQITKSRLESAGTAEYFRAYVEGECLELLHRFLRNGKEILQRADPPKAHVAHHPRPKGDVTLRCWALGFYPADITLTWQKDEEDLTQDMELVETRPSGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCYVHHEGLTEPLALKWRSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11704.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHDSMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Heptapeptide from NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
分子量 formula_weight	911.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
突变 mutation	I6V
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MFFINVL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	493

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晶胞边长 a length_a	63.743 Å
晶胞边长 b length_b	65.019 Å
晶胞边长 c length_c	54.584 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	98.55 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	112.36 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	19.090 Å
R 因子 r_factor	0.1843
R_work r_work	0.1837
R_free r_free	0.2173

MODEL OF MHC CLASS Ib H2-M3 WITH MOUSE ND1 N-TERMINAL HEPTAPEPTIDE, VAL MUTANT, TRICLINIC CELL, REFINED AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histocompatibility 2, M region locus 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Heptapeptide from NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7lfm__assembly_1__model_1

7lfm__assembly_1__model_1 | I(q)

7lfm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (3)

MODEL OF MHC CLASS Ib H2-M3 WITH MOUSE ND1 N-TERMINAL HEPTAPEPTIDE, VAL MUTANT, TRICLINIC CELL, REFINED AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histocompatibility 2, M region locus 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Heptapeptide from NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7lfm__assembly_1__model_1

7lfm__assembly_1__model_1 | I(q)

7lfm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (3)