7m3t

Crystallographic structure of a cubic crystal of STMV (80.7 degree rotation about 111) grown from chloride

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 60 RNA 57	;RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ; × 27 ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 6 ;RNA (5'-R(PUPAPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 3 ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 6 ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 6 ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 6 ;RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAP*A)-3') ; × 3 PHOSPHATE ION × 21 CHLORIDE ION × 42 MAGNESIUM ION × 18 water × 117	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COAT_STMV
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 C； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 D； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 E； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 F； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 GG； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 H； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 HH； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 I； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 II； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 J； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 JJ； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 K； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 KK； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 L； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 M； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 O； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 G； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 N； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7m3t
沉积日期 deposition_date	2021-03-19
结构标题 title	Crystallographic structure of a cubic crystal of STMV (80.7 degree rotation about 111) grown from chloride
关键词 keywords	VIRUS/RNA, VIRUS-RNA complex; VIRUS/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7m3t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7m3t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7m3t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	70.57 Å
Rg（电子密度）	71.10 Å
总 Rg	71.05 Å
原子数	76058
残基数	9093
排除体积	1319700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7m3t__assembly_1__model_1`	117-meric （117）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coat protein
分子量 formula_weight	17533.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,H,I,J,K,L,M,O,GG,HH,II,JJ,KK
原子数 atom_count	26451

MGRGKVKPNRKSTGDNSNVVTMIRAGSYPKVNPTPTWVRAIPFEVSVQSGIAFKVPVGSLFSANFRTDSFTSVTVMSVRAWTQLTPPVNEYSFVRLKPLFKTGDSTEEFEGRASNINTRASVGYRIPTNLRQNTVAADNVCEVRSNCRQVALVISCCFN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coat protein
分子量 formula_weight	17519.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MGRGKVKPNRKSTGDNSNVVTMIRAGSYPKVNPTPTWVRAIPFEVSVQSGIAFKVPVGSLFSANFRTDSFTSVTVMSVRAWTQLTPPVNEYSFVRLKPLFKTGDSTEEFEGRASNINTRASVGYRIPSNLRQNTVAADNVCEVRSNCRQVALVISCCFN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Coat protein
分子量 formula_weight	17562.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MGRGKVKPNRKSTGDNSNVVTMIRAGSYPKVNPTPTWVRAIPFEVSVQSGIAFKVPVGSLFSANFRTDSFTSVTVMSVRAWTQLTPPVNEYSFVRLKPLFKTGDSTEEFEGRASNINTRASVGYRIPTNLRQNTVAVDNVCEVRSNCRQVALVISCCFN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3247.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P,S,T,V,X,Y,a,TT,UU

AAAAAAAAAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3629.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	e,WW

UUUUUUUUUUUU

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPAPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3652.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	h

UAUUUUUUUUUU

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	3322.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	i,ll

UUUUUUUUUUU

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3016.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	m,kk

UUUUUUUUUU

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	2404.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	n,qq

UUUUUUUU

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3905.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	bb

AAAAAAAAAAAA

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1058

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晶胞边长 a length_a	234.050 Å
晶胞边长 b length_b	234.050 Å
晶胞边长 c length_c	234.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	216

空间群 space_group	P 2 3
空间群编号 int_tables_number	195
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	46.810 Å
R 因子 r_factor	0.2184
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2536

Crystallographic structure of a cubic crystal of STMV (80.7 degree rotation about 111) grown from chloride

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7m3t__assembly_1__model_1

7m3t__assembly_1__model_1 | I(q)

7m3t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

7. 引用文献 (1)