SAXSdb — 7m5w

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein capicua homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 188–280 链 A； UniProt 1457–1527	片段：HMG box domain UNP residues 188-280 fused with C1 domain UNP residues 1457-1527	;DNA (5'-D(GPGPTPTPAPTPGPAPAPTPGPAPAPAPAPAPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPCPTPTPTPTPTPCPAPTPTPCPAPTPAPAPCPC)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；100 mM MES, 100 mM CaCl2, 100 mM NaCl, and 16% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.95 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7M5W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2M41 Solution Structure of the AXH domain of Ataxin-1 in complex with ligand peptide from Capicua 提交 2013-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–48（15 aa）片段：Ataxin-1-binding linear motif (UNP 34-48)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4J2J Crystal structure of AXH domain complex with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 28–48（21 aa）片段：UNP residues 28-48	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Calcium chloride, 24%(v/v) PEG3350, 4%(v/v) pentaerythritol ethoxylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
4J2J Crystal structure of AXH domain complex with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–48（21 aa）片段：UNP residues 28-48	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Calcium chloride, 24%(v/v) PEG3350, 4%(v/v) pentaerythritol ethoxylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
4J2J Crystal structure of AXH domain complex with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 28–48（21 aa）片段：UNP residues 28-48	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Calcium chloride, 24%(v/v) PEG3350, 4%(v/v) pentaerythritol ethoxylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
4J2L Crystal Structure of AXH domain complexed with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 21–48（28 aa）片段：UNP residues 21-48	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M NaCl, 3%(v/v) glycerol, 16%(w/v) PEG3350, 1mM L-Glutathione, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
4J2L Crystal Structure of AXH domain complexed with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 21–48（28 aa）片段：UNP residues 21-48	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M NaCl, 3%(v/v) glycerol, 16%(w/v) PEG3350, 1mM L-Glutathione, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
6JRP Crystal structure of CIC-HMG-ETV5-DNA complex 提交 2019-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 199–276（78 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonium acetate, PEG3350, Bis-tris pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
6JRP Crystal structure of CIC-HMG-ETV5-DNA complex 提交 2019-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 199–276（78 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonium acetate, PEG3350, Bis-tris pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
6JRP Crystal structure of CIC-HMG-ETV5-DNA complex 提交 2019-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 199–276（78 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonium acetate, PEG3350, Bis-tris pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
6JRP Crystal structure of CIC-HMG-ETV5-DNA complex 提交 2019-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 J 199–276（78 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonium acetate, PEG3350, Bis-tris pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
6KZG 14-3-3 protein in Complex with CIC S301 phosphorylated peptide 提交 2019-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 298–305（8 aa）链 Q 298–305（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
6KZH 14-3-3 protein in Complex with CIC S173 phosphorylated peptide 提交 2019-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 170–177（8 aa）链 Q 170–177（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.65 Å R-free 0.274

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CIC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–114； UniProt 188–280 作者链 A； PDB构建体 116–186； UniProt 1457–1527

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7m5w
沉积日期 deposition_date	2021-03-25
结构标题 title	Crystal structure of the HMG-C1 domain of human capicua bound to DNA
关键词 keywords	helix-turn-helix, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.98 Å
零角强度 I(0) i0	20659000.00
分子量 molecular_weight	27537.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31425 Å³
包络体积 envelope_volume	40660 Å³
水化壳体积 shell_volume	18165 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.92 Å
包络 Rg envelope_rg	19.34 Å
形状 Rg shape_rg	18.94 Å
总 Rg total_rg	19.78 Å
总原子数 total_atoms	1897
残基数 n_residues	174
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8959
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.439
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3276000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.986

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein capicua homolog
分子量 formula_weight	21962.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1912

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMDGRSPNKREKDHIRRPMNAFMIFSKRHRALVHQRHPNQDNRTVSKILGEWWYALGPKEKQKYHDLAFQVKEAHFKAHPDWKWCNKDRKKSSSEFKVPYSSLRRTLDQRRALVMQLFQDHGFFPSAQATAAFQARYADIFPSKVCLQLKIREVRQKIMQAATPTEQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPTPTPAPTPGPAPAPTPGPAPAPAPAPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5612.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GGTTATGAATGAAAAAGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPTPTPTPTPCPAPTPTPCPAPTPAPAPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5416.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GCTTTTTCATTCATAACC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	46.890 Å
晶胞边长 b length_b	79.920 Å
晶胞边长 c length_c	106.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	23.840 Å
R 因子 r_factor	0.2111
R_work r_work	0.2093
R_free r_free	0.2434

fit	/app/data/saxs_computation/m5/7m5w/7m5w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m5/7m5w/7m5w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m5/7m5w/7m5w.dat

Crystal structure of the HMG-C1 domain of human capicua bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein capicua homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)