7mbo

FACTOR XIA (PICHIA PASTORIS; C500S [C122S]) IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR Milvexian (BMS-986177), IUPAC NAME:(6R,10S)-10-{4-[5-chloro-2-(4-chloro-1H-1,2,3-triazol-1-yl)phenyl]-6- oxopyrimidin-1(6H)-yl}-1-(difluoromethyl)-6-methyl-1,4,7,8,9,10-hexahydro-15,11- (metheno)pyrazolo[4,3-b][1,7]diazacyclotetradecin-5(6H)-one

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor XIa light chain

Homo sapiens

UniProt P03951

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 388–625 突变:C500S NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 YXG Milvexian × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;100 MM MES, pH 6.5, 20% (W/V) PEG 6000, 10 MM CALCIUM ACETATE 分辨率 0.92 Å R-free 0.168

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA11_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–238; UniProt 388–625

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mbo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mbo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mbo
沉积日期 deposition_date2021-04-01
结构标题 titleFACTOR XIA (PICHIA PASTORIS; C500S [C122S]) IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR Milvexian (BMS-986177), IUPAC NAME:(6R,10S)-10-{4-[5-chloro-2-(4-chloro-1H-1,2,3-triazol-1-yl)phenyl]-6- oxopyrimidin-1(6H)-yl}-1-(difluoromethyl)-6-methyl-1,4,7,8,9,10-hexahydro-15,11- (metheno)pyrazolo[4,3-b][1,7]diazacyclotetradecin-5(6H)-one
关键词 keywordsHYDROLASE, SERINE PROTEASE, COAGULATION FACTOR, SYNTETHIC INHIBITOR, BLOOD, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.80
零角强度 I(0) i013707700.00
分子量 molecular_weight27245.0 kDa
排除体积 excluded_volume33870 ų
包络体积 envelope_volume38074 ų
水化壳体积 shell_volume18370 ų
包络直径 envelope_diameter59.0
壳层 Rg shell_rg23.57
包络 Rg envelope_rg17.27
形状 Rg shape_rg16.77
总 Rg total_rg17.90
总原子数 total_atoms3759
残基数 n_residues228
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.3
Rg (实空间) rg_real17.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real1.3710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13710000.0000
解质量估计 total_estimate0.7884
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.6
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.350
角度范围 angular_range— – 0.4400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5053000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7mboA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (16)

9. 文件与曲线 (10)