7mge

Structure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WD repeat-containing protein 41

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 × 1 （Q8TEV9） Guanine nucleotide exchange C9orf72 × 1 （Q96LT7） ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P84077） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WDR41_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459

Guanine nucleotide exchange protein SMCR8

Homo sapiens

UniProt Q8TEV9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	WD repeat-containing protein 41 × 1 （Q9HAD4） Guanine nucleotide exchange C9orf72 × 1 （Q96LT7） ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P84077） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMCR8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–937； UniProt 1–937

Guanine nucleotide exchange C9orf72

Homo sapiens

UniProt Q96LT7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	WD repeat-containing protein 41 × 1 （Q9HAD4） Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 × 1 （Q8TEV9） ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P84077） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CI072_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–481； UniProt 1–481

ADP-ribosylation factor 1

Homo sapiens

UniProt P84077

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	WD repeat-containing protein 41 × 1 （Q9HAD4） Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 × 1 （Q8TEV9） Guanine nucleotide exchange C9orf72 × 1 （Q96LT7） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–166； UniProt 17–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7mge
沉积日期 deposition_date	2021-04-12
结构标题 title	Structure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1
关键词 keywords	complex, autophagy, ALS, GAP, small GTPase, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7mge__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7mge__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7mge__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.53 Å
Rg（电子密度）	47.36 Å
总 Rg	47.20 Å
原子数	9010
残基数	1322
排除体积	157190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7mge__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	WD repeat-containing protein 41
分子量 formula_weight	51783.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9010

MLRWLIGGGREPQGLAEKSPLQTIGEEQTQNPYTELLVLKAHHDIVRFLVQLDDYRFASAGDDGIVVVWNAQTGEKLLELNGHTQKITAIITFPSLESCEEKNQLILTASADRTVIVWDGDTTRQVQRISCFQSTVKCLTVLQRLDVWLSGGNDLCVWNRKLDLLCKTSHLSDTGISALVEIPKNCVVAAVGKELIIFRLVAPTEGSLEWDILEVKRLLDHQDNILSLINVNDLSFVTGSHVGELIIWDALDWTMQAYERNFWDPSPQLDTQQEIKLCQKSNDISIHHFTCDEENVFAAVGRGLYVYSLQMKRVIACQKTAHDSNVLHVARLPNRQLISCSEDGSVRIWELREKQQLAAEPVPTGFFNMWGFGRVSKQASQPVKKQQENATSCSLELIGDLIGHSSSVEMFLYFEDHGLVTCSADHLIILWKNGERESGLRSLRLFQKLEENGDLYLAV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide exchange protein SMCR8
分子量 formula_weight	105149.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MISAPDVVAFTKEEEYEEEPYNEPALPEEYSVPLFPFASQGANPWSKLSGAKFSRDFILISEFSEQVGPQPLLTIPNDTKVFGTFDLNYFSLRIMSVDYQASFVGHPPGSAYPKLNFVEDSKVVLGDSKEGAFAYVHHLTLYDLEARGFVRPFCMAYISADQHKIMQQFQELSAEFSRASECLKTGNRKAFAGELEKKLKDLDYTRTVLHTETEIQKKANDKGFYSSQAIEKANELASVEKSIIEHQDLLKQIRSYPHRKLKGHDLCPGEMEHIQDQASQASTTSNPDESADTDLYTCRPAYTPKLIKAKSTKCFDKKLKTLEELCDTEYFTQTLAQLSHIEHMFRGDLCYLLTSQIDRALLKQQHITNFLFEDFVEVDDRMVEKQESIPSKPSQDRPPSSSLEECPIPKVLISVGSYKSSVESVLIKMEQELGDEEYKEVEVTELSSFDPQENLDYLDMDMKGSISSGESIEVLGTEKSTSVLSKSDSQASLTVPLSPQVVRSKAVSHRTISEDSIEVLSTCPSEALIPDDFKASYPSAINEEESYPDGNEGAIRFQASISPPELGETEEGSIENTPSQIDSSCCIGKESDGQLVLPSTPAHTHSDEDGVVSSPPQRHRQKDQGFRVDFSVENANPSSRDNSCEGFPAYELDPSHLLASRDISKTSLDNYSDTTSYVSSVASTSSDRIPSAYPAGLSSDRHKKRAGQNALKFIRQYPFAHPAIYSLLSGRTLVVLGEDEAIVRKLVTALAIFVPSYGCYAKPVKHWASSPLHIMDFQKWKLIGLQRVASPAGAGTLHALSRYSRYTSILDLDNKTLRCPLYRGTLVPRLADHRTQIKRGSTYYLHVQSMLTQLCSKAFLYTFCHHLHLPTHDKETEELVASRQMSFLKLTLGLVNEDVRVVQYLAELLKLHYMQESPGTSHPMLRFDYVPSFLYKI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide exchange C9orf72
分子量 formula_weight	54391.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSTLCPPPSPAVAKTEIALSGKSPLLAATFAYWDNILGPRVRHIWAPKTEQVLLSDGEITFLANHTLNGEILRNAESGAIDVKFFVLSEKGVIIVSLIFDGNWNGDRSTYGLSIILPQTELSFYLPLHRVCVDRLTHIIRKGRIWMHKERQENVQKIILEGTERMEDQGQSIIPMLTGEVIPVMELLSSMKSHSVPEEIDIADTVLNDDDIGDSCHEGFLLNAISSHLQTCGCSVVVGSSAEKVNKIVRTLCLFLTPAERKCSRLCEAESSFKYESGLFVQGLLKDSTGSFVLPFRQVMYAPYPTTHIDVDVNTVKQMPPCHEHIYNQRRYMRSELTAFWRATSEEDMAQDTIIYTDESFTPDLNIFQDVLHRDTLVKAFLDQVFQLKPGLSLRSTFLAQFLLVLHRKALTLIKYIEDDTQKGKKPFKSLRNLKIDLDLTAEGDLNIIMALAEKIKPGLHSFIFGRPFYTSVQERDVLMTF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor 1
分子量 formula_weight	18994.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ATEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.94 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	796219

Structure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WD repeat-containing protein 41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Guanine nucleotide exchange protein SMCR8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Guanine nucleotide exchange C9orf72

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ADP-ribosylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mge__assembly_1__model_1

7mge__assembly_1__model_1 | I(q)

7mge__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WD repeat-containing protein 41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide exchange protein SMCR8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide exchange C9orf72

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ADP-ribosylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mge__assembly_1__model_1

7mge__assembly_1__model_1 | I(q)

7mge__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)