7mhq

Ensemble refinement structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) at 310 K

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	DIMETHYL SULFOXIDE × 4 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R1AB_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–306； UniProt 3264–3569

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7mhq
沉积日期 deposition_date	2021-04-15
结构标题 title	Ensemble refinement structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) at 310 K
关键词 keywords	;SARS-CoV-2, Coronavirus, main protease, 3CLpro, Mpro, hydrolase, ensemble refinement, temperature series, temperature, multitemperature ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7mhq__assembly_1__model_29

Assembly 1 · Model 29 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7mhq__assembly_1__model_29 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7mhq__assembly_1__model_29 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.60 Å
Rg（电子密度）	25.57 Å
总 Rg	26.46 Å
原子数	9402
残基数	612
排除体积	84618 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7mhq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`7mhq__assembly_1__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`7mhq__assembly_1__model_3`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`7mhq__assembly_1__model_4`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`7mhq__assembly_1__model_5`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`7mhq__assembly_1__model_6`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`7mhq__assembly_1__model_7`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`7mhq__assembly_1__model_8`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`7mhq__assembly_1__model_9`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`7mhq__assembly_1__model_10`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	11	`7mhq__assembly_1__model_11`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	12	`7mhq__assembly_1__model_12`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	13	`7mhq__assembly_1__model_13`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	14	`7mhq__assembly_1__model_14`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	15	`7mhq__assembly_1__model_15`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	16	`7mhq__assembly_1__model_16`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	17	`7mhq__assembly_1__model_17`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	18	`7mhq__assembly_1__model_18`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	19	`7mhq__assembly_1__model_19`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	20	`7mhq__assembly_1__model_20`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	21	`7mhq__assembly_1__model_21`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	22	`7mhq__assembly_1__model_22`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	23	`7mhq__assembly_1__model_23`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	24	`7mhq__assembly_1__model_24`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	25	`7mhq__assembly_1__model_25`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	26	`7mhq__assembly_1__model_26`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	27	`7mhq__assembly_1__model_27`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	28	`7mhq__assembly_1__model_28`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	29	`7mhq__assembly_1__model_29`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	30	`7mhq__assembly_1__model_30`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	31	`7mhq__assembly_1__model_31`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	32	`7mhq__assembly_1__model_32`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	33	`7mhq__assembly_1__model_33`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	34	`7mhq__assembly_1__model_34`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	35	`7mhq__assembly_1__model_35`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	36	`7mhq__assembly_1__model_36`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3C-like proteinase
分子量 formula_weight	33825.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	170649

SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIRKSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGNFYGPFVDRQTAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSALLEDEFTPFDVVRQCSGVTFQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d7mhqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.4 — Viral cysteine protease of trypsin fold

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7mhqA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	7mhqA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1840 — main proteinase (3clpro) structure, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — main proteinase (3clpro) structure, domain 3

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晶胞边长 a length_a	114.300 Å
晶胞边长 b length_b	54.290 Å
晶胞边长 c length_c	44.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	43.968 Å
R 因子 r_factor	0.1736
R_work r_work	0.1705
R_free r_free	0.2348

Ensemble refinement structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) at 310 K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mhq__assembly_1__model_29

7mhq__assembly_1__model_29 | I(q)

7mhq__assembly_1__model_29 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Ensemble refinement structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) at 310 K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mhq__assembly_1__model_29

7mhq__assembly_1__model_29 | I(q)

7mhq__assembly_1__model_29 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)