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7mp0

CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH 1D-MYO-INOSITOL 5-DIPHOSPHATE PENTAKISPHOSPHATE (5-PP IP5)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 141.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-arrestin

物种未注明

UniProt P08168

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–404 链 B； UniProt 1–404 链 C； UniProt 1–404 链 D； UniProt 1–404 未记录 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 1 I7P (1r,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；0.1 M Bis-tris propane pH 7, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.001 M Magnesium acetate, 5 mM 1D-myo-inositol 5-diphosphate pentakisphosphate 分辨率 2.60 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7MP0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AYR ARRESTIN FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS 提交 1997-11-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–367（367 aa）
链 B 1–367（367 aa）
链 C 1–367（367 aa）
链 D 1–367（367 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 3.30 Å R-free 0.316
1CF1 ARRESTIN FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS 提交 1999-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
1CF1 ARRESTIN FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS 提交 1999-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–404（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
1CF1 ARRESTIN FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS 提交 1999-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–404（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
1CF1 ARRESTIN FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS 提交 1999-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–404（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
1CF1 ARRESTIN FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS 提交 1999-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–404（404 aa）
链 D 1–404（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
3UGU Crystal Structure of p44 (Splice Variant of Visual Arrestin) 提交 2011-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–370（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292.15 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 50 mM KH2PO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.15K
分辨率 1.85 Å R-free 0.214
3UGX Crystal Structure of Visual Arrestin 提交 2011-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 8 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；294.15 K；18mM PIPES,0.5M KCL,30% EG, 8% PEG 6000, 18% PEG200, 6% PEG 1000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.65 Å R-free 0.253
3UGX Crystal Structure of Visual Arrestin 提交 2011-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–404（404 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；294.15 K；18mM PIPES,0.5M KCL,30% EG, 8% PEG 6000, 18% PEG200, 6% PEG 1000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.65 Å R-free 0.253
3UGX Crystal Structure of Visual Arrestin 提交 2011-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–404（404 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；294.15 K；18mM PIPES,0.5M KCL,30% EG, 8% PEG 6000, 18% PEG200, 6% PEG 1000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.65 Å R-free 0.253
3UGX Crystal Structure of Visual Arrestin 提交 2011-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–404（404 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；294.15 K；18mM PIPES,0.5M KCL,30% EG, 8% PEG 6000, 18% PEG200, 6% PEG 1000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.65 Å R-free 0.253
4J2Q Crystal structure of C-terminally truncated arrestin reveals mechanism of arrestin activation 提交 2013-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–369（369 aa） 片段：UNP residues 1-369
链 B 1–369（369 aa） 片段：UNP residues 1-369
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；30% polyethylene glycol 200, 10 mM HEPES, 100 mM lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.279
4PXF Crystal structure of the active G-protein-coupled receptor opsin in complex with the finger-loop peptide derived from the full-length arrestin-1 提交 2014-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 67–77（11 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 6 PLM PALMITIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；3.2 M (NH4)2SO4 in 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.75 Å R-free 0.251
4ZRG Visual arrestin mutant - R175E 提交 2015-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
突变：R175E CO2 CARBON DIOXIDE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292.15 K；100mM Tris, 8-18% (w/v) PEG 4000
分辨率 2.70 Å R-free 0.241
7F1W X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol hexaphosphate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293.15 K；40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
分辨率 3.10 Å R-free 0.241
7F1W X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol hexaphosphate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–404（404 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293.15 K；40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
分辨率 3.10 Å R-free 0.241
7F1W X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol hexaphosphate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–404（404 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293.15 K；40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
分辨率 3.10 Å R-free 0.241
7F1W X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol hexaphosphate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–404（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293.15 K；40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
分辨率 3.10 Å R-free 0.241
7F1X X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol 1,4,5-triphosphate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 PTD PENTANEDIAL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
7F1X X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol 1,4,5-triphosphate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–404（404 aa）
未记录 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 PTD PENTANEDIAL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
7F1X X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol 1,4,5-triphosphate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–404（404 aa）
未记录 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
7F1X X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol 1,4,5-triphosphate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–404（404 aa）
未记录 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 PTD PENTANEDIAL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
7JSM CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 提交 2020-08-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
链 D 1–404（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；0.1 M Bis-Tris propane, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.001 M Magnesium acetate
分辨率 2.50 Å R-free 0.233
7JTB CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE 提交 2020-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
链 D 1–404（404 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；0.1 M Bis-Tris propane, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.001 M Magnesium acetate, 0.0009 M Phytic acid sodium salt
分辨率 2.60 Å R-free 0.238
7JXA CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH INOSITOL 1,4,5-TRIPHOSPHATE 提交 2020-08-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
链 D 1–404（404 aa）
未记录 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 3 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；0.1 M Bis-Tris propane, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.0025 M NaCl; 0.005 M IP3 overnight soak
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
7MOR CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH 5-METHYLENEBIPHOSPHONATE INOSITOL PENTAKISPHAOPHATE (5-PCP IP5) 提交 2021-05-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
链 D 1–404（404 aa）
未记录 5A3 Methylenebisphosphonate inositol pentakisphosphate × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；0.1 M Bis-Tris propane, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.001 M Magnesium acetate, 10 mM 5-Methylenebisphosphonate inositol pentakisphosphate
分辨率 2.80 Å R-free 0.246
7MP1 CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH 1,5-DI-METHYLENEBISPHOSPHONATE INOSITOL TETRAKISPHOSPHATE (1,5-PCP-IP4) 提交 2021-05-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
链 D 1–404（404 aa）
未记录 4WZ {[(1R,3S,4S,5R,6S)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl]bis[oxy(hydroxyphosphoryl)methanediyl]}bis(phosphonic acid) × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.001 M Magnesium acetate, 5 mM 1,5-DI-METHYLENEBISPHOSPHONATE INOSITOL TETRAKISPHOSPHATE (1,5-PCP-IP4)
分辨率 2.66 Å R-free 0.248
7MP2 CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH 1D-MYO-INOSITOL 1,5-BISDIPHOSPHATE TETRAKISPHOSPHATE (1,5-PP IP4) 提交 2021-05-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
链 D 1–404（404 aa）
未记录 I8P (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；0.1 M Bis-Tris propane, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.001 mM Magnesium acetate, 5 mM 1D-MYO-INOSITOL 1,5-BISDIPHOSPHATE TETRAKISPHOSPHATE
分辨率 3.00 Å R-free 0.245
9C6E High-resolution structure of bovine (3-367)Arrestin-1 in a pre-activated conformation 提交 2024-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–367（365 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 GOA GLYCOLIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M imidazole, 0.1 M MES pH 6.5, 10% PEG 4000, 20% glycerol, 20 mM sodium formate; 20 mM ammonium acetate; 20 mM sodium citrate tribasic dihydrate; 20 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate; 20 mM sodium oxamate
分辨率 1.40 Å R-free 0.180

共 16 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRS_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 B； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 C； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 D； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mp0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mp0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mp0
沉积日期 deposition_date2021-05-04
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH 1D-MYO-INOSITOL 5-DIPHOSPHATE PENTAKISPHOSPHATE (5-PP IP5)
关键词 keywordsGPCR, rhodopsin, phototransduction, inositol, 5PP-IP5, IP7, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.86 Å
零角强度 I(0) i0413472000.00
分子量 molecular_weight166970.0 kDa
排除体积 excluded_volume209370 ų
包络体积 envelope_volume299010 ų
水化壳体积 shell_volume57955 ų
包络直径 envelope_diameter145.8 Å
壳层 Rg shell_rg47.93 Å
包络 Rg envelope_rg42.24 Å
形状 Rg shape_rg42.88 Å
总 Rg total_rg43.03 Å
总原子数 total_atoms11706
残基数 n_residues1461
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.2 Å
Rg (实空间) rg_real43.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal413500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8985
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.4 Å
偏度 Skewness skewness0.200
峰度 Kurtosis kurtosis-0.603
角度范围 angular_range— – 0.1850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha63870000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.898
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id7mp0A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily840 —
结构域编号 domain_id7mp0A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 —
结构域编号 domain_id7mp0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily840 —
结构域编号 domain_id7mp0B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 —
结构域编号 domain_id7mp0C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily840 —
结构域编号 domain_id7mp0C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 —
结构域编号 domain_id7mp0D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily840 —
结构域编号 domain_id7mp0D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)