SAXSdb — 7mt1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 86–410	未记录	GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；18% PEG8K, 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7MT1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8DYU Structure of human cytoplasmic dynein-1 bound to two Lis1 proteins 提交 2022-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–410（409 aa）链 C 2–410（409 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8DYV Structure of human cytoplasmic dynein-1 bound to one Lis1 提交 2022-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–410（409 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å
8FDT Engineered human dynein motor domain in the microtubule-unbound state with LIS1 complex in the buffer containing ATP-Vi 提交 2022-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–410（409 aa）链 C 2–410（409 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 VO4 VANADATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM Tris pH 7.4, 150 mM potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 1 mM EGTA, 1 mM DTT, and 0.1 mM Mg-ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8FDU Engineered human dynein motor domain in the microtubule-unbound state with LIS1 complex in the buffer containing ATP-Vi (local refined on AAA3-AAA5 and LIS1) 提交 2022-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–410（409 aa）链 C 2–410（409 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM Tris pH 7.4, 150 mM potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 1 mM EGTA, 1 mM DTT, and 0.1 mM Mg-ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8PQW Cytoplasmic dynein-1 motor domain bound to dynactin-p150glued and LIS1 提交 2023-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–410（410 aa）链 C 1–410（410 aa）链 D 1–410（410 aa）链 E 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8PQY Cytoplasmic dynein-1 motor domain bound to LIS1 提交 2023-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–410（410 aa）链 C 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8PQZ Cytoplasmic dynein-1 A1/A2 motor domains bound to LIS1 提交 2023-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 B 1–410（410 aa）链 C 1–410（410 aa）链 D 1–410（410 aa）链 E 1–410（410 aa）链 K 1–410（410 aa）链 L 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.50 Å
8PTK Composite structure of Dynein-Dynactin-JIP3-LIS1 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：53-meric	链 1 1–410（410 aa）链 2 1–410（410 aa）链 3 1–410（410 aa）链 4 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 6 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.00 Å
9DZY Cryo-EM structure of Pre-Chi dynein bound to Lis1 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–410（409 aa）链 E 2–410（409 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
9E0T Cryo-EM structure of human cytoplasmic dynein-1 bound to LIS1 in the presence of ATP 提交 2024-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–410（409 aa）链 C 2–410（409 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
9E0W Cryo-EM structure of human cytoplasmic dynein-1 bound to LIS1 in the presence of ATP 提交 2024-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–410（409 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.20 Å
9E0Z Dimeric motor domains from phi-like dynein-1 bound to a Lis1 dimer under Nde1-Lis1 condition 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–410（410 aa）链 D 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 3 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
9E11 Dimeric motor domains from phi-like dynein-1 bound to a Lis1 dimer under Lis1 condition 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–410（410 aa）链 D 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
9E13 Full-length human dynein-1 in phi-like comformation bound to a Lis1 dimer under Lis1 condition 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 O 1–410（410 aa）链 P 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 3 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
9E14 Full-length human dynein-1 in phi-like comformation bound to a Lis1 dimer under Nde1-Lis1 condition 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 O 1–410（410 aa）链 P 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 3 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å
9E22 Cryo-EM structure of human cytoplasmic dynein-1 bound to LIS1 in the presence of ATP 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–410（409 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9YNC Motor domains of phi-like human dynein-1 bound to dynactin-p150glued and LIS1 提交 2025-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 1–410（410 aa）链 D 1–410（410 aa）链 E 1–410（410 aa）链 F 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9YND Motor domain of human dynein-1 in pre-power stroke bound to dynactin-p150glued-CC1B and LIS1 提交 2025-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–410（410 aa）链 C 1–410（410 aa）链 D 1–410（410 aa）链 E 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.26 Å
9YNE Motor domain of human dynein-1 in pre-power stroke bound to dynactin-p150glued-CC1B-ICD and LIS1 提交 2025-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–410（410 aa）链 C 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.46 Å
9YNH Full-length human cytoplasmic dynein-1 in phi-like state bound to dynactin-p150glued and LIS1 提交 2025-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 O 1–410（410 aa）链 P 1–410（410 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.50 Å

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–343； UniProt 86–410

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7mt1
沉积日期 deposition_date	2021-05-12
结构标题 title	Crystal structure of Human Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta (PAFAH1B1)
关键词 keywords	PAFAH1B1, WD40, WD-repeat protein, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta
分子量 formula_weight	39014.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2822

MHHHHHHSSGRENLYFQGGQKRDPKEWIPRPPEKYALSGHRSPVTRVIFHPVFSVMVSASEDATIKVWDYETGDFERTLKGHTDSVQDISFDHSGKLLASCSADMTIKLWDFQGFECIRTMHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTIKMWEVQTGYCVKTFTGHREWVRMVRPNQDGTLIASCSNDQTVRVWVVATKECKAELREHEHVVECISWAPESSYSSISEATGSETKKSGKPGPFLLSGSRDKTIKMWDVSTGMCLMTLVGHDNWVRGVLFHSGGKFILSCADDKTLRVWDYKNKRCMKTLNAHEHFVTSLDFHKTAPYVVTGSVDQTVKVWECR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	251

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d7mt1a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.1 — WD40-repeat

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.728 Å
晶胞边长 b length_b	68.572 Å
晶胞边长 c length_c	69.549 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	36.030 Å
R 因子 r_factor	0.1775
R_work r_work	0.1766
R_free r_free	0.1967

Crystal structure of Human Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta (PAFAH1B1)