7mza

Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in adjacent pockets

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 136.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 110–764 链 B； UniProt 110–764 链 C； UniProt 110–764 链 D； UniProt 110–764	片段：UNP residues 110-764	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 2 6EU resiniferatoxin × 2 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7MZA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NYJ Crystal structure of the ankyrin repeat domain of TRPV1 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–364（264 aa）片段：ankyrin repeart domain, residues 101-365	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.033MM PROTEIN, 5% PEG8000, 0.1M SODIUM CITRATE, 5MM ATP, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
2PNN Crystal Structure of the Ankyrin Repeat Domain of Trpv1 提交 2007-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–364（264 aa）片段：Ankyrin Repeat Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；3% PEG 8000, 0.1M SODIUM CITRATE, 5MM ATP, PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 5.00	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
3J5P Structure of TRPV1 ion channel determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2013-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)	分辨率 3.27 Å
3J5Q Structure of TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2013-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 111–719（609 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 111–719（609 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 111–719（609 aa）片段：SEE REMARK 999 链 G 111–719（609 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)	分辨率 3.80 Å
3J5R Reconstruction of TRPV1 ion channel in complex with capsaicin by single particle cryo-microscopy 提交 2013-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)	分辨率 4.20 Å
3J9J Structure of the capsaicin receptor, TRPV1, determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2015-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 627–719（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 627–719（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 627–719（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 627–719（93 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
3SUI Crystal structure of ca2+-calmodulin in complex with a trpv1 c-terminal peptide 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 767–801（35 aa）片段：Unp residues 767-801	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES PH6.0, 2.2-2.8M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.248
5IRX Structure of TRPV1 in complex with DkTx and RTX, determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 A 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 B 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 B 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764	未记录	6O8 (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium × 4 6OE (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate × 8 6EU resiniferatoxin × 4 6O9 (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 2.95 Å
5IRZ Structure of TRPV1 determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 B 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 E 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 E 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764	未记录	6O8 (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium × 4 6ES (2S)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4S,5S,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(pentanoyloxy)propan-2-yl decanoate × 4 6OE (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 3.28 Å
5IS0 Structure of TRPV1 in complex with capsazepine, determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 B 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 E 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 E 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764	未记录	6ET capsazepine × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 3.43 Å
7L2H Cryo-EM structure of unliganded full-length TRPV1 at neutral pH 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 XJD (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl tridecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
7L2I Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6a state 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	XJA (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7L2J Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6c state 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
7L2K Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6b state 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.89 Å
7L2L Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in O1 state 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
7L2M Cryo-EM structure of DkTx/RTX-bound full-length TRPV1 提交 2020-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
7L2N Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in C1 state 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
7L2O Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
7L2P cryo-EM structure of unliganded minimal TRPV1 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7L2R Cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 at the pre-open state 提交 2020-12-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 65I (9R,12R)-15-amino-12-hydroxy-6,12-dioxo-7,11,13-trioxa-12lambda~5~-phosphapentadecan-9-yl undecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7L2S cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 at the pre-bound state 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
7L2T cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 in partial open state 提交 2020-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 65I (9R,12R)-15-amino-12-hydroxy-6,12-dioxo-7,11,13-trioxa-12lambda~5~-phosphapentadecan-9-yl undecanoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
7L2U cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 in open state 提交 2020-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 XKP (11R,14S)-17-amino-14-hydroxy-8,14-dioxo-9,13,15-trioxa-14lambda~5~-phosphaheptadecan-11-yl decanoate × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
7L2V cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state b 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 XPS 6-deoxy-6-(methylamino)-D-galactitol × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.82 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
7L2W cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state a 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.82 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
7L2X cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state c 提交 2020-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 XPJ 1-deoxy-1-(methylamino)-D-allitol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.82 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
7LP9 Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at 4 degrees Celsius 提交 2021-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	T7X Phosphatidylinositol × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 28 NA SODIUM ION × 2 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
7LPA Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 4 degrees Celsius 提交 2021-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7LPB Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 25 degrees Celsius 提交 2021-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
7LPC Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at 48 degrees Celsius 提交 2021-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 24 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 T7X Phosphatidylinositol × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å
7LPD Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 48 degrees Celsius, in an intermediate state, class 2 提交 2021-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
7LPE Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 48 degrees Celsius, in an open state, class 1 提交 2021-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 4 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
7MZ5 Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in C2 state 提交 2021-05-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
7MZ6 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 perturbed PI 提交 2021-05-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7MZ7 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 4 partially bound RTX 提交 2021-05-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
7MZ9 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 partially bound RTX 提交 2021-05-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	6EU resiniferatoxin × 1 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 3 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
7MZB Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 3 bound RTX and 1 perturbed PI 提交 2021-05-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 1 6EU resiniferatoxin × 3 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
7MZC Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with RTX bound in C1 state 提交 2021-05-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
7MZD Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with RTX bound in C2 state 提交 2021-05-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7MZE Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in opposite pockets 提交 2021-05-24	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 2 NA SODIUM ION × 1 6EU resiniferatoxin × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
7RQU Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in a closed state, class I 提交 2021-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 20 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
7RQV Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in an intermediate-closed state, class II 提交 2021-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7RQW Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in an open state, class III 提交 2021-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
7RQX Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an intermediate-open state, class A 提交 2021-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
7RQY Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an open state, class B 提交 2021-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
7RQZ Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 48 degrees Celsius, in an open state, class alpha 提交 2021-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
8T0C TRPV1 in Nanodisc bound with lysophosphatidic acid in all four monomers 提交 2023-05-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8T0E TRPV1 in Nanodisc not bound with lysophosphatidic acid (apo) 提交 2023-05-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 B 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 C 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 D 1–838（838 aa）片段：truncated construct	未记录	8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8T0Y TRPV1 in nanodisc bound with one LPA in one monomer 提交 2023-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 B 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 C 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 D 1–838（838 aa）片段：truncated construct	未记录	8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 3 NA SODIUM ION × 1 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8T10 TRPV1 in nanodisc bound with two LPA molecules in opposite monomers 提交 2023-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 B 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 C 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 D 1–838（838 aa）片段：truncated construct	未记录	8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 2 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8T3L TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers 提交 2023-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 2 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8T3M TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules 提交 2023-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	85R [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8U2Z TRPV1 in nanodisc bound with diC8-PIP2 in the dilated state 提交 2023-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8U30 TRPV1 in nanodisc bound with diC8-PIP2 in the closed state 提交 2023-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8U3A TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4 bound in Conformation 1 (monomer) 提交 2023-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
8U3C TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4 bound in Conformation 2 (monomer) 提交 2023-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
8U3J TRPV1 in nanodisc bound with empty vanilloid binding pocket at 4C 提交 2023-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 197–753（557 aa）链 B 197–753（557 aa）链 C 197–753（557 aa）链 D 197–753（557 aa）	未记录	3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8U3L TRPV1 in nanodisc bound with empty vanilloid binding pocket at 25C 提交 2023-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8U43 TRPV1 in nanodisc bound with PIP2-Br4 提交 2023-09-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	V5H (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8U4D TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4, consensus structure 提交 2023-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
9ISG Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5 提交 2024-07-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	A1D92 4-azanyl-3-sulfanylidene-1,2,4-triazine-5,6-dione × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9OGK Refinement of PDB-3J5R against EMD-8117 using EMAN2 提交 2025-04-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9W4M ratTRPV1 bound with antagonist AMG517 提交 2025-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	A1D6R ~{N}-[4-[6-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pyrimidin-4-yl]oxy-1,3-benzothiazol-2-yl]ethanamide × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9W4N Structure of rat TRPV1 in complex with SB-366791 提交 2025-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	ZEI (2E)-3-(4-chlorophenyl)-N-(3-methoxyphenyl)prop-2-enamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Hepes, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9W4T ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810 提交 2025-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	A1D6W (~{Z})-3-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)prop-2-enamide × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPV1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–637； UniProt 110–764 作者链 B； PDB构建体 6–637； UniProt 110–764 作者链 C； PDB构建体 6–637； UniProt 110–764 作者链 D； PDB构建体 6–637； UniProt 110–764

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7mza
沉积日期 deposition_date	2021-05-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in adjacent pockets
关键词 keywords	TRP channel, cryo-EM, nanodisc, stoichiometry, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.28 Å
零角强度 I(0) i0	847395000.00
分子量 molecular_weight	258660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	330730 Å³
包络体积 envelope_volume	463140 Å³
水化壳体积 shell_volume	83859 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.0 Å
壳层 Rg shell_rg	52.45 Å
包络 Rg envelope_rg	43.05 Å
形状 Rg shape_rg	44.30 Å
总 Rg total_rg	44.57 Å
总原子数 total_atoms	18242
残基数 n_residues	2229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	847800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8896
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.025
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.506
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.875

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
分子量 formula_weight	73016.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,B,C
原子数 atom_count	18242

GAMGSRLYDRRSIFDAVAQSNCQELESLLPFLQRSKKRLTDSEFKDPETGKTCLLKAMLNLHNGQNDTIALLLDVARKTDSLKQFVNASYTDSYYKGQTALHIAIERRNMTLVTLLVENGADVQAAANGDFFKKTKGRPGFYFGELPLSLAACTNQLAIVKFLLQNSWQPADISARDSVGNTVLHALVEVADNTVDNTKFVTSMYNEILILGAKLHPTLKLEEITNRKGLTPLALAASSGKIGVLAYILQREIHEPECRHLSRKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTCEKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEPLNRLLQDKWDRFVKRIFYFNFFVYCLYMIIFTAAAYYRPVEGLPPYKLKNTVGDYFRVTGEILSVSGGVYFFFRGIQYFLQRRPSLKSLFVDSYSEILFFVQSLFMLVSVVLYFSQRKEYVASMVFSLAMGWTNMLYYTRGFQQMGIYAVMIEKMILRDLCRFMFVYLVFLFGFSTAVVTLIEDGKYNSLYSTCLELFKFTIGMGDLEFTENYDFKAVFIILLLAYVILTYILLLNMLIALMGETVNKIAQESKNIWKLQRAITILDTEKSFLKCMRKAFRSGKLLQVGFTPDGKDDYRWCFRVDEVNWTTWNTNVGIINEDPG

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate ;
分子量 formula_weight	600.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	resiniferatoxin
分子量 formula_weight	628.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.46 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	19877

fit	/app/data/saxs_computation/mz/7mza/7mza.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mz/7mza/7mza.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mz/7mza/7mza.dat